Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCDH1Q08174 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCDH1Q08174 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms