Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SKA1Q96BD8 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA1Q96BD8 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms