Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.26■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TRIM28Q13263 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
TRIM28Q13263 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms