Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC54Q8NEL0 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms