Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VMP1Q96GC9 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VMP1Q96GC9 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.3 ms