Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXD3P31249 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms