Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCIF1Q9H4Z3 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCIF1Q9H4Z3 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms