Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHMT2P34897 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms