Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDHB3Q9Y5E6 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCDHB3Q9Y5E6 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.7 ms