Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF540Q8NDQ6 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ZNF540Q8NDQ6 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
ZNF540Q8NDQ6 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.9 ms