Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM40Q6P9F5 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM40Q6P9F5 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM40Q6P9F5 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms