Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC54Q8NEL0 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms