Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A3P12111 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A3P12111 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A3P12111 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms