RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000625681.2

UBE3A-208, Transcript of ubiquitin protein ligase E3A, human

TSL 5

Gene UBE3A, Length 654 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
UBE3A-208	ENST00000625681	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		57.09	■■■■■ 6.73
UBE3A-208	ENST00000625681	ABCC9	O60706	1549 aa		52.1	■■■■■ 5.93
UBE3A-208	ENST00000625681	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		51.22	■■■■■ 5.79
UBE3A-208	ENST00000625681	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		49.51	■■■■■ 5.52
UBE3A-208	ENST00000625681	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		49.15	■■■■■ 5.46
UBE3A-208	ENST00000625681	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		48.77	■■■■■ 5.4
UBE3A-208	ENST00000625681	NACAD	O15069	1562 aa		48.68	■■■■■ 5.38
UBE3A-208	ENST00000625681	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	48.59	■■■■■ 5.37
UBE3A-208	ENST00000625681	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		47.91	■■■■■ 5.26
UBE3A-208	ENST00000625681	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		47.79	■■■■■ 5.24
UBE3A-208	ENST00000625681	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.78	■■■■■ 5.24
UBE3A-208	ENST00000625681	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	47.16	■■■■■ 5.14
UBE3A-208	ENST00000625681	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		47	■■■■■ 5.12
UBE3A-208	ENST00000625681	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		46.94	■■■■■ 5.1
UBE3A-208	ENST00000625681	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46.93	■■■■■ 5.1
UBE3A-208	ENST00000625681	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		46.9	■■■■■ 5.1
UBE3A-208	ENST00000625681	SCRIB	Q14160	1630 aa		46.87	■■■■■ 5.09
UBE3A-208	ENST00000625681	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	46.66	■■■■■ 5.06
UBE3A-208	ENST00000625681	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		45.74	■■■■■ 4.91
UBE3A-208	ENST00000625681	NCAPD3	P42695	1498 aa		45.05	■■■■■ 4.8
UBE3A-208	ENST00000625681	ERCC6	Q03468	1493 aa		44.96	■■■■■ 4.79
UBE3A-208	ENST00000625681	CUX2	O14529	1486 aa		44.95	■■■■■ 4.79
UBE3A-208	ENST00000625681	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		44.87	■■■■■ 4.77
UBE3A-208	ENST00000625681	NES	P48681	1621 aa		44.61	■■■■■ 4.73
UBE3A-208	ENST00000625681	SMARCA2	P51531	1590 aa		44.59	■■■■■ 4.73
UBE3A-208	ENST00000625681	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.58	■■■■■ 4.73
UBE3A-208	ENST00000625681	HMGXB3	Q12766	1538 aa		44.55	■■■■■ 4.72
UBE3A-208	ENST00000625681	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	44.38	■■■■■ 4.69
UBE3A-208	ENST00000625681	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	44.29	■■■■■ 4.68
UBE3A-208	ENST00000625681	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		44.09	■■■■■ 4.65
UBE3A-208	ENST00000625681	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	44.05	■■■■■ 4.64
UBE3A-208	ENST00000625681	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		44.05	■■■■■ 4.64
UBE3A-208	ENST00000625681	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		44.01	■■■■■ 4.64
UBE3A-208	ENST00000625681	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		43.9	■■■■■ 4.62
UBE3A-208	ENST00000625681	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		43.8	■■■■■ 4.6
UBE3A-208	ENST00000625681	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		43.73	■■■■■ 4.59
UBE3A-208	ENST00000625681	TRIM41	Q8WV44	630 aa		43.63	■■■■■ 4.57
UBE3A-208	ENST00000625681	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		43.52	■■■■■ 4.56
UBE3A-208	ENST00000625681	WIZ	O95785	1651 aa		43.43	■■■■■ 4.54
UBE3A-208	ENST00000625681	WDR62	O43379	1518 aa		43.38	■■■■■ 4.53
UBE3A-208	ENST00000625681	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		43.24	■■■■■ 4.51
UBE3A-208	ENST00000625681	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		43.19	■■■■■ 4.51
UBE3A-208	ENST00000625681	CFTR	P13569	1480 aa		43.06	■■■■■ 4.48
UBE3A-208	ENST00000625681	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		43.03	■■■■■ 4.48
UBE3A-208	ENST00000625681	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	42.98	■■■■■ 4.47
UBE3A-208	ENST00000625681	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	42.87	■■■■■ 4.45
UBE3A-208	ENST00000625681	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.79	■■■■■ 4.44
UBE3A-208	ENST00000625681	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	42.49	■■■■■ 4.39
UBE3A-208	ENST00000625681	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.46	■■■■■ 4.39
UBE3A-208	ENST00000625681	IFT140	Q96RY7	1462 aa		42.39	■■■■■ 4.38
UBE3A-208	ENST00000625681	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		42.33	■■■■■ 4.37
UBE3A-208	ENST00000625681	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		42.33	■■■■■ 4.37
UBE3A-208	ENST00000625681	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		42.33	■■■■■ 4.37
UBE3A-208	ENST00000625681	TOPBP1	Q92547	1522 aa		42.29	■■■■■ 4.36
UBE3A-208	ENST00000625681	PRDM2	Q13029	1718 aa		42.24	■■■■■ 4.35
UBE3A-208	ENST00000625681	ARHGEF11	O15085	1522 aa		42.19	■■■■■ 4.34
UBE3A-208	ENST00000625681	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		42.13	■■■■■ 4.33
UBE3A-208	ENST00000625681	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	42.09	■■■■■ 4.33	2e-7	■■■■□ 21.4
UBE3A-208	ENST00000625681	ABCC8	Q09428	1581 aa		42.09	■■■■■ 4.33
UBE3A-208	ENST00000625681	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	42.05	■■■■■ 4.32
UBE3A-208	ENST00000625681	FBLN2	P98095	1184 aa		42.02	■■■■■ 4.32
UBE3A-208	ENST00000625681	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		42.01	■■■■■ 4.32
UBE3A-208	ENST00000625681	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	41.89	■■■■■ 4.3
UBE3A-208	ENST00000625681	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	41.84	■■■■■ 4.29
UBE3A-208	ENST00000625681	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	41.84	■■■■■ 4.29
UBE3A-208	ENST00000625681	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		41.8	■■■■■ 4.28
UBE3A-208	ENST00000625681	CHD1	O14646	1710 aa		41.78	■■■■■ 4.28
UBE3A-208	ENST00000625681	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	41.77	■■■■■ 4.28
UBE3A-208	ENST00000625681	ARAP1	Q96P48	1450 aa		41.77	■■■■■ 4.28
UBE3A-208	ENST00000625681	SOGA1	O94964	1423 aa		41.71	■■■■■ 4.27
UBE3A-208	ENST00000625681	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	41.55	■■■■■ 4.24
UBE3A-208	ENST00000625681	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		41.53	■■■■■ 4.24
UBE3A-208	ENST00000625681	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		41.51	■■■■■ 4.24
UBE3A-208	ENST00000625681	CUX1	P39880	1505 aa		41.39	■■■■■ 4.22
UBE3A-208	ENST00000625681	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		41.37	■■■■■ 4.21
UBE3A-208	ENST00000625681	GRIN2B	Q13224	1484 aa		41.33	■■■■■ 4.21
UBE3A-208	ENST00000625681	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	41.32	■■■■■ 4.2
UBE3A-208	ENST00000625681	WDR97	A6NE52	1622 aa		41.27	■■■■■ 4.2
UBE3A-208	ENST00000625681	SYNJ1	O43426	1573 aa		41.27	■■■■■ 4.2
UBE3A-208	ENST00000625681	SYNJ2	O15056	1496 aa		41.24	■■■■■ 4.19
UBE3A-208	ENST00000625681	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		41.15	■■■■■ 4.18
UBE3A-208	ENST00000625681	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	40.96	■■■■■ 4.15
UBE3A-208	ENST00000625681	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.96	■■■■■ 4.15
UBE3A-208	ENST00000625681	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.95	■■■■■ 4.15
UBE3A-208	ENST00000625681	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	40.9	■■■■■ 4.14
UBE3A-208	ENST00000625681	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.86	■■■■■ 4.13
UBE3A-208	ENST00000625681	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		40.81	■■■■■ 4.12
UBE3A-208	ENST00000625681	GRIN2A	Q12879	1464 aa		40.79	■■■■■ 4.12
UBE3A-208	ENST00000625681	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	40.76	■■■■■ 4.12	5e-6	■■■■■ 29.2
UBE3A-208	ENST00000625681	NUP160	Q12769	1436 aa		40.67	■■■■■ 4.1
UBE3A-208	ENST00000625681	CEP170	Q5SW79	1584 aa		40.65	■■■■■ 4.1
UBE3A-208	ENST00000625681	ADAMTS12	P58397	1594 aa		40.61	■■■■■ 4.09
UBE3A-208	ENST00000625681	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		40.59	■■■■■ 4.09
UBE3A-208	ENST00000625681	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.49	■■■■■ 4.07
UBE3A-208	ENST00000625681	SHROOM2	Q13796	1616 aa		40.43	■■■■■ 4.06
UBE3A-208	ENST00000625681	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.42	■■■■■ 4.06
UBE3A-208	ENST00000625681	JPH4	Q96JJ6	628 aa		40.42	■■■■■ 4.06
UBE3A-208	ENST00000625681	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	40.42	■■■■■ 4.06
UBE3A-208	ENST00000625681	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.4	■■■■■ 4.06
UBE3A-208	ENST00000625681	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		40.21	■■■■■ 4.03

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