RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000599454.5

PNKP-212, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, humanhuman

TSL 3

Gene PNKP, Length 529 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PNKP-212ENST00000599454 NISCHQ9Y2I1 1504 aa53.34■■■■■ 6.13
PNKP-212ENST00000599454 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa48.04■■■■■ 5.28
PNKP-212ENST00000599454 ABCC9O60706 1549 aa47.96■■■■■ 5.27
PNKP-212ENST00000599454 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa45.73■■■■■ 4.91
PNKP-212ENST00000599454 NACADO15069 1562 aa45.41■■■■■ 4.86
PNKP-212ENST00000599454 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.02■■■■■ 4.8
PNKP-212ENST00000599454 DCAF8L2P0C7V8 631 aa44.92■■■■■ 4.78
PNKP-212ENST00000599454 MYO15BQ96JP2 1530 aa44.77■■■■■ 4.76
PNKP-212ENST00000599454 UNC13AQ9UPW8 1703 aa44.74■■■■■ 4.75
PNKP-212ENST00000599454 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP44.57■■■■■ 4.73
PNKP-212ENST00000599454 BICRAQ9NZM4 1560 aa44.35■■■■■ 4.69
PNKP-212ENST00000599454 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP44.18■■■■■ 4.66
PNKP-212ENST00000599454 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa44.13■■■■■ 4.65
PNKP-212ENST00000599454 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa43.86■■■■■ 4.61
PNKP-212ENST00000599454 SCRIBQ14160 1630 aa43.62■■■■■ 4.57
PNKP-212ENST00000599454 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa43.4■■■■■ 4.54
PNKP-212ENST00000599454 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP43.28■■■■■ 4.52
PNKP-212ENST00000599454 CECR2Q9BXF3 1484 aa43.26■■■■■ 4.52
PNKP-212ENST00000599454 NCAPD3P42695 1498 aa41.86■■■■■ 4.29
PNKP-212ENST00000599454 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa41.68■■■■■ 4.26
PNKP-212ENST00000599454 SMARCA4P51532 1647 aa41.66■■■■■ 4.26
PNKP-212ENST00000599454 SMARCA2P51531 1590 aa41.64■■■■■ 4.26
PNKP-212ENST00000599454 HMGXB3Q12766 1538 aa41.59■■■■■ 4.25
PNKP-212ENST00000599454 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.53■■■■■ 4.24
PNKP-212ENST00000599454 CUX2O14529 1486 aa41.5■■■■■ 4.23
PNKP-212ENST00000599454 ERCC6Q03468 1493 aa41.47■■■■■ 4.23
PNKP-212ENST00000599454 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP41.45■■■■■ 4.23
PNKP-212ENST00000599454 PEG3Q9GZU2 1588 aa41.29■■■■■ 4.2
PNKP-212ENST00000599454 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP41.29■■■■■ 4.2
PNKP-212ENST00000599454 NESP48681 1621 aa41.16■■■■■ 4.18
PNKP-212ENST00000599454 MROH2BQ7Z745 1585 aa41.05■■■■■ 4.16
PNKP-212ENST00000599454 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa40.99■■■■■ 4.15
PNKP-212ENST00000599454 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP40.86■■■■■ 4.13
PNKP-212ENST00000599454 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa40.74■■■■■ 4.11
PNKP-212ENST00000599454 PDS5BQ9NTI5 1447 aa40.71■■■■■ 4.11
PNKP-212ENST00000599454 WIZO95785 1651 aa40.59■■■■■ 4.09
PNKP-212ENST00000599454 CADPSQ9ULU8 1353 aa40.56■■■■■ 4.08
PNKP-212ENST00000599454 MRC2Q9UBG0 1479 aa40.36■■■■■ 4.05
PNKP-212ENST00000599454 WDR62O43379 1518 aa40.29■■■■■ 4.04
PNKP-212ENST00000599454 CEP164Q9UPV0 1460 aa40.18■■■■■ 4.02
PNKP-212ENST00000599454 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP40.16■■■■■ 4.02
PNKP-212ENST00000599454 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP40.1■■■■■ 4.01
PNKP-212ENST00000599454 CFTRP13569 1480 aa40.09■■■■■ 4.01
PNKP-212ENST00000599454 FANCD2Q9BXW9 1451 aa40.09■■■■■ 4.01
PNKP-212ENST00000599454 PRDM2Q13029 1718 aa39.85■■■■□ 3.97
PNKP-212ENST00000599454 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP39.75■■■■□ 3.95
PNKP-212ENST00000599454 CCDC88BA6NC98 1476 aa39.58■■■■□ 3.93
PNKP-212ENST00000599454 TRIM41Q8WV44 630 aa39.58■■■■□ 3.93
PNKP-212ENST00000599454 OSCARQ8IYS5 282 aa39.52■■■■□ 3.92
PNKP-212ENST00000599454 IFT140Q96RY7 1462 aa39.39■■■■□ 3.9
PNKP-212ENST00000599454 TOPBP1Q92547 1522 aa39.34■■■■□ 3.89
PNKP-212ENST00000599454 ABCC8Q09428 1581 aa39.33■■■■□ 3.89
PNKP-212ENST00000599454 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP39.25■■■■□ 3.87
PNKP-212ENST00000599454 DNMBPQ6XZF7 1577 aa39.22■■■■□ 3.87
PNKP-212ENST00000599454 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP39.12■■■■□ 3.85
PNKP-212ENST00000599454 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.06■■■■□ 3.84
PNKP-212ENST00000599454 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.06■■■■□ 3.84
PNKP-212ENST00000599454 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.06■■■■□ 3.84
PNKP-212ENST00000599454 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP39.03■■■■□ 3.84
PNKP-212ENST00000599454 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP38.92■■■■□ 3.82
PNKP-212ENST00000599454 ARHGEF11O15085 1522 aa38.9■■■■□ 3.82
PNKP-212ENST00000599454 CHD1O14646 1710 aa38.89■■■■□ 3.82
PNKP-212ENST00000599454 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP38.88■■■■□ 3.815e-6■■■□□ 16.9
PNKP-212ENST00000599454 WDR97A6NE52 1622 aa38.73■■■■□ 3.79
PNKP-212ENST00000599454 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa38.72■■■■□ 3.79
PNKP-212ENST00000599454 SOGA1O94964 1423 aa38.72■■■■□ 3.79
PNKP-212ENST00000599454 FGD5Q6ZNL6 1462 aa38.65■■■■□ 3.78
PNKP-212ENST00000599454 FBLN2P98095 1184 aa38.62■■■■□ 3.77
PNKP-212ENST00000599454 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP38.61■■■■□ 3.77
PNKP-212ENST00000599454 CUX1P39880 1505 aa38.59■■■■□ 3.77
PNKP-212ENST00000599454 CYB5RLQ6IPT4 315 aa38.54■■■■□ 3.76
PNKP-212ENST00000599454 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa38.52■■■■□ 3.76
PNKP-212ENST00000599454 ARAP1Q96P48 1450 aa38.48■■■■□ 3.75
PNKP-212ENST00000599454 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP38.48■■■■□ 3.75
PNKP-212ENST00000599454 GRIN2BQ13224 1484 aa38.44■■■■□ 3.74
PNKP-212ENST00000599454 SYNJ1O43426 1573 aa38.4■■■■□ 3.74
PNKP-212ENST00000599454 CLASP1Q7Z460 1538 aa38.4■■■■□ 3.74
PNKP-212ENST00000599454 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP38.37■■■■□ 3.73
PNKP-212ENST00000599454 PBRM1Q86U86 1689 aa38.34■■■■□ 3.73
PNKP-212ENST00000599454 SYNJ2O15056 1496 aa38.33■■■■□ 3.73
PNKP-212ENST00000599454 GAPVD1Q14C86 1478 aa38.28■■■■□ 3.72
PNKP-212ENST00000599454 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa38.24■■■■□ 3.71
PNKP-212ENST00000599454 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa38.22■■■■□ 3.71
PNKP-212ENST00000599454 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP38.19■■■■□ 3.7
PNKP-212ENST00000599454 TRHP20396 242 aaPredicted RBP38.16■■■■□ 3.7
PNKP-212ENST00000599454 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP38.04■■■■□ 3.68
PNKP-212ENST00000599454 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa38.03■■■■□ 3.68
PNKP-212ENST00000599454 TOP2BQ02880 1626 aa38■■■■□ 3.67
PNKP-212ENST00000599454 GRIN2AQ12879 1464 aa37.94■■■■□ 3.66
PNKP-212ENST00000599454 ADAMTS12P58397 1594 aa37.93■■■■□ 3.66
PNKP-212ENST00000599454 NUP160Q12769 1436 aa37.82■■■■□ 3.64
PNKP-212ENST00000599454 CEP170Q5SW79 1584 aa37.8■■■■□ 3.64
PNKP-212ENST00000599454 FHAD1B1AJZ9 1412 aa37.79■■■■□ 3.64
PNKP-212ENST00000599454 ERICH3Q5RHP9 1530 aa37.78■■■■□ 3.64
PNKP-212ENST00000599454 SHROOM2Q13796 1616 aa37.72■■■■□ 3.63
PNKP-212ENST00000599454 ERCC6L2Q5T890 1561 aa37.72■■■■□ 3.63
PNKP-212ENST00000599454 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP37.43■■■■□ 3.58
PNKP-212ENST00000599454 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa37.4■■■■□ 3.58
PNKP-212ENST00000599454 JPH4Q96JJ6 628 aa37.38■■■■□ 3.57
PNKP-212ENST00000599454 KIF13AQ9H1H9 1805 aa37.29■■■■□ 3.56
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