RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000598020.3

PNKP-211, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, humanhuman

TSL 3

Gene PNKP, Length 534 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PNKP-211ENST00000598020 NISCHQ9Y2I1 1504 aa48.93■■■■■ 5.42
PNKP-211ENST00000598020 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa43.38■■■■■ 4.54
PNKP-211ENST00000598020 ABCC9O60706 1549 aa42.07■■■■■ 4.33
PNKP-211ENST00000598020 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP40.83■■■■■ 4.13
PNKP-211ENST00000598020 NACADO15069 1562 aa40.73■■■■■ 4.11
PNKP-211ENST00000598020 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa40.67■■■■■ 4.1
PNKP-211ENST00000598020 MYO15BQ96JP2 1530 aa40.65■■■■■ 4.1
PNKP-211ENST00000598020 DCAF8L2P0C7V8 631 aa40.64■■■■■ 4.1
PNKP-211ENST00000598020 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa40.57■■■■■ 4.09
PNKP-211ENST00000598020 UNC13AQ9UPW8 1703 aa39.73■■■■□ 3.95
PNKP-211ENST00000598020 SCRIBQ14160 1630 aa39.51■■■■□ 3.92
PNKP-211ENST00000598020 BICRAQ9NZM4 1560 aa39.43■■■■□ 3.9
PNKP-211ENST00000598020 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP39.36■■■■□ 3.89
PNKP-211ENST00000598020 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa39.11■■■■□ 3.85
PNKP-211ENST00000598020 DNAJC5BQ9UF47 199 aa38.37■■■■□ 3.73
PNKP-211ENST00000598020 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP38.36■■■■□ 3.73
PNKP-211ENST00000598020 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa38.11■■■■□ 3.69
PNKP-211ENST00000598020 CECR2Q9BXF3 1484 aa38.05■■■■□ 3.68
PNKP-211ENST00000598020 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP37.91■■■■□ 3.66
PNKP-211ENST00000598020 SMARCA4P51532 1647 aa37.88■■■■□ 3.65
PNKP-211ENST00000598020 MROH2BQ7Z745 1585 aa37.69■■■■□ 3.62
PNKP-211ENST00000598020 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa37.63■■■■□ 3.61
PNKP-211ENST00000598020 SMARCA2P51531 1590 aa37.59■■■■□ 3.61
PNKP-211ENST00000598020 NCAPD3P42695 1498 aa37.59■■■■□ 3.61
PNKP-211ENST00000598020 PEG3Q9GZU2 1588 aa37.57■■■■□ 3.6
PNKP-211ENST00000598020 HMGXB3Q12766 1538 aa37.41■■■■□ 3.58
PNKP-211ENST00000598020 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP37.39■■■■□ 3.58
PNKP-211ENST00000598020 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP37.3■■■■□ 3.56
PNKP-211ENST00000598020 WIZO95785 1651 aa37.28■■■■□ 3.56
PNKP-211ENST00000598020 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP36.94■■■■□ 3.5
PNKP-211ENST00000598020 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP36.57■■■■□ 3.44
PNKP-211ENST00000598020 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa36.52■■■■□ 3.44
PNKP-211ENST00000598020 NESP48681 1621 aa36.51■■■■□ 3.43
PNKP-211ENST00000598020 CCDC88BA6NC98 1476 aa36.5■■■■□ 3.43
PNKP-211ENST00000598020 CADPSQ9ULU8 1353 aa36.49■■■■□ 3.43
PNKP-211ENST00000598020 CFTRP13569 1480 aa36.35■■■■□ 3.41
PNKP-211ENST00000598020 PDS5BQ9NTI5 1447 aa36.26■■■■□ 3.4
PNKP-211ENST00000598020 ERCC6Q03468 1493 aa36.24■■■■□ 3.39
PNKP-211ENST00000598020 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa36.09■■■■□ 3.37
PNKP-211ENST00000598020 PRDM2Q13029 1718 aa36.08■■■■□ 3.37
PNKP-211ENST00000598020 FANCD2Q9BXW9 1451 aa36.04■■■■□ 3.36
PNKP-211ENST00000598020 CEP164Q9UPV0 1460 aa35.96■■■■□ 3.35
PNKP-211ENST00000598020 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP35.92■■■■□ 3.34
PNKP-211ENST00000598020 MRC2Q9UBG0 1479 aa35.86■■■■□ 3.33
PNKP-211ENST00000598020 CUX2O14529 1486 aa35.82■■■■□ 3.32
PNKP-211ENST00000598020 WDR62O43379 1518 aa35.74■■■■□ 3.31
PNKP-211ENST00000598020 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP35.66■■■■□ 3.3
PNKP-211ENST00000598020 ABCC8Q09428 1581 aa35.57■■■■□ 3.28
PNKP-211ENST00000598020 TOPBP1Q92547 1522 aa35.51■■■■□ 3.27
PNKP-211ENST00000598020 DNMBPQ6XZF7 1577 aa35.49■■■■□ 3.27
PNKP-211ENST00000598020 CUX1P39880 1505 aa35.34■■■■□ 3.25
PNKP-211ENST00000598020 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP35.23■■■■□ 3.23
PNKP-211ENST00000598020 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP35.22■■■■□ 3.23
PNKP-211ENST00000598020 IFT140Q96RY7 1462 aa35.22■■■■□ 3.23
PNKP-211ENST00000598020 FGD5Q6ZNL6 1462 aa35.16■■■■□ 3.22
PNKP-211ENST00000598020 TOP2BQ02880 1626 aa35.14■■■■□ 3.22
PNKP-211ENST00000598020 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa35.13■■■■□ 3.21
PNKP-211ENST00000598020 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP35.1■■■■□ 3.21
PNKP-211ENST00000598020 SYNJ1O43426 1573 aa35.1■■■■□ 3.21
PNKP-211ENST00000598020 SOGA1O94964 1423 aa35.08■■■■□ 3.21
PNKP-211ENST00000598020 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa35.03■■■■□ 3.2
PNKP-211ENST00000598020 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP34.99■■■■□ 3.19
PNKP-211ENST00000598020 WDR97A6NE52 1622 aa34.89■■■■□ 3.18
PNKP-211ENST00000598020 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa34.88■■■■□ 3.17
PNKP-211ENST00000598020 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP34.87■■■■□ 3.17
PNKP-211ENST00000598020 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP34.84■■■■□ 3.173e-7■■■■□ 20.5
PNKP-211ENST00000598020 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP34.82■■■■□ 3.16
PNKP-211ENST00000598020 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa34.7■■■■□ 3.14
PNKP-211ENST00000598020 GAPVD1Q14C86 1478 aa34.68■■■■□ 3.14
PNKP-211ENST00000598020 GRIN2BQ13224 1484 aa34.65■■■■□ 3.14
PNKP-211ENST00000598020 TRIM41Q8WV44 630 aa34.58■■■■□ 3.13
PNKP-211ENST00000598020 PBRM1Q86U86 1689 aa34.57■■■■□ 3.12
PNKP-211ENST00000598020 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP34.53■■■■□ 3.12
PNKP-211ENST00000598020 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa34.52■■■■□ 3.12
PNKP-211ENST00000598020 KIF27Q86VH2 1401 aa34.48■■■■□ 3.11
PNKP-211ENST00000598020 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.47■■■■□ 3.11
PNKP-211ENST00000598020 SYNJ2O15056 1496 aa34.39■■■■□ 3.1
PNKP-211ENST00000598020 CHIC1Q5VXU3 224 aa34.38■■■■□ 3.09
PNKP-211ENST00000598020 OSCARQ8IYS5 282 aa34.38■■■■□ 3.09
PNKP-211ENST00000598020 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa34.37■■■■□ 3.09
PNKP-211ENST00000598020 CHD1O14646 1710 aa34.36■■■■□ 3.09
PNKP-211ENST00000598020 IGF1RP08069 1367 aa34.33■■■■□ 3.09
PNKP-211ENST00000598020 ADAMTS12P58397 1594 aa34.32■■■■□ 3.09
PNKP-211ENST00000598020 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP34.32■■■■□ 3.08
PNKP-211ENST00000598020 FHAD1B1AJZ9 1412 aa34.31■■■■□ 3.08
PNKP-211ENST00000598020 FBLN2P98095 1184 aa34.31■■■■□ 3.08
PNKP-211ENST00000598020 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.22■■■■□ 3.07
PNKP-211ENST00000598020 GRIN2AQ12879 1464 aa34.2■■■■□ 3.06
PNKP-211ENST00000598020 CUL7Q14999 1698 aa34.19■■■■□ 3.06
PNKP-211ENST00000598020 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa34.11■■■■□ 3.05
PNKP-211ENST00000598020 NUP160Q12769 1436 aa34.06■■■■□ 3.04
PNKP-211ENST00000598020 EEA1Q15075 1411 aa34.05■■■■□ 3.04
PNKP-211ENST00000598020 CLASP1Q7Z460 1538 aa34.04■■■■□ 3.04
PNKP-211ENST00000598020 CEP170Q5SW79 1584 aa33.99■■■■□ 3.03
PNKP-211ENST00000598020 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa33.95■■■■□ 3.02
PNKP-211ENST00000598020 CSRNP3Q8WYN3 585 aa33.94■■■■□ 3.02
PNKP-211ENST00000598020 PRXQ9BXM0 1461 aa33.92■■■■□ 3.02
PNKP-211ENST00000598020 ARHGEF11O15085 1522 aa33.8■■■■□ 3
PNKP-211ENST00000598020 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa33.8■■■■□ 3
PNKP-211ENST00000598020 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP33.77■■■■□ 3
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39.9 ms