RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597965.2

PNKP-210, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, humanhuman

TSL 5

Gene PNKP, Length 351 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PNKP-210ENST00000597965 NISCHQ9Y2I1 1504 aa42.61■■■■■ 4.41
PNKP-210ENST00000597965 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa38.34■■■■□ 3.73
PNKP-210ENST00000597965 ABCC9O60706 1549 aa38.31■■■■□ 3.72
PNKP-210ENST00000597965 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa36.56■■■■□ 3.44
PNKP-210ENST00000597965 NACADO15069 1562 aa36.29■■■■□ 3.4
PNKP-210ENST00000597965 DCAF8L2P0C7V8 631 aa36.01■■■■□ 3.36
PNKP-210ENST00000597965 DNAJC5BQ9UF47 199 aa35.92■■■■□ 3.34
PNKP-210ENST00000597965 MYO15BQ96JP2 1530 aa35.79■■■■□ 3.32
PNKP-210ENST00000597965 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP35.63■■■■□ 3.29
PNKP-210ENST00000597965 UNC13AQ9UPW8 1703 aa35.6■■■■□ 3.29
PNKP-210ENST00000597965 BICRAQ9NZM4 1560 aa35.35■■■■□ 3.25
PNKP-210ENST00000597965 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP35.29■■■■□ 3.24
PNKP-210ENST00000597965 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa35.27■■■■□ 3.24
PNKP-210ENST00000597965 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa35.09■■■■□ 3.21
PNKP-210ENST00000597965 SCRIBQ14160 1630 aa34.81■■■■□ 3.16
PNKP-210ENST00000597965 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa34.64■■■■□ 3.14
PNKP-210ENST00000597965 CECR2Q9BXF3 1484 aa34.58■■■■□ 3.13
PNKP-210ENST00000597965 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP34.56■■■■□ 3.12
PNKP-210ENST00000597965 NCAPD3P42695 1498 aa33.47■■■□□ 2.95
PNKP-210ENST00000597965 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa33.31■■■□□ 2.92
PNKP-210ENST00000597965 SMARCA2P51531 1590 aa33.3■■■□□ 2.92
PNKP-210ENST00000597965 SMARCA4P51532 1647 aa33.24■■■□□ 2.91
PNKP-210ENST00000597965 HMGXB3Q12766 1538 aa33.23■■■□□ 2.91
PNKP-210ENST00000597965 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa33.22■■■□□ 2.91
PNKP-210ENST00000597965 ERCC6Q03468 1493 aa33.19■■■□□ 2.9
PNKP-210ENST00000597965 CUX2O14529 1486 aa33.18■■■□□ 2.9
PNKP-210ENST00000597965 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP33.13■■■□□ 2.89
PNKP-210ENST00000597965 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP33.02■■■□□ 2.88
PNKP-210ENST00000597965 PEG3Q9GZU2 1588 aa32.97■■■□□ 2.87
PNKP-210ENST00000597965 NESP48681 1621 aa32.84■■■□□ 2.85
PNKP-210ENST00000597965 MROH2BQ7Z745 1585 aa32.76■■■□□ 2.84
PNKP-210ENST00000597965 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa32.76■■■□□ 2.84
PNKP-210ENST00000597965 PDS5BQ9NTI5 1447 aa32.6■■■□□ 2.81
PNKP-210ENST00000597965 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP32.58■■■□□ 2.81
PNKP-210ENST00000597965 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa32.46■■■□□ 2.79
PNKP-210ENST00000597965 CADPSQ9ULU8 1353 aa32.45■■■□□ 2.78
PNKP-210ENST00000597965 WIZO95785 1651 aa32.37■■■□□ 2.77
PNKP-210ENST00000597965 MRC2Q9UBG0 1479 aa32.26■■■□□ 2.75
PNKP-210ENST00000597965 WDR62O43379 1518 aa32.17■■■□□ 2.74
PNKP-210ENST00000597965 CEP164Q9UPV0 1460 aa32.13■■■□□ 2.73
PNKP-210ENST00000597965 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP32.09■■■□□ 2.73
PNKP-210ENST00000597965 CFTRP13569 1480 aa32.05■■■□□ 2.72
PNKP-210ENST00000597965 FANCD2Q9BXW9 1451 aa32.05■■■□□ 2.72
PNKP-210ENST00000597965 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP32.02■■■□□ 2.72
PNKP-210ENST00000597965 PRDM2Q13029 1718 aa31.74■■■□□ 2.67
PNKP-210ENST00000597965 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP31.74■■■□□ 2.67
PNKP-210ENST00000597965 TRIM41Q8WV44 630 aa31.69■■■□□ 2.66
PNKP-210ENST00000597965 OSCARQ8IYS5 282 aa31.66■■■□□ 2.66
PNKP-210ENST00000597965 CCDC88BA6NC98 1476 aa31.62■■■□□ 2.65
PNKP-210ENST00000597965 IFT140Q96RY7 1462 aa31.5■■■□□ 2.63
PNKP-210ENST00000597965 ABCC8Q09428 1581 aa31.49■■■□□ 2.63
PNKP-210ENST00000597965 TOPBP1Q92547 1522 aa31.42■■■□□ 2.62
PNKP-210ENST00000597965 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP31.34■■■□□ 2.61
PNKP-210ENST00000597965 DNMBPQ6XZF7 1577 aa31.33■■■□□ 2.61
PNKP-210ENST00000597965 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP31.22■■■□□ 2.59
PNKP-210ENST00000597965 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa31.16■■■□□ 2.58
PNKP-210ENST00000597965 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa31.16■■■□□ 2.58
PNKP-210ENST00000597965 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa31.16■■■□□ 2.58
PNKP-210ENST00000597965 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP31.13■■■□□ 2.57
PNKP-210ENST00000597965 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP31.08■■■□□ 2.57
PNKP-210ENST00000597965 ARHGEF11O15085 1522 aa31.07■■■□□ 2.56
PNKP-210ENST00000597965 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP31.07■■■□□ 2.56
PNKP-210ENST00000597965 SOGA1O94964 1423 aa30.98■■■□□ 2.55
PNKP-210ENST00000597965 CHD1O14646 1710 aa30.98■■■□□ 2.55
PNKP-210ENST00000597965 WDR97A6NE52 1622 aa30.95■■■□□ 2.55
PNKP-210ENST00000597965 FBLN2P98095 1184 aa30.95■■■□□ 2.55
PNKP-210ENST00000597965 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa30.92■■■□□ 2.54
PNKP-210ENST00000597965 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP30.88■■■□□ 2.53
PNKP-210ENST00000597965 FGD5Q6ZNL6 1462 aa30.88■■■□□ 2.53
PNKP-210ENST00000597965 CYB5RLQ6IPT4 315 aa30.86■■■□□ 2.53
PNKP-210ENST00000597965 CUX1P39880 1505 aa30.8■■■□□ 2.52
PNKP-210ENST00000597965 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP30.78■■■□□ 2.52
PNKP-210ENST00000597965 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa30.77■■■□□ 2.52
PNKP-210ENST00000597965 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP30.76■■■□□ 2.51
PNKP-210ENST00000597965 GRIN2BQ13224 1484 aa30.75■■■□□ 2.51
PNKP-210ENST00000597965 ARAP1Q96P48 1450 aa30.72■■■□□ 2.51
PNKP-210ENST00000597965 SYNJ1O43426 1573 aa30.71■■■□□ 2.51
PNKP-210ENST00000597965 SYNJ2O15056 1496 aa30.65■■■□□ 2.5
PNKP-210ENST00000597965 CLASP1Q7Z460 1538 aa30.63■■■□□ 2.49
PNKP-210ENST00000597965 GAPVD1Q14C86 1478 aa30.61■■■□□ 2.49
PNKP-210ENST00000597965 TRHP20396 242 aaPredicted RBP30.6■■■□□ 2.49
PNKP-210ENST00000597965 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP30.59■■■□□ 2.49
PNKP-210ENST00000597965 PBRM1Q86U86 1689 aa30.57■■■□□ 2.48
PNKP-210ENST00000597965 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa30.56■■■□□ 2.48
PNKP-210ENST00000597965 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa30.48■■■□□ 2.47
PNKP-210ENST00000597965 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP30.47■■■□□ 2.47
PNKP-210ENST00000597965 TOP2BQ02880 1626 aa30.35■■■□□ 2.45
PNKP-210ENST00000597965 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa30.34■■■□□ 2.45
PNKP-210ENST00000597965 GRIN2AQ12879 1464 aa30.32■■■□□ 2.44
PNKP-210ENST00000597965 ADAMTS12P58397 1594 aa30.26■■■□□ 2.43
PNKP-210ENST00000597965 FHAD1B1AJZ9 1412 aa30.23■■■□□ 2.43
PNKP-210ENST00000597965 ERICH3Q5RHP9 1530 aa30.22■■■□□ 2.43
PNKP-210ENST00000597965 NUP160Q12769 1436 aa30.22■■■□□ 2.43
PNKP-210ENST00000597965 CEP170Q5SW79 1584 aa30.15■■■□□ 2.42
PNKP-210ENST00000597965 SHROOM2Q13796 1616 aa30.09■■■□□ 2.41
PNKP-210ENST00000597965 ERCC6L2Q5T890 1561 aa30.06■■■□□ 2.4
PNKP-210ENST00000597965 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP29.94■■■□□ 2.38
PNKP-210ENST00000597965 JPH4Q96JJ6 628 aa29.93■■■□□ 2.38
PNKP-210ENST00000597965 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.84■■■□□ 2.37
PNKP-210ENST00000597965 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP29.83■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 177.4 ms