RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000590696.1

DDX39A-215, Transcript of DExD-box helicase 39A, humanhuman

TSL 4

Gene DDX39A, Length 563 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX39A-215ENST00000590696 NISCHQ9Y2I1 1504 aa54.42■■■■■ 6.3
DDX39A-215ENST00000590696 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa48.77■■■■■ 5.4
DDX39A-215ENST00000590696 ABCC9O60706 1549 aa48.77■■■■■ 5.4
DDX39A-215ENST00000590696 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa46.42■■■■■ 5.02
DDX39A-215ENST00000590696 NACADO15069 1562 aa46.11■■■■■ 4.97
DDX39A-215ENST00000590696 DCAF8L2P0C7V8 631 aa45.99■■■■■ 4.95
DDX39A-215ENST00000590696 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.71■■■■■ 4.91
DDX39A-215ENST00000590696 MYO15BQ96JP2 1530 aa45.49■■■■■ 4.87
DDX39A-215ENST00000590696 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.44■■■■■ 4.86
DDX39A-215ENST00000590696 UNC13AQ9UPW8 1703 aa45.36■■■■■ 4.85
DDX39A-215ENST00000590696 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP45.1■■■■■ 4.81
DDX39A-215ENST00000590696 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.07■■■■■ 4.8
DDX39A-215ENST00000590696 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa44.93■■■■■ 4.78
DDX39A-215ENST00000590696 SCRIBQ14160 1630 aa44.48■■■■■ 4.71
DDX39A-215ENST00000590696 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa44.43■■■■■ 4.7
DDX39A-215ENST00000590696 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.03■■■■■ 4.64
DDX39A-215ENST00000590696 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP43.96■■■■■ 4.63
DDX39A-215ENST00000590696 CECR2Q9BXF3 1484 aa43.91■■■■■ 4.62
DDX39A-215ENST00000590696 NCAPD3P42695 1498 aa42.58■■■■■ 4.41
DDX39A-215ENST00000590696 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa42.47■■■■■ 4.39
DDX39A-215ENST00000590696 SMARCA4P51532 1647 aa42.43■■■■■ 4.38
DDX39A-215ENST00000590696 SMARCA2P51531 1590 aa42.34■■■■■ 4.37
DDX39A-215ENST00000590696 HMGXB3Q12766 1538 aa42.25■■■■■ 4.35
DDX39A-215ENST00000590696 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP42.23■■■■■ 4.35
DDX39A-215ENST00000590696 ERCC6Q03468 1493 aa42.09■■■■■ 4.33
DDX39A-215ENST00000590696 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.06■■■■■ 4.32
DDX39A-215ENST00000590696 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.01■■■■■ 4.32
DDX39A-215ENST00000590696 CUX2O14529 1486 aa41.97■■■■■ 4.31
DDX39A-215ENST00000590696 MROH2BQ7Z745 1585 aa41.95■■■■■ 4.31
DDX39A-215ENST00000590696 NESP48681 1621 aa41.91■■■■■ 4.3
DDX39A-215ENST00000590696 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.9■■■■■ 4.3
DDX39A-215ENST00000590696 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa41.6■■■■■ 4.25
DDX39A-215ENST00000590696 WIZO95785 1651 aa41.45■■■■■ 4.23
DDX39A-215ENST00000590696 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.44■■■■■ 4.22
DDX39A-215ENST00000590696 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.38■■■■■ 4.22
DDX39A-215ENST00000590696 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa41.35■■■■■ 4.21
DDX39A-215ENST00000590696 CADPSQ9ULU8 1353 aa41.31■■■■■ 4.2
DDX39A-215ENST00000590696 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP41.1■■■■■ 4.17
DDX39A-215ENST00000590696 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.01■■■■■ 4.16
DDX39A-215ENST00000590696 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP40.91■■■■■ 4.14
DDX39A-215ENST00000590696 WDR62O43379 1518 aa40.89■■■■■ 4.14
DDX39A-215ENST00000590696 CEP164Q9UPV0 1460 aa40.86■■■■■ 4.13
DDX39A-215ENST00000590696 CFTRP13569 1480 aa40.83■■■■■ 4.13
DDX39A-215ENST00000590696 FANCD2Q9BXW9 1451 aa40.83■■■■■ 4.13
DDX39A-215ENST00000590696 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP40.49■■■■■ 4.07
DDX39A-215ENST00000590696 CCDC88BA6NC98 1476 aa40.48■■■■■ 4.07
DDX39A-215ENST00000590696 PRDM2Q13029 1718 aa40.4■■■■■ 4.06
DDX39A-215ENST00000590696 TRIM41Q8WV44 630 aa40.13■■■■■ 4.01
DDX39A-215ENST00000590696 OSCARQ8IYS5 282 aa40.12■■■■■ 4.01
DDX39A-215ENST00000590696 TOPBP1Q92547 1522 aa40.06■■■■■ 4
DDX39A-215ENST00000590696 IFT140Q96RY7 1462 aa40.05■■■■■ 4
DDX39A-215ENST00000590696 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP39.98■■■■□ 3.99
DDX39A-215ENST00000590696 ABCC8Q09428 1581 aa39.97■■■■□ 3.99
DDX39A-215ENST00000590696 DNMBPQ6XZF7 1577 aa39.91■■■■□ 3.98
DDX39A-215ENST00000590696 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP39.75■■■■□ 3.95
DDX39A-215ENST00000590696 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP39.69■■■■□ 3.94
DDX39A-215ENST00000590696 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP39.66■■■■□ 3.94
DDX39A-215ENST00000590696 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP39.65■■■■□ 3.94
DDX39A-215ENST00000590696 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.55■■■■□ 3.92
DDX39A-215ENST00000590696 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.55■■■■□ 3.92
DDX39A-215ENST00000590696 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.55■■■■□ 3.92
DDX39A-215ENST00000590696 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa39.54■■■■□ 3.92
DDX39A-215ENST00000590696 SOGA1O94964 1423 aa39.51■■■■□ 3.92
DDX39A-215ENST00000590696 CHD1O14646 1710 aa39.44■■■■□ 3.9
DDX39A-215ENST00000590696 ARHGEF11O15085 1522 aa39.43■■■■□ 3.9
DDX39A-215ENST00000590696 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP39.43■■■■□ 3.9
DDX39A-215ENST00000590696 FGD5Q6ZNL6 1462 aa39.43■■■■□ 3.9
DDX39A-215ENST00000590696 FBLN2P98095 1184 aa39.41■■■■□ 3.9
DDX39A-215ENST00000590696 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP39.4■■■■□ 3.9
DDX39A-215ENST00000590696 CUX1P39880 1505 aa39.4■■■■□ 3.9
DDX39A-215ENST00000590696 WDR97A6NE52 1622 aa39.27■■■■□ 3.88
DDX39A-215ENST00000590696 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa39.23■■■■□ 3.87
DDX39A-215ENST00000590696 CYB5RLQ6IPT4 315 aa39.19■■■■□ 3.86
DDX39A-215ENST00000590696 GRIN2BQ13224 1484 aa39.13■■■■□ 3.85
DDX39A-215ENST00000590696 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP39.12■■■■□ 3.85
DDX39A-215ENST00000590696 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.11■■■■□ 3.85
DDX39A-215ENST00000590696 ARAP1Q96P48 1450 aa39.05■■■■□ 3.84
DDX39A-215ENST00000590696 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.01■■■■□ 3.84
DDX39A-215ENST00000590696 SYNJ2O15056 1496 aa38.99■■■■□ 3.83
DDX39A-215ENST00000590696 CLASP1Q7Z460 1538 aa38.99■■■■□ 3.83
DDX39A-215ENST00000590696 SYNJ1O43426 1573 aa38.98■■■■□ 3.83
DDX39A-215ENST00000590696 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa38.98■■■■□ 3.83
DDX39A-215ENST00000590696 PBRM1Q86U86 1689 aa38.97■■■■□ 3.83
DDX39A-215ENST00000590696 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa38.89■■■■□ 3.82
DDX39A-215ENST00000590696 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP38.84■■■■□ 3.813e-13■■■■■ 62.7
DDX39A-215ENST00000590696 TOP2BQ02880 1626 aa38.78■■■■□ 3.8
DDX39A-215ENST00000590696 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa38.78■■■■□ 3.8
DDX39A-215ENST00000590696 TRHP20396 242 aaPredicted RBP38.74■■■■□ 3.79
DDX39A-215ENST00000590696 GRIN2AQ12879 1464 aa38.62■■■■□ 3.77
DDX39A-215ENST00000590696 ADAMTS12P58397 1594 aa38.6■■■■□ 3.77
DDX39A-215ENST00000590696 FHAD1B1AJZ9 1412 aa38.52■■■■□ 3.76
DDX39A-215ENST00000590696 NUP160Q12769 1436 aa38.49■■■■□ 3.75
DDX39A-215ENST00000590696 CEP170Q5SW79 1584 aa38.48■■■■□ 3.75
DDX39A-215ENST00000590696 ERICH3Q5RHP9 1530 aa38.48■■■■□ 3.75
DDX39A-215ENST00000590696 ERCC6L2Q5T890 1561 aa38.41■■■■□ 3.74
DDX39A-215ENST00000590696 SHROOM2Q13796 1616 aa38.3■■■■□ 3.72
DDX39A-215ENST00000590696 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP38.14■■■■□ 3.7
DDX39A-215ENST00000590696 JPH4Q96JJ6 628 aa38.14■■■■□ 3.7
DDX39A-215ENST00000590696 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa38.05■■■■□ 3.68
DDX39A-215ENST00000590696 KIF27Q86VH2 1401 aa38.04■■■■□ 3.68
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