RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000588667.5

ATG4D-208, Transcript of autophagy related 4D cysteine peptidase, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene ATG4D, Length 1,619 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4D-208ENST00000588667 NISCHQ9Y2I1 1504 aa48.48■■■■■ 5.35
ATG4D-208ENST00000588667 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa43.07■■■■■ 4.49
ATG4D-208ENST00000588667 ABCC9O60706 1549 aa41.81■■■■■ 4.28
ATG4D-208ENST00000588667 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP40.46■■■■■ 4.07
ATG4D-208ENST00000588667 NACADO15069 1562 aa40.4■■■■■ 4.06
ATG4D-208ENST00000588667 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa40.38■■■■■ 4.06
ATG4D-208ENST00000588667 DCAF8L2P0C7V8 631 aa40.3■■■■■ 4.04
ATG4D-208ENST00000588667 MYO15BQ96JP2 1530 aa40.26■■■■■ 4.04
ATG4D-208ENST00000588667 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa40.17■■■■■ 4.02
ATG4D-208ENST00000588667 UNC13AQ9UPW8 1703 aa39.51■■■■□ 3.92
ATG4D-208ENST00000588667 SCRIBQ14160 1630 aa39.26■■■■□ 3.88
ATG4D-208ENST00000588667 BICRAQ9NZM4 1560 aa39.14■■■■□ 3.86
ATG4D-208ENST00000588667 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP39.06■■■■□ 3.84
ATG4D-208ENST00000588667 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa38.8■■■■□ 3.8
ATG4D-208ENST00000588667 DNAJC5BQ9UF47 199 aa38.09■■■■□ 3.69
ATG4D-208ENST00000588667 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP38.09■■■■□ 3.69
ATG4D-208ENST00000588667 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.87■■■■□ 3.65
ATG4D-208ENST00000588667 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.71■■■■□ 3.63
ATG4D-208ENST00000588667 SMARCA4P51532 1647 aa37.6■■■■□ 3.61
ATG4D-208ENST00000588667 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP37.59■■■■□ 3.61
ATG4D-208ENST00000588667 MROH2BQ7Z745 1585 aa37.35■■■■□ 3.57
ATG4D-208ENST00000588667 SMARCA2P51531 1590 aa37.3■■■■□ 3.56
ATG4D-208ENST00000588667 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa37.3■■■■□ 3.56
ATG4D-208ENST00000588667 PEG3Q9GZU2 1588 aa37.25■■■■□ 3.55
ATG4D-208ENST00000588667 NCAPD3P42695 1498 aa37.24■■■■□ 3.55
ATG4D-208ENST00000588667 HMGXB3Q12766 1538 aa37.13■■■■□ 3.53
ATG4D-208ENST00000588667 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP37.02■■■■□ 3.52
ATG4D-208ENST00000588667 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP37.01■■■■□ 3.52
ATG4D-208ENST00000588667 WIZO95785 1651 aa36.99■■■■□ 3.51
ATG4D-208ENST00000588667 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP36.62■■■■□ 3.45
ATG4D-208ENST00000588667 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa36.26■■■■□ 3.39
ATG4D-208ENST00000588667 NESP48681 1621 aa36.25■■■■□ 3.39
ATG4D-208ENST00000588667 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP36.19■■■■□ 3.38
ATG4D-208ENST00000588667 CADPSQ9ULU8 1353 aa36.15■■■■□ 3.38
ATG4D-208ENST00000588667 CCDC88BA6NC98 1476 aa36.15■■■■□ 3.38
ATG4D-208ENST00000588667 ERCC6Q03468 1493 aa36.04■■■■□ 3.36
ATG4D-208ENST00000588667 CFTRP13569 1480 aa36.01■■■■□ 3.36
ATG4D-208ENST00000588667 PDS5BQ9NTI5 1447 aa35.97■■■■□ 3.35
ATG4D-208ENST00000588667 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa35.89■■■■□ 3.34
ATG4D-208ENST00000588667 PRDM2Q13029 1718 aa35.86■■■■□ 3.33
ATG4D-208ENST00000588667 FANCD2Q9BXW9 1451 aa35.76■■■■□ 3.31
ATG4D-208ENST00000588667 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP35.72■■■■□ 3.31
ATG4D-208ENST00000588667 CEP164Q9UPV0 1460 aa35.7■■■■□ 3.31
ATG4D-208ENST00000588667 MRC2Q9UBG0 1479 aa35.6■■■■□ 3.29
ATG4D-208ENST00000588667 CUX2O14529 1486 aa35.59■■■■□ 3.29
ATG4D-208ENST00000588667 WDR62O43379 1518 aa35.5■■■■□ 3.27
ATG4D-208ENST00000588667 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP35.38■■■■□ 3.25
ATG4D-208ENST00000588667 ABCC8Q09428 1581 aa35.25■■■■□ 3.23
ATG4D-208ENST00000588667 TOPBP1Q92547 1522 aa35.22■■■■□ 3.23
ATG4D-208ENST00000588667 DNMBPQ6XZF7 1577 aa35.22■■■■□ 3.23
ATG4D-208ENST00000588667 CUX1P39880 1505 aa35.04■■■■□ 3.2
ATG4D-208ENST00000588667 IFT140Q96RY7 1462 aa34.94■■■■□ 3.18
ATG4D-208ENST00000588667 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP34.94■■■■□ 3.18
ATG4D-208ENST00000588667 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP34.9■■■■□ 3.18
ATG4D-208ENST00000588667 FGD5Q6ZNL6 1462 aa34.89■■■■□ 3.18
ATG4D-208ENST00000588667 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa34.84■■■■□ 3.17
ATG4D-208ENST00000588667 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP34.84■■■■□ 3.17
ATG4D-208ENST00000588667 TOP2BQ02880 1626 aa34.83■■■■□ 3.17
ATG4D-208ENST00000588667 SYNJ1O43426 1573 aa34.82■■■■□ 3.16
ATG4D-208ENST00000588667 SOGA1O94964 1423 aa34.76■■■■□ 3.16
ATG4D-208ENST00000588667 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa34.75■■■■□ 3.15
ATG4D-208ENST00000588667 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP34.73■■■■□ 3.15
ATG4D-208ENST00000588667 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP34.67■■■■□ 3.14
ATG4D-208ENST00000588667 WDR97A6NE52 1622 aa34.64■■■■□ 3.14
ATG4D-208ENST00000588667 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa34.57■■■■□ 3.12
ATG4D-208ENST00000588667 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP34.56■■■■□ 3.123e-6■■■■□ 19.5
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ATG4D-208ENST00000588667 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa34.44■■■■□ 3.1
ATG4D-208ENST00000588667 GAPVD1Q14C86 1478 aa34.39■■■■□ 3.1
ATG4D-208ENST00000588667 PBRM1Q86U86 1689 aa34.37■■■■□ 3.09
ATG4D-208ENST00000588667 GRIN2BQ13224 1484 aa34.36■■■■□ 3.09
ATG4D-208ENST00000588667 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa34.28■■■■□ 3.08
ATG4D-208ENST00000588667 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP34.26■■■■□ 3.08
ATG4D-208ENST00000588667 TRIM41Q8WV44 630 aa34.19■■■■□ 3.06
ATG4D-208ENST00000588667 CHD1O14646 1710 aa34.19■■■■□ 3.06
ATG4D-208ENST00000588667 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.18■■■■□ 3.06
ATG4D-208ENST00000588667 KIF27Q86VH2 1401 aa34.15■■■■□ 3.06
ATG4D-208ENST00000588667 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa34.15■■■■□ 3.06
ATG4D-208ENST00000588667 SYNJ2O15056 1496 aa34.12■■■■□ 3.05
ATG4D-208ENST00000588667 OSCARQ8IYS5 282 aa34.1■■■■□ 3.05
ATG4D-208ENST00000588667 ADAMTS12P58397 1594 aa34.09■■■■□ 3.05
ATG4D-208ENST00000588667 FBLN2P98095 1184 aa34.06■■■■□ 3.04
ATG4D-208ENST00000588667 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP34.03■■■■□ 3.04
ATG4D-208ENST00000588667 FHAD1B1AJZ9 1412 aa34.01■■■■□ 3.03
ATG4D-208ENST00000588667 IGF1RP08069 1367 aa33.95■■■■□ 3.03
ATG4D-208ENST00000588667 CUL7Q14999 1698 aa33.94■■■■□ 3.02
ATG4D-208ENST00000588667 CHIC1Q5VXU3 224 aa33.93■■■■□ 3.02
ATG4D-208ENST00000588667 GRIN2AQ12879 1464 aa33.92■■■■□ 3.02
ATG4D-208ENST00000588667 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa33.88■■■■□ 3.01
ATG4D-208ENST00000588667 CLASP1Q7Z460 1538 aa33.81■■■■□ 3
ATG4D-208ENST00000588667 NUP160Q12769 1436 aa33.77■■■■□ 3
ATG4D-208ENST00000588667 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa33.77■■■■□ 3
ATG4D-208ENST00000588667 CEP170Q5SW79 1584 aa33.75■■■□□ 2.99
ATG4D-208ENST00000588667 EEA1Q15075 1411 aa33.68■■■□□ 2.98
ATG4D-208ENST00000588667 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa33.61■■■□□ 2.97
ATG4D-208ENST00000588667 ARHGEF11O15085 1522 aa33.6■■■□□ 2.97
ATG4D-208ENST00000588667 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa33.58■■■□□ 2.97
ATG4D-208ENST00000588667 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa33.58■■■□□ 2.97
ATG4D-208ENST00000588667 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa33.58■■■□□ 2.97
ATG4D-208ENST00000588667 PRXQ9BXM0 1461 aa33.57■■■□□ 2.96
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