RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000560514.1

TSPAN3-208, Transcript of tetraspanin 3, humanhuman

TSL 2

Gene TSPAN3, Length 638 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TSPAN3-208ENST00000560514 NISCHQ9Y2I1 1504 aa45.21■■■■■ 4.83
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TSPAN3-208ENST00000560514 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa39.17■■■■□ 3.86
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TSPAN3-208ENST00000560514 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.34■■■■□ 3.57
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TSPAN3-208ENST00000560514 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa37.29■■■■□ 3.56
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TSPAN3-208ENST00000560514 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.12■■■■□ 3.53
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TSPAN3-208ENST00000560514 SMARCA2P51531 1590 aa35.48■■■■□ 3.27
TSPAN3-208ENST00000560514 HMGXB3Q12766 1538 aa35.43■■■■□ 3.26
TSPAN3-208ENST00000560514 SMARCA4P51532 1647 aa35.39■■■■□ 3.26
TSPAN3-208ENST00000560514 NESP48681 1621 aa35.35■■■■□ 3.25
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TSPAN3-208ENST00000560514 PEG3Q9GZU2 1588 aa35.02■■■■□ 3.2
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TSPAN3-208ENST00000560514 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa34.91■■■■□ 3.18
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TSPAN3-208ENST00000560514 TRIM41Q8WV44 630 aa34.75■■■■□ 3.15
TSPAN3-208ENST00000560514 CADPSQ9ULU8 1353 aa34.65■■■■□ 3.14
TSPAN3-208ENST00000560514 MRC2Q9UBG0 1479 aa34.61■■■■□ 3.13
TSPAN3-208ENST00000560514 WDR62O43379 1518 aa34.51■■■■□ 3.12
TSPAN3-208ENST00000560514 WIZO95785 1651 aa34.4■■■■□ 3.1
TSPAN3-208ENST00000560514 CEP164Q9UPV0 1460 aa34.39■■■■□ 3.1
TSPAN3-208ENST00000560514 FANCD2Q9BXW9 1451 aa34.27■■■■□ 3.08
TSPAN3-208ENST00000560514 OSCARQ8IYS5 282 aa34.22■■■■□ 3.07
TSPAN3-208ENST00000560514 CFTRP13569 1480 aa34.12■■■■□ 3.05
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TSPAN3-208ENST00000560514 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa33.77■■■■□ 3
TSPAN3-208ENST00000560514 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa33.77■■■■□ 3
TSPAN3-208ENST00000560514 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa33.77■■■■□ 3
TSPAN3-208ENST00000560514 IFT140Q96RY7 1462 aa33.7■■■□□ 2.99
TSPAN3-208ENST00000560514 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP33.65■■■□□ 2.98
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TSPAN3-208ENST00000560514 TOPBP1Q92547 1522 aa33.55■■■□□ 2.96
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TSPAN3-208ENST00000560514 DNMBPQ6XZF7 1577 aa33.38■■■□□ 2.93
TSPAN3-208ENST00000560514 CHD1O14646 1710 aa33.35■■■□□ 2.93
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TSPAN3-208ENST00000560514 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP33.26■■■□□ 2.91
TSPAN3-208ENST00000560514 ARAP1Q96P48 1450 aa33.21■■■□□ 2.91
TSPAN3-208ENST00000560514 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP33.16■■■□□ 2.9
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TSPAN3-208ENST00000560514 SOGA1O94964 1423 aa33.05■■■□□ 2.88
TSPAN3-208ENST00000560514 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP33.03■■■□□ 2.88
TSPAN3-208ENST00000560514 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa32.97■■■□□ 2.87
TSPAN3-208ENST00000560514 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP32.96■■■□□ 2.87
TSPAN3-208ENST00000560514 WDR97A6NE52 1622 aa32.94■■■□□ 2.86
TSPAN3-208ENST00000560514 SYNJ1O43426 1573 aa32.92■■■□□ 2.86
TSPAN3-208ENST00000560514 CLASP1Q7Z460 1538 aa32.9■■■□□ 2.86
TSPAN3-208ENST00000560514 FGD5Q6ZNL6 1462 aa32.89■■■□□ 2.86
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TSPAN3-208ENST00000560514 CUX1P39880 1505 aa32.74■■■□□ 2.83
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TSPAN3-208ENST00000560514 GRIN2AQ12879 1464 aa32.38■■■□□ 2.77
TSPAN3-208ENST00000560514 ERCC6L2Q5T890 1561 aa32.33■■■□□ 2.77
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TSPAN3-208ENST00000560514 CEP170Q5SW79 1584 aa32.28■■■□□ 2.76
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TSPAN3-208ENST00000560514 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP32.12■■■□□ 2.73
TSPAN3-208ENST00000560514 TOP2BQ02880 1626 aa32.1■■■□□ 2.73
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TSPAN3-208ENST00000560514 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP32.04■■■□□ 2.72
TSPAN3-208ENST00000560514 JPH4Q96JJ6 628 aa32■■■□□ 2.71
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