RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556009.5

NPC2-208, Transcript of NPC intracellular cholesterol transporter 2, human

TSL 5

Gene NPC2, Length 699 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPC2-208	ENST00000556009	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.42	■■■■■ 4.7
NPC2-208	ENST00000556009	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.96	■■■■□ 3.99
NPC2-208	ENST00000556009	ABCC9	O60706	1549 aa		39.91	■■■■□ 3.98
NPC2-208	ENST00000556009	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.97	■■■■□ 3.67
NPC2-208	ENST00000556009	NACAD	O15069	1562 aa		37.68	■■■■□ 3.62
NPC2-208	ENST00000556009	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		37.43	■■■■□ 3.58
NPC2-208	ENST00000556009	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.38	■■■■□ 3.57
NPC2-208	ENST00000556009	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		37.35	■■■■□ 3.57
NPC2-208	ENST00000556009	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.16	■■■■□ 3.54
NPC2-208	ENST00000556009	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	37.07	■■■■□ 3.52
NPC2-208	ENST00000556009	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.96	■■■■□ 3.51
NPC2-208	ENST00000556009	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	36.83	■■■■□ 3.49
NPC2-208	ENST00000556009	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.68	■■■■□ 3.46
NPC2-208	ENST00000556009	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.41	■■■■□ 3.42
NPC2-208	ENST00000556009	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.31	■■■■□ 3.4
NPC2-208	ENST00000556009	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		36.1	■■■■□ 3.37
NPC2-208	ENST00000556009	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	36	■■■■□ 3.35
NPC2-208	ENST00000556009	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		35.92	■■■■□ 3.34
NPC2-208	ENST00000556009	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.76	■■■■□ 3.15
NPC2-208	ENST00000556009	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.72	■■■■□ 3.15
NPC2-208	ENST00000556009	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.68	■■■■□ 3.14
NPC2-208	ENST00000556009	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.58	■■■■□ 3.13
NPC2-208	ENST00000556009	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.56	■■■■□ 3.12
NPC2-208	ENST00000556009	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.47	■■■■□ 3.11
NPC2-208	ENST00000556009	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.39	■■■■□ 3.1
NPC2-208	ENST00000556009	CUX2	O14529	1486 aa		34.36	■■■■□ 3.09
NPC2-208	ENST00000556009	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.36	■■■■□ 3.09
NPC2-208	ENST00000556009	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.33	■■■■□ 3.09
NPC2-208	ENST00000556009	NES	P48681	1621 aa		34.32	■■■■□ 3.08
NPC2-208	ENST00000556009	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		34.3	■■■■□ 3.08
NPC2-208	ENST00000556009	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.27	■■■■□ 3.08
NPC2-208	ENST00000556009	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	34.03	■■■■□ 3.04
NPC2-208	ENST00000556009	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		34.03	■■■■□ 3.04
NPC2-208	ENST00000556009	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.98	■■■■□ 3.03
NPC2-208	ENST00000556009	WIZ	O95785	1651 aa		33.92	■■■■□ 3.02
NPC2-208	ENST00000556009	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.75	■■■□□ 2.99
NPC2-208	ENST00000556009	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.7	■■■□□ 2.98
NPC2-208	ENST00000556009	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.52	■■■□□ 2.96
NPC2-208	ENST00000556009	WDR62	O43379	1518 aa		33.49	■■■□□ 2.95
NPC2-208	ENST00000556009	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33.49	■■■□□ 2.95
NPC2-208	ENST00000556009	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.41	■■■□□ 2.94
NPC2-208	ENST00000556009	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.37	■■■□□ 2.93
NPC2-208	ENST00000556009	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.34	■■■□□ 2.93
NPC2-208	ENST00000556009	CFTR	P13569	1480 aa		33.33	■■■□□ 2.93
NPC2-208	ENST00000556009	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.22	■■■□□ 2.91
NPC2-208	ENST00000556009	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
NPC2-208	ENST00000556009	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33	■■■□□ 2.87
NPC2-208	ENST00000556009	TRIM41	Q8WV44	630 aa		32.8	■■■□□ 2.84
NPC2-208	ENST00000556009	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NPC2-208	ENST00000556009	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NPC2-208	ENST00000556009	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.72	■■■□□ 2.83
NPC2-208	ENST00000556009	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.68	■■■□□ 2.82
NPC2-208	ENST00000556009	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.63	■■■□□ 2.81
NPC2-208	ENST00000556009	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.62	■■■□□ 2.81
NPC2-208	ENST00000556009	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.59	■■■□□ 2.81
NPC2-208	ENST00000556009	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.52	■■■□□ 2.8
NPC2-208	ENST00000556009	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NPC2-208	ENST00000556009	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NPC2-208	ENST00000556009	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NPC2-208	ENST00000556009	CHD1	O14646	1710 aa		32.42	■■■□□ 2.78
NPC2-208	ENST00000556009	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NPC2-208	ENST00000556009	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.36	■■■□□ 2.77
NPC2-208	ENST00000556009	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.31	■■■□□ 2.76
NPC2-208	ENST00000556009	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.29	■■■□□ 2.76
NPC2-208	ENST00000556009	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NPC2-208	ENST00000556009	CUX1	P39880	1505 aa		32.2	■■■□□ 2.74
NPC2-208	ENST00000556009	SOGA1	O94964	1423 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NPC2-208	ENST00000556009	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.13	■■■□□ 2.73
NPC2-208	ENST00000556009	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NPC2-208	ENST00000556009	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		32.06	■■■□□ 2.72
NPC2-208	ENST00000556009	FBLN2	P98095	1184 aa		32.06	■■■□□ 2.72
NPC2-208	ENST00000556009	ARAP1	Q96P48	1450 aa		32.01	■■■□□ 2.71
NPC2-208	ENST00000556009	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	31.99	■■■□□ 2.71
NPC2-208	ENST00000556009	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.99	■■■□□ 2.71
NPC2-208	ENST00000556009	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.95	■■■□□ 2.71
NPC2-208	ENST00000556009	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		31.95	■■■□□ 2.71
NPC2-208	ENST00000556009	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.94	■■■□□ 2.7
NPC2-208	ENST00000556009	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.92	■■■□□ 2.7
NPC2-208	ENST00000556009	SYNJ1	O43426	1573 aa		31.88	■■■□□ 2.69
NPC2-208	ENST00000556009	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.87	■■■□□ 2.69
NPC2-208	ENST00000556009	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.86	■■■□□ 2.69
NPC2-208	ENST00000556009	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.84	■■■□□ 2.69
NPC2-208	ENST00000556009	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.82	■■■□□ 2.68
NPC2-208	ENST00000556009	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.81	■■■□□ 2.68
NPC2-208	ENST00000556009	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		31.73	■■■□□ 2.67
NPC2-208	ENST00000556009	TOP2B	Q02880	1626 aa		31.67	■■■□□ 2.66
NPC2-208	ENST00000556009	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.66	■■■□□ 2.66
NPC2-208	ENST00000556009	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.6	■■■□□ 2.65
NPC2-208	ENST00000556009	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	31.57	■■■□□ 2.64
NPC2-208	ENST00000556009	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.55	■■■□□ 2.64
NPC2-208	ENST00000556009	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.51	■■■□□ 2.64
NPC2-208	ENST00000556009	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.5	■■■□□ 2.63
NPC2-208	ENST00000556009	NUP160	Q12769	1436 aa		31.44	■■■□□ 2.62
NPC2-208	ENST00000556009	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.41	■■■□□ 2.62
NPC2-208	ENST00000556009	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.4	■■■□□ 2.62
NPC2-208	ENST00000556009	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.4	■■■□□ 2.62
NPC2-208	ENST00000556009	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.18	■■■□□ 2.58
NPC2-208	ENST00000556009	JPH4	Q96JJ6	628 aa		31.11	■■■□□ 2.57
NPC2-208	ENST00000556009	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	31.1	■■■□□ 2.57
NPC2-208	ENST00000556009	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		31.07	■■■□□ 2.56

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