RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000539982.5

CLSTN3-209, Transcript of calsyntenin 3, humanhuman

TSL 4

Gene CLSTN3, Length 570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLSTN3-209ENST00000539982 NISCHQ9Y2I1 1504 aa29.61■■■□□ 2.33
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CLSTN3-209ENST00000539982 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.78■■□□□ 1.72
CLSTN3-209ENST00000539982 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.61■■□□□ 1.69
CLSTN3-209ENST00000539982 NACADO15069 1562 aa25.35■■□□□ 1.65
CLSTN3-209ENST00000539982 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.22■■□□□ 1.63
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CLSTN3-209ENST00000539982 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.9■■□□□ 1.58
CLSTN3-209ENST00000539982 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.86■■□□□ 1.57
CLSTN3-209ENST00000539982 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.51■■□□□ 1.51
CLSTN3-209ENST00000539982 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24.44■■□□□ 1.5
CLSTN3-209ENST00000539982 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.44■■□□□ 1.5
CLSTN3-209ENST00000539982 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
CLSTN3-209ENST00000539982 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.43■■□□□ 1.5
CLSTN3-209ENST00000539982 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.29■■□□□ 1.48
CLSTN3-209ENST00000539982 SCRIBQ14160 1630 aa24.28■■□□□ 1.48
CLSTN3-209ENST00000539982 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.97■■□□□ 1.43
CLSTN3-209ENST00000539982 CUX2O14529 1486 aa23.49■■□□□ 1.35
CLSTN3-209ENST00000539982 NCAPD3P42695 1498 aa23.44■■□□□ 1.34
CLSTN3-209ENST00000539982 ERCC6Q03468 1493 aa23.4■■□□□ 1.34
CLSTN3-209ENST00000539982 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.3■■□□□ 1.32
CLSTN3-209ENST00000539982 SMARCA2P51531 1590 aa23.19■■□□□ 1.3
CLSTN3-209ENST00000539982 HMGXB3Q12766 1538 aa23.18■■□□□ 1.3
CLSTN3-209ENST00000539982 NESP48681 1621 aa23.15■■□□□ 1.3
CLSTN3-209ENST00000539982 SMARCA4P51532 1647 aa23.14■■□□□ 1.29
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CLSTN3-209ENST00000539982 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23■■□□□ 1.27
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CLSTN3-209ENST00000539982 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.93■■□□□ 1.26
CLSTN3-209ENST00000539982 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.93■■□□□ 1.26
CLSTN3-209ENST00000539982 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.85■■□□□ 1.25
CLSTN3-209ENST00000539982 MROH2BQ7Z745 1585 aa22.8■■□□□ 1.24
CLSTN3-209ENST00000539982 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.79■■□□□ 1.24
CLSTN3-209ENST00000539982 TRIM41Q8WV44 630 aa22.72■■□□□ 1.23
CLSTN3-209ENST00000539982 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.72■■□□□ 1.23
CLSTN3-209ENST00000539982 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.63■■□□□ 1.21
CLSTN3-209ENST00000539982 WDR62O43379 1518 aa22.58■■□□□ 1.21
CLSTN3-209ENST00000539982 WIZO95785 1651 aa22.49■■□□□ 1.19
CLSTN3-209ENST00000539982 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.47■■□□□ 1.19
CLSTN3-209ENST00000539982 OSCARQ8IYS5 282 aa22.43■■□□□ 1.18
CLSTN3-209ENST00000539982 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.42■■□□□ 1.18
CLSTN3-209ENST00000539982 CFTRP13569 1480 aa22.36■■□□□ 1.17
CLSTN3-209ENST00000539982 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.26■■□□□ 1.15
CLSTN3-209ENST00000539982 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
CLSTN3-209ENST00000539982 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
CLSTN3-209ENST00000539982 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa22.08■■□□□ 1.13
CLSTN3-209ENST00000539982 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa22.08■■□□□ 1.13
CLSTN3-209ENST00000539982 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa22.08■■□□□ 1.13
CLSTN3-209ENST00000539982 IFT140Q96RY7 1462 aa22.06■■□□□ 1.12
CLSTN3-209ENST00000539982 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.05■■□□□ 1.12
CLSTN3-209ENST00000539982 PRDM2Q13029 1718 aa22.02■■□□□ 1.12
CLSTN3-209ENST00000539982 ARHGEF11O15085 1522 aa21.98■■□□□ 1.11
CLSTN3-209ENST00000539982 CCDC88BA6NC98 1476 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-209ENST00000539982 TOPBP1Q92547 1522 aa21.96■■□□□ 1.11
CLSTN3-209ENST00000539982 ABCC8Q09428 1581 aa21.92■■□□□ 1.1
CLSTN3-209ENST00000539982 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.92■■□□□ 1.1
CLSTN3-209ENST00000539982 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.86■■□□□ 1.09
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CLSTN3-209ENST00000539982 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.82■■□□□ 1.086e-9■■■■■ 30.6
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CLSTN3-209ENST00000539982 FBLN2P98095 1184 aa21.78■■□□□ 1.08
CLSTN3-209ENST00000539982 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.77■■□□□ 1.08
CLSTN3-209ENST00000539982 CHD1O14646 1710 aa21.76■■□□□ 1.07
CLSTN3-209ENST00000539982 ARAP1Q96P48 1450 aa21.74■■□□□ 1.07
CLSTN3-209ENST00000539982 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.71■■□□□ 1.07
CLSTN3-209ENST00000539982 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.64■■□□□ 1.06
CLSTN3-209ENST00000539982 SOGA1O94964 1423 aa21.64■■□□□ 1.06
CLSTN3-209ENST00000539982 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.64■■□□□ 1.06
CLSTN3-209ENST00000539982 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.57■■□□□ 1.04
CLSTN3-209ENST00000539982 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.55■■□□□ 1.04
CLSTN3-209ENST00000539982 WDR97A6NE52 1622 aa21.53■■□□□ 1.04
CLSTN3-209ENST00000539982 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.53■■□□□ 1.04
CLSTN3-209ENST00000539982 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.52■■□□□ 1.03
CLSTN3-209ENST00000539982 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.5■■□□□ 1.03
CLSTN3-209ENST00000539982 SYNJ1O43426 1573 aa21.49■■□□□ 1.03
CLSTN3-209ENST00000539982 GRIN2BQ13224 1484 aa21.47■■□□□ 1.03
CLSTN3-209ENST00000539982 SYNJ2O15056 1496 aa21.44■■□□□ 1.02
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CLSTN3-209ENST00000539982 NUP160Q12769 1436 aa21.13■□□□□ 0.97
CLSTN3-209ENST00000539982 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP21.12■□□□□ 0.97
CLSTN3-209ENST00000539982 CEP170Q5SW79 1584 aa21.12■□□□□ 0.97
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CLSTN3-209ENST00000539982 SHROOM2Q13796 1616 aa21.05■□□□□ 0.96
CLSTN3-209ENST00000539982 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP21■□□□□ 0.95
CLSTN3-209ENST00000539982 TOP2BQ02880 1626 aa20.99■□□□□ 0.95
CLSTN3-209ENST00000539982 ERICH3Q5RHP9 1530 aa20.99■□□□□ 0.95
CLSTN3-209ENST00000539982 JPH4Q96JJ6 628 aa20.98■□□□□ 0.95
CLSTN3-209ENST00000539982 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa20.97■□□□□ 0.95
CLSTN3-209ENST00000539982 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.97■□□□□ 0.95
CLSTN3-209ENST00000539982 KIF13AQ9H1H9 1805 aa20.95■□□□□ 0.94
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