RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000533069.1

PKP3-209, Transcript of plakophilin 3, humanhuman

TSL 2

Gene PKP3, Length 590 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKP3-209ENST00000533069 NISCHQ9Y2I1 1504 aa40.88■■■■■ 4.13
PKP3-209ENST00000533069 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa36.47■■■■□ 3.43
PKP3-209ENST00000533069 ABCC9O60706 1549 aa35.89■■■■□ 3.34
PKP3-209ENST00000533069 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa34.46■■■■□ 3.11
PKP3-209ENST00000533069 NACADO15069 1562 aa34.36■■■■□ 3.09
PKP3-209ENST00000533069 DCAF8L2P0C7V8 631 aa34.19■■■■□ 3.06
PKP3-209ENST00000533069 MYO15BQ96JP2 1530 aa34.13■■■■□ 3.05
PKP3-209ENST00000533069 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP34.01■■■■□ 3.04
PKP3-209ENST00000533069 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa33.86■■■■□ 3.01
PKP3-209ENST00000533069 UNC13AQ9UPW8 1703 aa33.53■■■□□ 2.96
PKP3-209ENST00000533069 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP33.48■■■□□ 2.95
PKP3-209ENST00000533069 BICRAQ9NZM4 1560 aa33.38■■■□□ 2.93
PKP3-209ENST00000533069 SCRIBQ14160 1630 aa33.2■■■□□ 2.91
PKP3-209ENST00000533069 DNAJC5BQ9UF47 199 aa33.15■■■□□ 2.9
PKP3-209ENST00000533069 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa33.15■■■□□ 2.9
PKP3-209ENST00000533069 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP32.55■■■□□ 2.8
PKP3-209ENST00000533069 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa32.46■■■□□ 2.79
PKP3-209ENST00000533069 CECR2Q9BXF3 1484 aa32.32■■■□□ 2.76
PKP3-209ENST00000533069 SMARCA4P51532 1647 aa31.76■■■□□ 2.67
PKP3-209ENST00000533069 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP31.73■■■□□ 2.67
PKP3-209ENST00000533069 NCAPD3P42695 1498 aa31.72■■■□□ 2.67
PKP3-209ENST00000533069 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa31.67■■■□□ 2.66
PKP3-209ENST00000533069 SMARCA2P51531 1590 aa31.64■■■□□ 2.66
PKP3-209ENST00000533069 HMGXB3Q12766 1538 aa31.54■■■□□ 2.64
PKP3-209ENST00000533069 PEG3Q9GZU2 1588 aa31.49■■■□□ 2.63
PKP3-209ENST00000533069 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.47■■■□□ 2.63
PKP3-209ENST00000533069 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP31.41■■■□□ 2.62
PKP3-209ENST00000533069 WIZO95785 1651 aa31.07■■■□□ 2.56
PKP3-209ENST00000533069 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.04■■■□□ 2.56
PKP3-209ENST00000533069 ERCC6Q03468 1493 aa31.01■■■□□ 2.55
PKP3-209ENST00000533069 NESP48681 1621 aa30.96■■■□□ 2.55
PKP3-209ENST00000533069 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.92■■■□□ 2.54
PKP3-209ENST00000533069 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP30.81■■■□□ 2.52
PKP3-209ENST00000533069 CUX2O14529 1486 aa30.81■■■□□ 2.52
PKP3-209ENST00000533069 CADPSQ9ULU8 1353 aa30.78■■■□□ 2.52
PKP3-209ENST00000533069 PDS5BQ9NTI5 1447 aa30.74■■■□□ 2.51
PKP3-209ENST00000533069 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP30.58■■■□□ 2.49
PKP3-209ENST00000533069 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa30.55■■■□□ 2.48
PKP3-209ENST00000533069 CFTRP13569 1480 aa30.54■■■□□ 2.48
PKP3-209ENST00000533069 MRC2Q9UBG0 1479 aa30.43■■■□□ 2.46
PKP3-209ENST00000533069 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.42■■■□□ 2.46
PKP3-209ENST00000533069 FANCD2Q9BXW9 1451 aa30.41■■■□□ 2.46
PKP3-209ENST00000533069 CEP164Q9UPV0 1460 aa30.41■■■□□ 2.46
PKP3-209ENST00000533069 WDR62O43379 1518 aa30.33■■■□□ 2.45
PKP3-209ENST00000533069 PRDM2Q13029 1718 aa30.19■■■□□ 2.42
PKP3-209ENST00000533069 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa30.12■■■□□ 2.41
PKP3-209ENST00000533069 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP30.11■■■□□ 2.41
PKP3-209ENST00000533069 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP29.99■■■□□ 2.39
PKP3-209ENST00000533069 ABCC8Q09428 1581 aa29.91■■■□□ 2.38
PKP3-209ENST00000533069 TOPBP1Q92547 1522 aa29.88■■■□□ 2.37
PKP3-209ENST00000533069 DNMBPQ6XZF7 1577 aa29.84■■■□□ 2.37
PKP3-209ENST00000533069 IFT140Q96RY7 1462 aa29.8■■■□□ 2.36
PKP3-209ENST00000533069 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP29.63■■■□□ 2.33
PKP3-209ENST00000533069 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP29.61■■■□□ 2.33
PKP3-209ENST00000533069 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP29.56■■■□□ 2.32
PKP3-209ENST00000533069 CUX1P39880 1505 aa29.55■■■□□ 2.32
PKP3-209ENST00000533069 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP29.52■■■□□ 2.32
PKP3-209ENST00000533069 FGD5Q6ZNL6 1462 aa29.5■■■□□ 2.31
PKP3-209ENST00000533069 SOGA1O94964 1423 aa29.49■■■□□ 2.31
PKP3-209ENST00000533069 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa29.46■■■□□ 2.31
PKP3-209ENST00000533069 OSCARQ8IYS5 282 aa29.45■■■□□ 2.31
PKP3-209ENST00000533069 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP29.43■■■□□ 2.32e-6■■■■■ 27.4
PKP3-209ENST00000533069 WDR97A6NE52 1622 aa29.39■■■□□ 2.3
PKP3-209ENST00000533069 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP29.34■■■□□ 2.29
PKP3-209ENST00000533069 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.28■■■□□ 2.28
PKP3-209ENST00000533069 TOP2BQ02880 1626 aa29.23■■■□□ 2.27
PKP3-209ENST00000533069 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa29.23■■■□□ 2.27
PKP3-209ENST00000533069 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa29.22■■■□□ 2.27
PKP3-209ENST00000533069 GRIN2BQ13224 1484 aa29.21■■■□□ 2.27
PKP3-209ENST00000533069 SYNJ1O43426 1573 aa29.19■■■□□ 2.26
PKP3-209ENST00000533069 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa29.17■■■□□ 2.26
PKP3-209ENST00000533069 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP29.17■■■□□ 2.26
PKP3-209ENST00000533069 GAPVD1Q14C86 1478 aa29.15■■■□□ 2.26
PKP3-209ENST00000533069 FBLN2P98095 1184 aa29.13■■■□□ 2.25
PKP3-209ENST00000533069 CHD1O14646 1710 aa29.12■■■□□ 2.25
PKP3-209ENST00000533069 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa29.11■■■□□ 2.25
PKP3-209ENST00000533069 SYNJ2O15056 1496 aa29.04■■■□□ 2.24
PKP3-209ENST00000533069 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP29.04■■■□□ 2.24
PKP3-209ENST00000533069 PBRM1Q86U86 1689 aa29.04■■■□□ 2.24
PKP3-209ENST00000533069 TRIM41Q8WV44 630 aa28.98■■■□□ 2.23
PKP3-209ENST00000533069 ARHGEF11O15085 1522 aa28.96■■■□□ 2.23
PKP3-209ENST00000533069 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa28.96■■■□□ 2.23
PKP3-209ENST00000533069 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa28.96■■■□□ 2.23
PKP3-209ENST00000533069 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa28.96■■■□□ 2.23
PKP3-209ENST00000533069 CLASP1Q7Z460 1538 aa28.89■■■□□ 2.22
PKP3-209ENST00000533069 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.88■■■□□ 2.21
PKP3-209ENST00000533069 ADAMTS12P58397 1594 aa28.86■■■□□ 2.21
PKP3-209ENST00000533069 FHAD1B1AJZ9 1412 aa28.83■■■□□ 2.21
PKP3-209ENST00000533069 GRIN2AQ12879 1464 aa28.81■■■□□ 2.2
PKP3-209ENST00000533069 NUP160Q12769 1436 aa28.71■■■□□ 2.19
PKP3-209ENST00000533069 KIF27Q86VH2 1401 aa28.71■■■□□ 2.19
PKP3-209ENST00000533069 ARAP1Q96P48 1450 aa28.71■■■□□ 2.19
PKP3-209ENST00000533069 CYB5RLQ6IPT4 315 aa28.67■■■□□ 2.18
PKP3-209ENST00000533069 CEP170Q5SW79 1584 aa28.65■■■□□ 2.18
PKP3-209ENST00000533069 IGF1RP08069 1367 aa28.6■■■□□ 2.17
PKP3-209ENST00000533069 CUL7Q14999 1698 aa28.55■■■□□ 2.16
PKP3-209ENST00000533069 SHROOM2Q13796 1616 aa28.5■■■□□ 2.15
PKP3-209ENST00000533069 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa28.44■■■□□ 2.14
PKP3-209ENST00000533069 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa28.43■■■□□ 2.14
PKP3-209ENST00000533069 ERCC6L2Q5T890 1561 aa28.41■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.9 ms