RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000527680.1

TRAPPC4-208, Transcript of trafficking protein particle complex 4, humanhuman

TSL 2

Gene TRAPPC4, Length 569 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAPPC4-208ENST00000527680 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.56■■■■■ 6.48
TRAPPC4-208ENST00000527680 ABCC9O60706 1549 aa49.8■■■■■ 5.56
TRAPPC4-208ENST00000527680 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.72■■■■■ 5.55
TRAPPC4-208ENST00000527680 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.37■■■■■ 5.17
TRAPPC4-208ENST00000527680 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.22■■■■■ 5.15
TRAPPC4-208ENST00000527680 NACADO15069 1562 aa47.06■■■■■ 5.12
TRAPPC4-208ENST00000527680 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.64■■■■■ 5.06
TRAPPC4-208ENST00000527680 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.48■■■■■ 5.03
TRAPPC4-208ENST00000527680 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.36■■■■■ 5.01
TRAPPC4-208ENST00000527680 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.23■■■■■ 4.99
TRAPPC4-208ENST00000527680 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46■■■■■ 4.95
TRAPPC4-208ENST00000527680 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.92■■■■■ 4.94
TRAPPC4-208ENST00000527680 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.82■■■■■ 4.92
TRAPPC4-208ENST00000527680 SCRIBQ14160 1630 aa45.43■■■■■ 4.86
TRAPPC4-208ENST00000527680 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.27■■■■■ 4.84
TRAPPC4-208ENST00000527680 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.92■■■■■ 4.78
TRAPPC4-208ENST00000527680 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.83■■■■■ 4.77
TRAPPC4-208ENST00000527680 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.82■■■■■ 4.77
TRAPPC4-208ENST00000527680 NCAPD3P42695 1498 aa43.45■■■■■ 4.55
TRAPPC4-208ENST00000527680 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.34■■■■■ 4.53
TRAPPC4-208ENST00000527680 SMARCA4P51532 1647 aa43.29■■■■■ 4.52
TRAPPC4-208ENST00000527680 SMARCA2P51531 1590 aa43.23■■■■■ 4.51
TRAPPC4-208ENST00000527680 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.12■■■■■ 4.49
TRAPPC4-208ENST00000527680 HMGXB3Q12766 1538 aa43.07■■■■■ 4.49
TRAPPC4-208ENST00000527680 ERCC6Q03468 1493 aa43.03■■■■■ 4.48
TRAPPC4-208ENST00000527680 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.97■■■■■ 4.47
TRAPPC4-208ENST00000527680 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.82■■■■■ 4.45
TRAPPC4-208ENST00000527680 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.8■■■■■ 4.44
TRAPPC4-208ENST00000527680 CUX2O14529 1486 aa42.79■■■■■ 4.44
TRAPPC4-208ENST00000527680 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.78■■■■■ 4.44
TRAPPC4-208ENST00000527680 NESP48681 1621 aa42.77■■■■■ 4.44
TRAPPC4-208ENST00000527680 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.44■■■■■ 4.39
TRAPPC4-208ENST00000527680 WIZO95785 1651 aa42.32■■■■■ 4.37
TRAPPC4-208ENST00000527680 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.29■■■■■ 4.36
TRAPPC4-208ENST00000527680 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.2■■■■■ 4.35
TRAPPC4-208ENST00000527680 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.2■■■■■ 4.35
TRAPPC4-208ENST00000527680 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.18■■■■■ 4.34
TRAPPC4-208ENST00000527680 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42■■■■■ 4.31
TRAPPC4-208ENST00000527680 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.85■■■■■ 4.29
TRAPPC4-208ENST00000527680 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.75■■■■■ 4.27
TRAPPC4-208ENST00000527680 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.73■■■■■ 4.27
TRAPPC4-208ENST00000527680 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.7■■■■■ 4.27
TRAPPC4-208ENST00000527680 WDR62O43379 1518 aa41.68■■■■■ 4.26
TRAPPC4-208ENST00000527680 CFTRP13569 1480 aa41.67■■■■■ 4.26
TRAPPC4-208ENST00000527680 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.36■■■■■ 4.21
TRAPPC4-208ENST00000527680 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.31■■■■■ 4.2
TRAPPC4-208ENST00000527680 PRDM2Q13029 1718 aa41.2■■■■■ 4.19
TRAPPC4-208ENST00000527680 TRIM41Q8WV44 630 aa41.08■■■■■ 4.17
TRAPPC4-208ENST00000527680 OSCARQ8IYS5 282 aa41.06■■■■■ 4.16
TRAPPC4-208ENST00000527680 TOPBP1Q92547 1522 aa40.89■■■■■ 4.14
TRAPPC4-208ENST00000527680 IFT140Q96RY7 1462 aa40.89■■■■■ 4.14
TRAPPC4-208ENST00000527680 ABCC8Q09428 1581 aa40.86■■■■■ 4.13
TRAPPC4-208ENST00000527680 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.81■■■■■ 4.12
TRAPPC4-208ENST00000527680 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.74■■■■■ 4.11
TRAPPC4-208ENST00000527680 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.53■■■■■ 4.08
TRAPPC4-208ENST00000527680 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.51■■■■■ 4.087e-9■■■■■ 35.6
TRAPPC4-208ENST00000527680 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.48■■■■■ 4.07
TRAPPC4-208ENST00000527680 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.47■■■■■ 4.07
TRAPPC4-208ENST00000527680 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.47■■■■■ 4.07
TRAPPC4-208ENST00000527680 FBLN2P98095 1184 aa40.41■■■■■ 4.06
TRAPPC4-208ENST00000527680 SOGA1O94964 1423 aa40.4■■■■■ 4.06
TRAPPC4-208ENST00000527680 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.39■■■■■ 4.06
TRAPPC4-208ENST00000527680 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.33■■■■■ 4.05
TRAPPC4-208ENST00000527680 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.33■■■■■ 4.05
TRAPPC4-208ENST00000527680 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.33■■■■■ 4.05
TRAPPC4-208ENST00000527680 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.32■■■■■ 4.04
TRAPPC4-208ENST00000527680 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.26■■■■■ 4.04
TRAPPC4-208ENST00000527680 CHD1O14646 1710 aa40.24■■■■■ 4.03
TRAPPC4-208ENST00000527680 ARHGEF11O15085 1522 aa40.21■■■■■ 4.03
TRAPPC4-208ENST00000527680 CUX1P39880 1505 aa40.21■■■■■ 4.03
TRAPPC4-208ENST00000527680 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.12■■■■■ 4.01
TRAPPC4-208ENST00000527680 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.08■■■■■ 4.01
TRAPPC4-208ENST00000527680 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.05■■■■■ 4
TRAPPC4-208ENST00000527680 WDR97A6NE52 1622 aa40.03■■■■■ 4
TRAPPC4-208ENST00000527680 GRIN2BQ13224 1484 aa39.98■■■■□ 3.99
TRAPPC4-208ENST00000527680 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.93■■■■□ 3.98
TRAPPC4-208ENST00000527680 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.88■■■■□ 3.97
TRAPPC4-208ENST00000527680 SYNJ2O15056 1496 aa39.81■■■■□ 3.96
TRAPPC4-208ENST00000527680 ARAP1Q96P48 1450 aa39.81■■■■□ 3.96
TRAPPC4-208ENST00000527680 SYNJ1O43426 1573 aa39.8■■■■□ 3.96
TRAPPC4-208ENST00000527680 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.78■■■■□ 3.96
TRAPPC4-208ENST00000527680 PBRM1Q86U86 1689 aa39.76■■■■□ 3.96
TRAPPC4-208ENST00000527680 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.73■■■■□ 3.95
TRAPPC4-208ENST00000527680 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.72■■■■□ 3.95
TRAPPC4-208ENST00000527680 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.71■■■■□ 3.95
TRAPPC4-208ENST00000527680 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.65■■■■□ 3.94
TRAPPC4-208ENST00000527680 TOP2BQ02880 1626 aa39.58■■■■□ 3.93
TRAPPC4-208ENST00000527680 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.55■■■■□ 3.92
TRAPPC4-208ENST00000527680 GRIN2AQ12879 1464 aa39.43■■■■□ 3.9
TRAPPC4-208ENST00000527680 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.36■■■■□ 3.89
TRAPPC4-208ENST00000527680 ADAMTS12P58397 1594 aa39.36■■■■□ 3.89
TRAPPC4-208ENST00000527680 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.29■■■■□ 3.88
TRAPPC4-208ENST00000527680 NUP160Q12769 1436 aa39.26■■■■□ 3.88
TRAPPC4-208ENST00000527680 CEP170Q5SW79 1584 aa39.25■■■■□ 3.87
TRAPPC4-208ENST00000527680 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.17■■■■□ 3.86
TRAPPC4-208ENST00000527680 JPH4Q96JJ6 628 aa39.05■■■■□ 3.84
TRAPPC4-208ENST00000527680 SHROOM2Q13796 1616 aa39.03■■■■□ 3.84
TRAPPC4-208ENST00000527680 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP38.98■■■■□ 3.83
TRAPPC4-208ENST00000527680 KIF27Q86VH2 1401 aa38.92■■■■□ 3.82
TRAPPC4-208ENST00000527680 IGF1RP08069 1367 aa38.9■■■■□ 3.82
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 99.5 ms