RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000525257.1

USP47-205, Transcript of ubiquitin specific peptidase 47, humanhuman

TSL 4

Gene USP47, Length 548 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47-205ENST00000525257 NISCHQ9Y2I1 1504 aa60.41■■■■■ 7.26
USP47-205ENST00000525257 ABCC9O60706 1549 aa54.52■■■■■ 6.32
USP47-205ENST00000525257 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa54.3■■■■■ 6.28
USP47-205ENST00000525257 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa51.78■■■■■ 5.88
USP47-205ENST00000525257 NACADO15069 1562 aa51.36■■■■■ 5.81
USP47-205ENST00000525257 DNAJC5BQ9UF47 199 aa51.27■■■■■ 5.8
USP47-205ENST00000525257 DCAF8L2P0C7V8 631 aa51.09■■■■■ 5.77
USP47-205ENST00000525257 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP50.71■■■■■ 5.71
USP47-205ENST00000525257 UNC13AQ9UPW8 1703 aa50.66■■■■■ 5.7
USP47-205ENST00000525257 MYO15BQ96JP2 1530 aa50.54■■■■■ 5.68
USP47-205ENST00000525257 BICRAQ9NZM4 1560 aa50.3■■■■■ 5.64
USP47-205ENST00000525257 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP50.03■■■■■ 5.6
USP47-205ENST00000525257 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa49.85■■■■■ 5.57
USP47-205ENST00000525257 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa49.54■■■■■ 5.52
USP47-205ENST00000525257 SCRIBQ14160 1630 aa49.52■■■■■ 5.52
USP47-205ENST00000525257 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa49.23■■■■■ 5.47
USP47-205ENST00000525257 CECR2Q9BXF3 1484 aa49.11■■■■■ 5.45
USP47-205ENST00000525257 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP49.07■■■■■ 5.45
USP47-205ENST00000525257 NCAPD3P42695 1498 aa47.4■■■■■ 5.18
USP47-205ENST00000525257 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa47.25■■■■■ 5.15
USP47-205ENST00000525257 SMARCA4P51532 1647 aa47.19■■■■■ 5.15
USP47-205ENST00000525257 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa47.18■■■■■ 5.14
USP47-205ENST00000525257 SMARCA2P51531 1590 aa47.11■■■■■ 5.13
USP47-205ENST00000525257 ERCC6Q03468 1493 aa47.08■■■■■ 5.13
USP47-205ENST00000525257 HMGXB3Q12766 1538 aa47.06■■■■■ 5.12
USP47-205ENST00000525257 CUX2O14529 1486 aa47.02■■■■■ 5.12
USP47-205ENST00000525257 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP46.9■■■■■ 5.1
USP47-205ENST00000525257 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP46.81■■■■■ 5.08
USP47-205ENST00000525257 NESP48681 1621 aa46.79■■■■■ 5.08
USP47-205ENST00000525257 PEG3Q9GZU2 1588 aa46.69■■■■■ 5.07
USP47-205ENST00000525257 MROH2BQ7Z745 1585 aa46.56■■■■■ 5.04
USP47-205ENST00000525257 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa46.39■■■■■ 5.02
USP47-205ENST00000525257 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP46.35■■■■■ 5.01
USP47-205ENST00000525257 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa46.2■■■■■ 4.99
USP47-205ENST00000525257 PDS5BQ9NTI5 1447 aa46.11■■■■■ 4.97
USP47-205ENST00000525257 WIZO95785 1651 aa46.02■■■■■ 4.96
USP47-205ENST00000525257 CADPSQ9ULU8 1353 aa45.96■■■■■ 4.95
USP47-205ENST00000525257 MRC2Q9UBG0 1479 aa45.75■■■■■ 4.91
USP47-205ENST00000525257 WDR62O43379 1518 aa45.65■■■■■ 4.9
USP47-205ENST00000525257 CEP164Q9UPV0 1460 aa45.55■■■■■ 4.88
USP47-205ENST00000525257 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP45.51■■■■■ 4.88
USP47-205ENST00000525257 FANCD2Q9BXW9 1451 aa45.47■■■■■ 4.87
USP47-205ENST00000525257 CFTRP13569 1480 aa45.4■■■■■ 4.86
USP47-205ENST00000525257 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP45.4■■■■■ 4.86
USP47-205ENST00000525257 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP45.12■■■■■ 4.81
USP47-205ENST00000525257 TRIM41Q8WV44 630 aa45.11■■■■■ 4.81
USP47-205ENST00000525257 PRDM2Q13029 1718 aa44.99■■■■■ 4.79
USP47-205ENST00000525257 CCDC88BA6NC98 1476 aa44.88■■■■■ 4.78
USP47-205ENST00000525257 OSCARQ8IYS5 282 aa44.82■■■■■ 4.77
USP47-205ENST00000525257 IFT140Q96RY7 1462 aa44.62■■■■■ 4.73
USP47-205ENST00000525257 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP44.6■■■■■ 4.73
USP47-205ENST00000525257 TOPBP1Q92547 1522 aa44.59■■■■■ 4.73
USP47-205ENST00000525257 ABCC8Q09428 1581 aa44.43■■■■■ 4.7
USP47-205ENST00000525257 DNMBPQ6XZF7 1577 aa44.42■■■■■ 4.7
USP47-205ENST00000525257 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP44.36■■■■■ 4.69
USP47-205ENST00000525257 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa44.33■■■■■ 4.69
USP47-205ENST00000525257 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa44.33■■■■■ 4.69
USP47-205ENST00000525257 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa44.33■■■■■ 4.69
USP47-205ENST00000525257 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP44.22■■■■■ 4.67
USP47-205ENST00000525257 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP44.16■■■■■ 4.663e-7■■■■■ 30.5
USP47-205ENST00000525257 ARHGEF11O15085 1522 aa44.15■■■■■ 4.66
USP47-205ENST00000525257 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44.13■■■■■ 4.65
USP47-205ENST00000525257 CHD1O14646 1710 aa44.08■■■■■ 4.65
USP47-205ENST00000525257 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa43.98■■■■■ 4.63
USP47-205ENST00000525257 FBLN2P98095 1184 aa43.92■■■■■ 4.62
USP47-205ENST00000525257 SOGA1O94964 1423 aa43.9■■■■■ 4.62
USP47-205ENST00000525257 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP43.86■■■■■ 4.61
USP47-205ENST00000525257 FGD5Q6ZNL6 1462 aa43.83■■■■■ 4.61
USP47-205ENST00000525257 CYB5RLQ6IPT4 315 aa43.82■■■■■ 4.61
USP47-205ENST00000525257 CUX1P39880 1505 aa43.77■■■■■ 4.6
USP47-205ENST00000525257 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa43.72■■■■■ 4.59
USP47-205ENST00000525257 WDR97A6NE52 1622 aa43.72■■■■■ 4.59
USP47-205ENST00000525257 ARAP1Q96P48 1450 aa43.71■■■■■ 4.59
USP47-205ENST00000525257 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP43.57■■■■■ 4.56
USP47-205ENST00000525257 GRIN2BQ13224 1484 aa43.55■■■■■ 4.56
USP47-205ENST00000525257 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP43.54■■■■■ 4.56
USP47-205ENST00000525257 CLASP1Q7Z460 1538 aa43.53■■■■■ 4.56
USP47-205ENST00000525257 SYNJ1O43426 1573 aa43.5■■■■■ 4.55
USP47-205ENST00000525257 SYNJ2O15056 1496 aa43.43■■■■■ 4.54
USP47-205ENST00000525257 PBRM1Q86U86 1689 aa43.43■■■■■ 4.54
USP47-205ENST00000525257 TRHP20396 242 aaPredicted RBP43.42■■■■■ 4.54
USP47-205ENST00000525257 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP43.39■■■■■ 4.54
USP47-205ENST00000525257 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.38■■■■■ 4.53
USP47-205ENST00000525257 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa43.3■■■■■ 4.52
USP47-205ENST00000525257 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.28■■■■■ 4.52
USP47-205ENST00000525257 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP43.08■■■■■ 4.49
USP47-205ENST00000525257 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa43.02■■■■■ 4.48
USP47-205ENST00000525257 TOP2BQ02880 1626 aa43■■■■■ 4.47
USP47-205ENST00000525257 GRIN2AQ12879 1464 aa43■■■■■ 4.47
USP47-205ENST00000525257 ADAMTS12P58397 1594 aa42.98■■■■■ 4.47
USP47-205ENST00000525257 CEP170Q5SW79 1584 aa42.88■■■■■ 4.45
USP47-205ENST00000525257 ERCC6L2Q5T890 1561 aa42.87■■■■■ 4.45
USP47-205ENST00000525257 NUP160Q12769 1436 aa42.84■■■■■ 4.45
USP47-205ENST00000525257 FHAD1B1AJZ9 1412 aa42.8■■■■■ 4.44
USP47-205ENST00000525257 ERICH3Q5RHP9 1530 aa42.75■■■■■ 4.43
USP47-205ENST00000525257 SHROOM2Q13796 1616 aa42.7■■■■■ 4.43
USP47-205ENST00000525257 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP42.46■■■■■ 4.39
USP47-205ENST00000525257 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.38■■■■■ 4.37
USP47-205ENST00000525257 JPH4Q96JJ6 628 aa42.38■■■■■ 4.37
USP47-205ENST00000525257 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP42.28■■■■■ 4.36
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 113.1 ms