RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000497511.5

SKAP2-209, Transcript of src kinase associated phosphoprotein 2, human

TSL 4

Gene SKAP2, Length 585 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SKAP2-209	ENST00000497511	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	35.42	■■■■□ 3.26
SKAP2-209	ENST00000497511	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		34.5	■■■■□ 3.11
SKAP2-209	ENST00000497511	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	30.27	■■■□□ 2.44
SKAP2-209	ENST00000497511	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	30.22	■■■□□ 2.43
SKAP2-209	ENST00000497511	FOXD1	Q16676	465 aa		28.01	■■■□□ 2.07
SKAP2-209	ENST00000497511	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		27.99	■■■□□ 2.07
SKAP2-209	ENST00000497511	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		27.24	■■□□□ 1.95
SKAP2-209	ENST00000497511	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		26.72	■■□□□ 1.87
SKAP2-209	ENST00000497511	ADRA2B	P18089	450 aa		26.71	■■□□□ 1.87
SKAP2-209	ENST00000497511	PIAS4	Q8N2W9	510 aa	Predicted RBP	26.4	■■□□□ 1.82
SKAP2-209	ENST00000497511	MSH5	O43196	834 aa		26.06	■■□□□ 1.76
SKAP2-209	ENST00000497511	ABCC9	O60706	1549 aa		25.01	■■□□□ 1.59
SKAP2-209	ENST00000497511	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	24.66	■■□□□ 1.54
SKAP2-209	ENST00000497511	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		24.57	■■□□□ 1.52
SKAP2-209	ENST00000497511	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		24.53	■■□□□ 1.52
SKAP2-209	ENST00000497511	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	24.27	■■□□□ 1.48
SKAP2-209	ENST00000497511	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		24.09	■■□□□ 1.45
SKAP2-209	ENST00000497511	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	23.99	■■□□□ 1.43
SKAP2-209	ENST00000497511	POTED	Q86YR6	584 aa		23.99	■■□□□ 1.43
SKAP2-209	ENST00000497511	CNKSR2	Q8WXI2	1034 aa		23.99	■■□□□ 1.43
SKAP2-209	ENST00000497511	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		23.7	■■□□□ 1.38
SKAP2-209	ENST00000497511	KCNA4	P22459	653 aa		23.68	■■□□□ 1.38
SKAP2-209	ENST00000497511	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		23.6	■■□□□ 1.37
SKAP2-209	ENST00000497511	RNF216	Q9NWF9	866 aa	Predicted RBP	23.58	■■□□□ 1.37
SKAP2-209	ENST00000497511	HOXD11	P31277	338 aa	Predicted RBP	23.51	■■□□□ 1.35
SKAP2-209	ENST00000497511	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	23.49	■■□□□ 1.35
SKAP2-209	ENST00000497511	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		23.37	■■□□□ 1.33
SKAP2-209	ENST00000497511	NACAD	O15069	1562 aa		23.33	■■□□□ 1.33
SKAP2-209	ENST00000497511	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	23.27	■■□□□ 1.32
SKAP2-209	ENST00000497511	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		23.04	■■□□□ 1.28
SKAP2-209	ENST00000497511	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		22.91	■■□□□ 1.26
SKAP2-209	ENST00000497511	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		22.84	■■□□□ 1.25
SKAP2-209	ENST00000497511	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		22.84	■■□□□ 1.25
SKAP2-209	ENST00000497511	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	22.59	■■□□□ 1.21
SKAP2-209	ENST00000497511	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		22.55	■■□□□ 1.2
SKAP2-209	ENST00000497511	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		22.54	■■□□□ 1.2
SKAP2-209	ENST00000497511	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		22.49	■■□□□ 1.19
SKAP2-209	ENST00000497511	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	22.49	■■□□□ 1.19
SKAP2-209	ENST00000497511	SCRIB	Q14160	1630 aa		22.43	■■□□□ 1.18
SKAP2-209	ENST00000497511	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		22.43	■■□□□ 1.18
SKAP2-209	ENST00000497511	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	22.43	■■□□□ 1.18
SKAP2-209	ENST00000497511	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	22.37	■■□□□ 1.17
SKAP2-209	ENST00000497511	RNF39	Q9H2S5	420 aa		22.22	■■□□□ 1.15
SKAP2-209	ENST00000497511	SLC4A2	P04920	1241 aa		22.19	■■□□□ 1.14
SKAP2-209	ENST00000497511	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		22.05	■■□□□ 1.12
SKAP2-209	ENST00000497511	C1QBP	Q07021	282 aa	Known RBP	22.03	■■□□□ 1.12
SKAP2-209	ENST00000497511		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	21.97	■■□□□ 1.11
SKAP2-209	ENST00000497511	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		21.96	■■□□□ 1.11
SKAP2-209	ENST00000497511	CACNB1	Q02641	598 aa	Predicted RBP	21.83	■■□□□ 1.09
SKAP2-209	ENST00000497511	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	21.8	■■□□□ 1.08
SKAP2-209	ENST00000497511	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	21.8	■■□□□ 1.08
SKAP2-209	ENST00000497511	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	21.79	■■□□□ 1.08
SKAP2-209	ENST00000497511	ZBTB22	O15209	634 aa		21.72	■■□□□ 1.07
SKAP2-209	ENST00000497511	ERCC6	Q03468	1493 aa		21.67	■■□□□ 1.06
SKAP2-209	ENST00000497511	APLP2	Q06481	763 aa		21.67	■■□□□ 1.06
SKAP2-209	ENST00000497511	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	21.66	■■□□□ 1.06
SKAP2-209	ENST00000497511	CUX2	O14529	1486 aa		21.65	■■□□□ 1.06
SKAP2-209	ENST00000497511	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		21.61	■■□□□ 1.05
SKAP2-209	ENST00000497511	NCAPD3	P42695	1498 aa		21.55	■■□□□ 1.04
SKAP2-209	ENST00000497511	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		21.49	■■□□□ 1.03
SKAP2-209	ENST00000497511	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		21.45	■■□□□ 1.02
SKAP2-209	ENST00000497511	CAPN15	O75808	1086 aa		21.39	■■□□□ 1.01
SKAP2-209	ENST00000497511	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	21.38	■■□□□ 1.01
SKAP2-209	ENST00000497511	SMARCA2	P51531	1590 aa		21.38	■■□□□ 1.01
SKAP2-209	ENST00000497511	NES	P48681	1621 aa		21.34	■■□□□ 1.01
SKAP2-209	ENST00000497511	HMGXB3	Q12766	1538 aa		21.34	■■□□□ 1.01
SKAP2-209	ENST00000497511	SMARCA4	P51532	1647 aa		21.31	■■□□□ 1
SKAP2-209	ENST00000497511	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	21.3	■■□□□ 1
SKAP2-209	ENST00000497511	ATXN8OS	P0DMR3	200 aa		21.29	■■□□□ 1
SKAP2-209	ENST00000497511	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	21.27	■■□□□ 1
SKAP2-209	ENST00000497511	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	21.21	■□□□□ 0.99
SKAP2-209	ENST00000497511	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	21.19	■□□□□ 0.98
SKAP2-209	ENST00000497511	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	21.12	■□□□□ 0.97
SKAP2-209	ENST00000497511	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		21.11	■□□□□ 0.97
SKAP2-209	ENST00000497511	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		21.08	■□□□□ 0.97
SKAP2-209	ENST00000497511	TRIM41	Q8WV44	630 aa		21.07	■□□□□ 0.96
SKAP2-209	ENST00000497511	DSG3	P32926	999 aa		21.06	■□□□□ 0.96
SKAP2-209	ENST00000497511	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	21.06	■□□□□ 0.96
SKAP2-209	ENST00000497511	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		21.06	■□□□□ 0.96
SKAP2-209	ENST00000497511	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		20.99	■□□□□ 0.95
SKAP2-209	ENST00000497511	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		20.99	■□□□□ 0.95
SKAP2-209	ENST00000497511	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		20.92	■□□□□ 0.94
SKAP2-209	ENST00000497511	ABCB7	O75027	752 aa		20.89	■□□□□ 0.93
SKAP2-209	ENST00000497511	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		20.88	■□□□□ 0.93
SKAP2-209	ENST00000497511	POLA2	Q14181	598 aa		20.83	■□□□□ 0.93
SKAP2-209	ENST00000497511	WDR62	O43379	1518 aa		20.79	■□□□□ 0.92
SKAP2-209	ENST00000497511	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		20.75	■□□□□ 0.91
SKAP2-209	ENST00000497511	WIZ	O95785	1651 aa		20.7	■□□□□ 0.91
SKAP2-209	ENST00000497511	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		20.69	■□□□□ 0.9
SKAP2-209	ENST00000497511	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		20.69	■□□□□ 0.9
SKAP2-209	ENST00000497511	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	20.61	■□□□□ 0.89
SKAP2-209	ENST00000497511	CFTR	P13569	1480 aa		20.57	■□□□□ 0.88
SKAP2-209	ENST00000497511	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	20.5	■□□□□ 0.87
SKAP2-209	ENST00000497511	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	20.45	■□□□□ 0.86
SKAP2-209	ENST00000497511	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	20.44	■□□□□ 0.86
SKAP2-209	ENST00000497511	FBLN2	P98095	1184 aa		20.4	■□□□□ 0.86
SKAP2-209	ENST00000497511	IFT140	Q96RY7	1462 aa		20.35	■□□□□ 0.85
SKAP2-209	ENST00000497511	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		20.35	■□□□□ 0.85
SKAP2-209	ENST00000497511	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		20.35	■□□□□ 0.85
SKAP2-209	ENST00000497511	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		20.35	■□□□□ 0.85

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