RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489072.5

HMGN1-217, Transcript of high mobility group nucleosome binding domain 1, humanhuman

TSL 3

Gene HMGN1, Length 1,014 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGN1-217ENST00000489072 NISCHQ9Y2I1 1504 aa61.68■■■■■ 7.47
HMGN1-217ENST00000489072 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa55.06■■■■■ 6.4
HMGN1-217ENST00000489072 ABCC9O60706 1549 aa54.35■■■■■ 6.29
HMGN1-217ENST00000489072 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa52.03■■■■■ 5.92
HMGN1-217ENST00000489072 NACADO15069 1562 aa51.85■■■■■ 5.89
HMGN1-217ENST00000489072 DCAF8L2P0C7V8 631 aa51.69■■■■■ 5.87
HMGN1-217ENST00000489072 MYO15BQ96JP2 1530 aa51.38■■■■■ 5.82
HMGN1-217ENST00000489072 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP51.29■■■■■ 5.8
HMGN1-217ENST00000489072 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa50.99■■■■■ 5.75
HMGN1-217ENST00000489072 UNC13AQ9UPW8 1703 aa50.96■■■■■ 5.75
HMGN1-217ENST00000489072 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP50.7■■■■■ 5.71
HMGN1-217ENST00000489072 BICRAQ9NZM4 1560 aa50.55■■■■■ 5.68
HMGN1-217ENST00000489072 DNAJC5BQ9UF47 199 aa50.37■■■■■ 5.65
HMGN1-217ENST00000489072 SCRIBQ14160 1630 aa50.23■■■■■ 5.63
HMGN1-217ENST00000489072 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa49.87■■■■■ 5.57
HMGN1-217ENST00000489072 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP49.22■■■■■ 5.47
HMGN1-217ENST00000489072 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa49.15■■■■■ 5.46
HMGN1-217ENST00000489072 CECR2Q9BXF3 1484 aa48.86■■■■■ 5.41
HMGN1-217ENST00000489072 SMARCA4P51532 1647 aa47.99■■■■■ 5.27
HMGN1-217ENST00000489072 NCAPD3P42695 1498 aa47.85■■■■■ 5.25
HMGN1-217ENST00000489072 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa47.83■■■■■ 5.25
HMGN1-217ENST00000489072 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP47.82■■■■■ 5.25
HMGN1-217ENST00000489072 SMARCA2P51531 1590 aa47.72■■■■■ 5.23
HMGN1-217ENST00000489072 HMGXB3Q12766 1538 aa47.59■■■■■ 5.21
HMGN1-217ENST00000489072 MROH2BQ7Z745 1585 aa47.57■■■■■ 5.21
HMGN1-217ENST00000489072 PEG3Q9GZU2 1588 aa47.51■■■■■ 5.2
HMGN1-217ENST00000489072 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP47.39■■■■■ 5.18
HMGN1-217ENST00000489072 WIZO95785 1651 aa47.04■■■■■ 5.12
HMGN1-217ENST00000489072 NESP48681 1621 aa46.92■■■■■ 5.1
HMGN1-217ENST00000489072 ERCC6Q03468 1493 aa46.83■■■■■ 5.09
HMGN1-217ENST00000489072 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP46.82■■■■■ 5.09
HMGN1-217ENST00000489072 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa46.67■■■■■ 5.06
HMGN1-217ENST00000489072 CUX2O14529 1486 aa46.51■■■■■ 5.04
HMGN1-217ENST00000489072 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP46.47■■■■■ 5.03
HMGN1-217ENST00000489072 CADPSQ9ULU8 1353 aa46.43■■■■■ 5.02
HMGN1-217ENST00000489072 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa46.36■■■■■ 5.01
HMGN1-217ENST00000489072 PDS5BQ9NTI5 1447 aa46.34■■■■■ 5.01
HMGN1-217ENST00000489072 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP46.31■■■■■ 5
HMGN1-217ENST00000489072 CFTRP13569 1480 aa46.07■■■■■ 4.97
HMGN1-217ENST00000489072 CCDC88BA6NC98 1476 aa45.93■■■■■ 4.94
HMGN1-217ENST00000489072 MRC2Q9UBG0 1479 aa45.93■■■■■ 4.94
HMGN1-217ENST00000489072 FANCD2Q9BXW9 1451 aa45.92■■■■■ 4.94
HMGN1-217ENST00000489072 CEP164Q9UPV0 1460 aa45.88■■■■■ 4.94
HMGN1-217ENST00000489072 WDR62O43379 1518 aa45.82■■■■■ 4.92
HMGN1-217ENST00000489072 PRDM2Q13029 1718 aa45.72■■■■■ 4.91
HMGN1-217ENST00000489072 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa45.66■■■■■ 4.9
HMGN1-217ENST00000489072 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP45.52■■■■■ 4.88
HMGN1-217ENST00000489072 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP45.25■■■■■ 4.83
HMGN1-217ENST00000489072 TOPBP1Q92547 1522 aa45.15■■■■■ 4.82
HMGN1-217ENST00000489072 DNMBPQ6XZF7 1577 aa45.04■■■■■ 4.8
HMGN1-217ENST00000489072 ABCC8Q09428 1581 aa45.03■■■■■ 4.8
HMGN1-217ENST00000489072 IFT140Q96RY7 1462 aa44.94■■■■■ 4.78
HMGN1-217ENST00000489072 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP44.85■■■■■ 4.77
HMGN1-217ENST00000489072 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44.73■■■■■ 4.75
HMGN1-217ENST00000489072 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP44.72■■■■■ 4.75
HMGN1-217ENST00000489072 CUX1P39880 1505 aa44.65■■■■■ 4.74
HMGN1-217ENST00000489072 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP44.64■■■■■ 4.74
HMGN1-217ENST00000489072 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa44.56■■■■■ 4.72
HMGN1-217ENST00000489072 FGD5Q6ZNL6 1462 aa44.55■■■■■ 4.72
HMGN1-217ENST00000489072 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP44.51■■■■■ 4.722e-11■■■■■ 26.8
HMGN1-217ENST00000489072 SOGA1O94964 1423 aa44.5■■■■■ 4.71
HMGN1-217ENST00000489072 OSCARQ8IYS5 282 aa44.48■■■■■ 4.71
HMGN1-217ENST00000489072 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP44.34■■■■■ 4.69
HMGN1-217ENST00000489072 WDR97A6NE52 1622 aa44.26■■■■■ 4.68
HMGN1-217ENST00000489072 CHD1O14646 1710 aa44.19■■■■■ 4.67
HMGN1-217ENST00000489072 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP44.13■■■■■ 4.65
HMGN1-217ENST00000489072 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa44.13■■■■■ 4.65
HMGN1-217ENST00000489072 SYNJ1O43426 1573 aa44.12■■■■■ 4.65
HMGN1-217ENST00000489072 TOP2BQ02880 1626 aa44.12■■■■■ 4.65
HMGN1-217ENST00000489072 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa44.09■■■■■ 4.65
HMGN1-217ENST00000489072 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa44.08■■■■■ 4.65
HMGN1-217ENST00000489072 GRIN2BQ13224 1484 aa44.04■■■■■ 4.64
HMGN1-217ENST00000489072 FBLN2P98095 1184 aa44.02■■■■■ 4.64
HMGN1-217ENST00000489072 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.99■■■■■ 4.63
HMGN1-217ENST00000489072 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.99■■■■■ 4.63
HMGN1-217ENST00000489072 PBRM1Q86U86 1689 aa43.98■■■■■ 4.63
HMGN1-217ENST00000489072 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP43.97■■■■■ 4.63
HMGN1-217ENST00000489072 TRIM41Q8WV44 630 aa43.95■■■■■ 4.63
HMGN1-217ENST00000489072 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa43.91■■■■■ 4.62
HMGN1-217ENST00000489072 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa43.91■■■■■ 4.62
HMGN1-217ENST00000489072 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa43.91■■■■■ 4.62
HMGN1-217ENST00000489072 ARHGEF11O15085 1522 aa43.83■■■■■ 4.61
HMGN1-217ENST00000489072 SYNJ2O15056 1496 aa43.82■■■■■ 4.6
HMGN1-217ENST00000489072 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP43.81■■■■■ 4.6
HMGN1-217ENST00000489072 CLASP1Q7Z460 1538 aa43.68■■■■■ 4.58
HMGN1-217ENST00000489072 ADAMTS12P58397 1594 aa43.59■■■■■ 4.57
HMGN1-217ENST00000489072 ERICH3Q5RHP9 1530 aa43.53■■■■■ 4.56
HMGN1-217ENST00000489072 GRIN2AQ12879 1464 aa43.49■■■■■ 4.55
HMGN1-217ENST00000489072 FHAD1B1AJZ9 1412 aa43.46■■■■■ 4.55
HMGN1-217ENST00000489072 ARAP1Q96P48 1450 aa43.45■■■■■ 4.55
HMGN1-217ENST00000489072 CYB5RLQ6IPT4 315 aa43.41■■■■■ 4.54
HMGN1-217ENST00000489072 CEP170Q5SW79 1584 aa43.33■■■■■ 4.53
HMGN1-217ENST00000489072 NUP160Q12769 1436 aa43.32■■■■■ 4.53
HMGN1-217ENST00000489072 KIF27Q86VH2 1401 aa43.22■■■■■ 4.51
HMGN1-217ENST00000489072 IGF1RP08069 1367 aa43.15■■■■■ 4.5
HMGN1-217ENST00000489072 SHROOM2Q13796 1616 aa43.08■■■■■ 4.49
HMGN1-217ENST00000489072 ERCC6L2Q5T890 1561 aa43.08■■■■■ 4.49
HMGN1-217ENST00000489072 CUL7Q14999 1698 aa43.05■■■■■ 4.48
HMGN1-217ENST00000489072 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.97■■■■■ 4.47
HMGN1-217ENST00000489072 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa42.86■■■■■ 4.45
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