RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488279.6

PTPN4-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, humanhuman

TSL 5

Gene PTPN4, Length 662 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4-211ENST00000488279 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.95■■■■■ 6.55
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PTPN4-211ENST00000488279 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.5■■■■■ 5.19
PTPN4-211ENST00000488279 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.3■■■■■ 5.16
PTPN4-211ENST00000488279 NACADO15069 1562 aa47.27■■■■■ 5.16
PTPN4-211ENST00000488279 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.73■■■■■ 5.07
PTPN4-211ENST00000488279 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.51■■■■■ 5.04
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PTPN4-211ENST00000488279 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.4■■■■■ 5.02
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PTPN4-211ENST00000488279 SCRIBQ14160 1630 aa45.59■■■■■ 4.89
PTPN4-211ENST00000488279 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.53■■■■■ 4.88
PTPN4-211ENST00000488279 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.95■■■■■ 4.79
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PTPN4-211ENST00000488279 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.85■■■■■ 4.77
PTPN4-211ENST00000488279 NCAPD3P42695 1498 aa43.69■■■■■ 4.58
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PTPN4-211ENST00000488279 SMARCA4P51532 1647 aa43.52■■■■■ 4.56
PTPN4-211ENST00000488279 SMARCA2P51531 1590 aa43.45■■■■■ 4.55
PTPN4-211ENST00000488279 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.41■■■■■ 4.54
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PTPN4-211ENST00000488279 MROH2BQ7Z745 1585 aa43.1■■■■■ 4.49
PTPN4-211ENST00000488279 ERCC6Q03468 1493 aa43.01■■■■■ 4.48
PTPN4-211ENST00000488279 NESP48681 1621 aa42.84■■■■■ 4.45
PTPN4-211ENST00000488279 CUX2O14529 1486 aa42.8■■■■■ 4.44
PTPN4-211ENST00000488279 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.59■■■■■ 4.41
PTPN4-211ENST00000488279 WIZO95785 1651 aa42.55■■■■■ 4.4
PTPN4-211ENST00000488279 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.54■■■■■ 4.4
PTPN4-211ENST00000488279 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.44■■■■■ 4.38
PTPN4-211ENST00000488279 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.4■■■■■ 4.38
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PTPN4-211ENST00000488279 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.19■■■■■ 4.34
PTPN4-211ENST00000488279 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP42.06■■■■■ 4.32
PTPN4-211ENST00000488279 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.98■■■■■ 4.31
PTPN4-211ENST00000488279 CFTRP13569 1480 aa41.94■■■■■ 4.3
PTPN4-211ENST00000488279 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.88■■■■■ 4.29
PTPN4-211ENST00000488279 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.87■■■■■ 4.29
PTPN4-211ENST00000488279 WDR62O43379 1518 aa41.82■■■■■ 4.29
PTPN4-211ENST00000488279 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.66■■■■■ 4.26
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PTPN4-211ENST00000488279 PRDM2Q13029 1718 aa41.33■■■■■ 4.21
PTPN4-211ENST00000488279 TOPBP1Q92547 1522 aa41.08■■■■■ 4.17
PTPN4-211ENST00000488279 ABCC8Q09428 1581 aa41.08■■■■■ 4.17
PTPN4-211ENST00000488279 IFT140Q96RY7 1462 aa41.05■■■■■ 4.16
PTPN4-211ENST00000488279 OSCARQ8IYS5 282 aa41.04■■■■■ 4.16
PTPN4-211ENST00000488279 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.94■■■■■ 4.14
PTPN4-211ENST00000488279 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.93■■■■■ 4.14
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PTPN4-211ENST00000488279 TRIM41Q8WV44 630 aa40.81■■■■■ 4.12
PTPN4-211ENST00000488279 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.69■■■■■ 4.1
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PTPN4-211ENST00000488279 SOGA1O94964 1423 aa40.59■■■■■ 4.09
PTPN4-211ENST00000488279 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.56■■■■■ 4.08
PTPN4-211ENST00000488279 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.48■■■■■ 4.07
PTPN4-211ENST00000488279 CUX1P39880 1505 aa40.47■■■■■ 4.07
PTPN4-211ENST00000488279 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.47■■■■■ 4.07
PTPN4-211ENST00000488279 FBLN2P98095 1184 aa40.41■■■■■ 4.06
PTPN4-211ENST00000488279 WDR97A6NE52 1622 aa40.27■■■■■ 4.04
PTPN4-211ENST00000488279 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.26■■■■■ 4.04
PTPN4-211ENST00000488279 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.26■■■■■ 4.04
PTPN4-211ENST00000488279 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.26■■■■■ 4.04
PTPN4-211ENST00000488279 CHD1O14646 1710 aa40.23■■■■■ 4.03
PTPN4-211ENST00000488279 ARHGEF11O15085 1522 aa40.21■■■■■ 4.03
PTPN4-211ENST00000488279 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.19■■■■■ 4.03
PTPN4-211ENST00000488279 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.17■■■■■ 4.02
PTPN4-211ENST00000488279 GRIN2BQ13224 1484 aa40.16■■■■■ 4.02
PTPN4-211ENST00000488279 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.12■■■■■ 4.01
PTPN4-211ENST00000488279 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.07■■■■■ 4.01
PTPN4-211ENST00000488279 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.05■■■■■ 4
PTPN4-211ENST00000488279 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.05■■■■■ 4
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PTPN4-211ENST00000488279 SYNJ1O43426 1573 aa39.89■■■■□ 3.98
PTPN4-211ENST00000488279 TOP2BQ02880 1626 aa39.89■■■■□ 3.98
PTPN4-211ENST00000488279 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.87■■■■□ 3.97
PTPN4-211ENST00000488279 PBRM1Q86U86 1689 aa39.86■■■■□ 3.97
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PTPN4-211ENST00000488279 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.84■■■■□ 3.97
PTPN4-211ENST00000488279 ARAP1Q96P48 1450 aa39.83■■■■□ 3.97
PTPN4-211ENST00000488279 GRIN2AQ12879 1464 aa39.62■■■■□ 3.93
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PTPN4-211ENST00000488279 NUP160Q12769 1436 aa39.48■■■■□ 3.91
PTPN4-211ENST00000488279 CEP170Q5SW79 1584 aa39.4■■■■□ 3.9
PTPN4-211ENST00000488279 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.25■■■■□ 3.87
PTPN4-211ENST00000488279 KIF27Q86VH2 1401 aa39.23■■■■□ 3.87
PTPN4-211ENST00000488279 JPH4Q96JJ6 628 aa39.2■■■■□ 3.87
PTPN4-211ENST00000488279 IGF1RP08069 1367 aa39.2■■■■□ 3.87
PTPN4-211ENST00000488279 SHROOM2Q13796 1616 aa39.18■■■■□ 3.86
PTPN4-211ENST00000488279 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP39.12■■■■□ 3.85
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