RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488058.1

RNF38-208, Transcript of ring finger protein 38, humanhuman

TSL 3

Gene RNF38, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF38-208ENST00000488058 NISCHQ9Y2I1 1504 aa58.12■■■■■ 6.9
RNF38-208ENST00000488058 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa51.85■■■■■ 5.89
RNF38-208ENST00000488058 ABCC9O60706 1549 aa51.16■■■■■ 5.78
RNF38-208ENST00000488058 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa49■■■■■ 5.43
RNF38-208ENST00000488058 DCAF8L2P0C7V8 631 aa48.87■■■■■ 5.41
RNF38-208ENST00000488058 NACADO15069 1562 aa48.81■■■■■ 5.4
RNF38-208ENST00000488058 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP48.34■■■■■ 5.33
RNF38-208ENST00000488058 MYO15BQ96JP2 1530 aa48.31■■■■■ 5.32
RNF38-208ENST00000488058 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa48■■■■■ 5.27
RNF38-208ENST00000488058 UNC13AQ9UPW8 1703 aa47.94■■■■■ 5.26
RNF38-208ENST00000488058 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP47.75■■■■■ 5.23
RNF38-208ENST00000488058 BICRAQ9NZM4 1560 aa47.5■■■■■ 5.19
RNF38-208ENST00000488058 SCRIBQ14160 1630 aa47.38■■■■■ 5.17
RNF38-208ENST00000488058 DNAJC5BQ9UF47 199 aa47.22■■■■■ 5.15
RNF38-208ENST00000488058 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa46.89■■■■■ 5.1
RNF38-208ENST00000488058 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP46.3■■■■■ 5
RNF38-208ENST00000488058 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa46.24■■■■■ 4.99
RNF38-208ENST00000488058 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.97■■■■■ 4.95
RNF38-208ENST00000488058 SMARCA4P51532 1647 aa45.22■■■■■ 4.83
RNF38-208ENST00000488058 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP45.09■■■■■ 4.81
RNF38-208ENST00000488058 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa45.02■■■■■ 4.8
RNF38-208ENST00000488058 NCAPD3P42695 1498 aa45.01■■■■■ 4.8
RNF38-208ENST00000488058 SMARCA2P51531 1590 aa44.96■■■■■ 4.79
RNF38-208ENST00000488058 MROH2BQ7Z745 1585 aa44.82■■■■■ 4.77
RNF38-208ENST00000488058 HMGXB3Q12766 1538 aa44.79■■■■■ 4.76
RNF38-208ENST00000488058 PEG3Q9GZU2 1588 aa44.69■■■■■ 4.75
RNF38-208ENST00000488058 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP44.68■■■■■ 4.74
RNF38-208ENST00000488058 WIZO95785 1651 aa44.37■■■■■ 4.69
RNF38-208ENST00000488058 NESP48681 1621 aa44.15■■■■■ 4.66
RNF38-208ENST00000488058 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP44.15■■■■■ 4.66
RNF38-208ENST00000488058 ERCC6Q03468 1493 aa44.14■■■■■ 4.66
RNF38-208ENST00000488058 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.94■■■■■ 4.62
RNF38-208ENST00000488058 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP43.83■■■■■ 4.61
RNF38-208ENST00000488058 CADPSQ9ULU8 1353 aa43.71■■■■■ 4.59
RNF38-208ENST00000488058 CUX2O14529 1486 aa43.7■■■■■ 4.59
RNF38-208ENST00000488058 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa43.65■■■■■ 4.58
RNF38-208ENST00000488058 PDS5BQ9NTI5 1447 aa43.65■■■■■ 4.58
RNF38-208ENST00000488058 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP43.54■■■■■ 4.56
RNF38-208ENST00000488058 CFTRP13569 1480 aa43.36■■■■■ 4.53
RNF38-208ENST00000488058 CCDC88BA6NC98 1476 aa43.31■■■■■ 4.52
RNF38-208ENST00000488058 FANCD2Q9BXW9 1451 aa43.25■■■■■ 4.51
RNF38-208ENST00000488058 CEP164Q9UPV0 1460 aa43.25■■■■■ 4.51
RNF38-208ENST00000488058 MRC2Q9UBG0 1479 aa43.25■■■■■ 4.51
RNF38-208ENST00000488058 PRDM2Q13029 1718 aa43.1■■■■■ 4.49
RNF38-208ENST00000488058 WDR62O43379 1518 aa43.09■■■■■ 4.49
RNF38-208ENST00000488058 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP42.89■■■■■ 4.46
RNF38-208ENST00000488058 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.85■■■■■ 4.45
RNF38-208ENST00000488058 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.78■■■■■ 4.44
RNF38-208ENST00000488058 TOPBP1Q92547 1522 aa42.52■■■■■ 4.4
RNF38-208ENST00000488058 ABCC8Q09428 1581 aa42.45■■■■■ 4.39
RNF38-208ENST00000488058 DNMBPQ6XZF7 1577 aa42.44■■■■■ 4.39
RNF38-208ENST00000488058 IFT140Q96RY7 1462 aa42.33■■■■■ 4.37
RNF38-208ENST00000488058 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP42.2■■■■■ 4.35
RNF38-208ENST00000488058 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP42.13■■■■■ 4.34
RNF38-208ENST00000488058 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP42.07■■■■■ 4.33
RNF38-208ENST00000488058 CUX1P39880 1505 aa42.07■■■■■ 4.33
RNF38-208ENST00000488058 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP42.04■■■■■ 4.32
RNF38-208ENST00000488058 FGD5Q6ZNL6 1462 aa42■■■■■ 4.31
RNF38-208ENST00000488058 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa41.99■■■■■ 4.31
RNF38-208ENST00000488058 SOGA1O94964 1423 aa41.96■■■■■ 4.31
RNF38-208ENST00000488058 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP41.92■■■■■ 4.3
RNF38-208ENST00000488058 OSCARQ8IYS5 282 aa41.86■■■■■ 4.29
RNF38-208ENST00000488058 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.79■■■■■ 4.28
RNF38-208ENST00000488058 WDR97A6NE52 1622 aa41.68■■■■■ 4.26
RNF38-208ENST00000488058 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.67■■■■■ 4.26
RNF38-208ENST00000488058 CHD1O14646 1710 aa41.62■■■■■ 4.25
RNF38-208ENST00000488058 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa41.62■■■■■ 4.25
RNF38-208ENST00000488058 SYNJ1O43426 1573 aa41.61■■■■■ 4.25
RNF38-208ENST00000488058 TOP2BQ02880 1626 aa41.6■■■■■ 4.25
RNF38-208ENST00000488058 FBLN2P98095 1184 aa41.57■■■■■ 4.25
RNF38-208ENST00000488058 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa41.54■■■■■ 4.24
RNF38-208ENST00000488058 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa41.53■■■■■ 4.24
RNF38-208ENST00000488058 GRIN2BQ13224 1484 aa41.51■■■■■ 4.24
RNF38-208ENST00000488058 GAPVD1Q14C86 1478 aa41.47■■■■■ 4.23
RNF38-208ENST00000488058 PBRM1Q86U86 1689 aa41.47■■■■■ 4.23
RNF38-208ENST00000488058 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa41.43■■■■■ 4.22
RNF38-208ENST00000488058 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP41.41■■■■■ 4.22
RNF38-208ENST00000488058 TRIM41Q8WV44 630 aa41.38■■■■■ 4.21
RNF38-208ENST00000488058 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP41.34■■■■■ 4.21
RNF38-208ENST00000488058 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa41.28■■■■■ 4.2
RNF38-208ENST00000488058 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa41.28■■■■■ 4.2
RNF38-208ENST00000488058 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa41.28■■■■■ 4.2
RNF38-208ENST00000488058 SYNJ2O15056 1496 aa41.27■■■■■ 4.2
RNF38-208ENST00000488058 ARHGEF11O15085 1522 aa41.2■■■■■ 4.19
RNF38-208ENST00000488058 CLASP1Q7Z460 1538 aa41.08■■■■■ 4.17
RNF38-208ENST00000488058 ADAMTS12P58397 1594 aa41.08■■■■■ 4.17
RNF38-208ENST00000488058 ERICH3Q5RHP9 1530 aa41.03■■■■■ 4.16
RNF38-208ENST00000488058 GRIN2AQ12879 1464 aa40.97■■■■■ 4.15
RNF38-208ENST00000488058 FHAD1B1AJZ9 1412 aa40.96■■■■■ 4.15
RNF38-208ENST00000488058 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.87■■■■■ 4.13
RNF38-208ENST00000488058 ARAP1Q96P48 1450 aa40.84■■■■■ 4.13
RNF38-208ENST00000488058 KIF27Q86VH2 1401 aa40.82■■■■■ 4.12
RNF38-208ENST00000488058 CEP170Q5SW79 1584 aa40.82■■■■■ 4.12
RNF38-208ENST00000488058 NUP160Q12769 1436 aa40.76■■■■■ 4.12
RNF38-208ENST00000488058 IGF1RP08069 1367 aa40.65■■■■■ 4.1
RNF38-208ENST00000488058 CUL7Q14999 1698 aa40.62■■■■■ 4.09
RNF38-208ENST00000488058 ERCC6L2Q5T890 1561 aa40.53■■■■■ 4.08
RNF38-208ENST00000488058 SHROOM2Q13796 1616 aa40.53■■■■■ 4.08
RNF38-208ENST00000488058 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa40.47■■■■■ 4.07
RNF38-208ENST00000488058 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa40.45■■■■■ 4.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 55.9 ms