RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486161.5

PTPRD-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type D, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRD, Length 5,039 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRD-211ENST00000486161 NISCHQ9Y2I1 1504 aa16.56■□□□□ 0.24
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PTPRD-211ENST00000486161 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP14.27□□□□□ -0.12
PTPRD-211ENST00000486161 ABCC9O60706 1549 aa14.15□□□□□ -0.14
PTPRD-211ENST00000486161 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa14.1□□□□□ -0.15
PTPRD-211ENST00000486161 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP13.77□□□□□ -0.2
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PTPRD-211ENST00000486161 SCRIBQ14160 1630 aa13.47□□□□□ -0.25
PTPRD-211ENST00000486161 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa13.43□□□□□ -0.26
PTPRD-211ENST00000486161 TRIM41Q8WV44 630 aa13.39□□□□□ -0.27
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PTPRD-211ENST00000486161 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP13.31□□□□□ -0.28
PTPRD-211ENST00000486161 MYO15BQ96JP2 1530 aa13.24□□□□□ -0.29
PTPRD-211ENST00000486161 APLP2Q06481 763 aa13.13□□□□□ -0.31
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PTPRD-211ENST00000486161 UBTFP17480 764 aaKnown RBP13.06□□□□□ -0.32
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PTPRD-211ENST00000486161 CECR2Q9BXF3 1484 aa12.9□□□□□ -0.34
PTPRD-211ENST00000486161 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP12.88□□□□□ -0.35
PTPRD-211ENST00000486161 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP12.86□□□□□ -0.35
PTPRD-211ENST00000486161 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP12.78□□□□□ -0.36
PTPRD-211ENST00000486161 MROH2BQ7Z745 1585 aa12.76□□□□□ -0.37
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PTPRD-211ENST00000486161 SMARCA2P51531 1590 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRD-211ENST00000486161 CSRNP3Q8WYN3 585 aa12.67□□□□□ -0.38
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PTPRD-211ENST00000486161 SMARCA4P51532 1647 aa12.63□□□□□ -0.39
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PTPRD-211ENST00000486161 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa12.62□□□□□ -0.39
PTPRD-211ENST00000486161 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP12.58□□□□□ -0.4
PTPRD-211ENST00000486161 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP12.57□□□□□ -0.4
PTPRD-211ENST00000486161 WIZO95785 1651 aa12.57□□□□□ -0.4
PTPRD-211ENST00000486161 CCDC88BA6NC98 1476 aa12.57□□□□□ -0.4
PTPRD-211ENST00000486161 ERCC6Q03468 1493 aa12.54□□□□□ -0.4
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PTPRD-211ENST00000486161 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP12.51□□□□□ -0.41
PTPRD-211ENST00000486161 PDS5BQ9NTI5 1447 aa12.49□□□□□ -0.41
PTPRD-211ENST00000486161 CADPSQ9ULU8 1353 aa12.47□□□□□ -0.41
PTPRD-211ENST00000486161 NCAPD3P42695 1498 aa12.47□□□□□ -0.41
PTPRD-211ENST00000486161 EEA1Q15075 1411 aa12.47□□□□□ -0.41
PTPRD-211ENST00000486161 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP12.46□□□□□ -0.42
PTPRD-211ENST00000486161 BICRAQ9NZM4 1560 aa12.45□□□□□ -0.42
PTPRD-211ENST00000486161 KIF27Q86VH2 1401 aa12.42□□□□□ -0.42
PTPRD-211ENST00000486161 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP12.42□□□□□ -0.42
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PTPRD-211ENST00000486161 MYT1LQ9UL68 1186 aa12.36□□□□□ -0.43
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PTPRD-211ENST00000486161 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa12.33□□□□□ -0.44
PTPRD-211ENST00000486161 CEP164Q9UPV0 1460 aa12.31□□□□□ -0.44
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PTPRD-211ENST00000486161 GOLGA3Q08378 1498 aa12.3□□□□□ -0.44
PTPRD-211ENST00000486161 CUX2O14529 1486 aa12.3□□□□□ -0.44
PTPRD-211ENST00000486161 ABCC8Q09428 1581 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRD-211ENST00000486161 UNC13AQ9UPW8 1703 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRD-211ENST00000486161 FANCD2Q9BXW9 1451 aa12.28□□□□□ -0.44
PTPRD-211ENST00000486161 SOGA1O94964 1423 aa12.27□□□□□ -0.44
PTPRD-211ENST00000486161 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP12.27□□□□□ -0.45
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PTPRD-211ENST00000486161 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRD-211ENST00000486161 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP12.22□□□□□ -0.45
PTPRD-211ENST00000486161 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP12.2□□□□□ -0.46
PTPRD-211ENST00000486161 TNIKQ9UKE5 1360 aa12.2□□□□□ -0.46
PTPRD-211ENST00000486161 CFTRP13569 1480 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRD-211ENST00000486161 CEP162Q5TB80 1403 aa12.16□□□□□ -0.46
PTPRD-211ENST00000486161 PEG3Q9GZU2 1588 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRD-211ENST00000486161 DNAJC5BQ9UF47 199 aa12.14□□□□□ -0.47
PTPRD-211ENST00000486161 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP12.1□□□□□ -0.47
PTPRD-211ENST00000486161 MTUS2Q5JR59 1369 aa12.09□□□□□ -0.47
PTPRD-211ENST00000486161 NESP48681 1621 aa12.09□□□□□ -0.47
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PTPRD-211ENST00000486161 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa12.05□□□□□ -0.48
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PTPRD-211ENST00000486161 GAPVD1Q14C86 1478 aa12□□□□□ -0.49
PTPRD-211ENST00000486161 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa12□□□□□ -0.49
PTPRD-211ENST00000486161 TOPBP1Q92547 1522 aa11.97□□□□□ -0.49
PTPRD-211ENST00000486161 IGF1RP08069 1367 aa11.97□□□□□ -0.49
PTPRD-211ENST00000486161 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa11.96□□□□□ -0.49
PTPRD-211ENST00000486161 KCNH8Q96L42 1107 aa11.96□□□□□ -0.49
PTPRD-211ENST00000486161 HRCP23327 699 aa11.96□□□□□ -0.5
PTPRD-211ENST00000486161 TSPY4P0CV99 314 aa11.95□□□□□ -0.5
PTPRD-211ENST00000486161 TSPY10P0CW01 314 aa11.95□□□□□ -0.5
PTPRD-211ENST00000486161 IFT140Q96RY7 1462 aa11.94□□□□□ -0.5
PTPRD-211ENST00000486161 SYNJ1O43426 1573 aa11.93□□□□□ -0.5
PTPRD-211ENST00000486161 DNMBPQ6XZF7 1577 aa11.93□□□□□ -0.5
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