RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485532.1

PRAME-212, Transcript of preferentially expressed antigen in melanoma, humanhuman

TSL 3

Gene PRAME, Length 709 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRAME-212ENST00000485532 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.65■■■□□ 2.66
PRAME-212ENST00000485532 ABCC9O60706 1549 aa28.38■■■□□ 2.13
PRAME-212ENST00000485532 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa28.35■■■□□ 2.13
PRAME-212ENST00000485532 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.96■■□□□ 1.91
PRAME-212ENST00000485532 NACADO15069 1562 aa26.77■■□□□ 1.88
PRAME-212ENST00000485532 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.75■■□□□ 1.87
PRAME-212ENST00000485532 DNAJC5BQ9UF47 199 aa26.61■■□□□ 1.85
PRAME-212ENST00000485532 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.46■■□□□ 1.83
PRAME-212ENST00000485532 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.45■■□□□ 1.82
PRAME-212ENST00000485532 MYO15BQ96JP2 1530 aa26.37■■□□□ 1.81
PRAME-212ENST00000485532 BICRAQ9NZM4 1560 aa26.24■■□□□ 1.79
PRAME-212ENST00000485532 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP26.23■■□□□ 1.79
PRAME-212ENST00000485532 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.08■■□□□ 1.77
PRAME-212ENST00000485532 SCRIBQ14160 1630 aa25.92■■□□□ 1.74
PRAME-212ENST00000485532 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.74■■□□□ 1.71
PRAME-212ENST00000485532 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.62■■□□□ 1.69
PRAME-212ENST00000485532 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.56■■□□□ 1.68
PRAME-212ENST00000485532 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.52■■□□□ 1.68
PRAME-212ENST00000485532 NCAPD3P42695 1498 aa24.72■■□□□ 1.55
PRAME-212ENST00000485532 SMARCA4P51532 1647 aa24.69■■□□□ 1.54
PRAME-212ENST00000485532 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.69■■□□□ 1.54
PRAME-212ENST00000485532 SMARCA2P51531 1590 aa24.59■■□□□ 1.53
PRAME-212ENST00000485532 HMGXB3Q12766 1538 aa24.54■■□□□ 1.52
PRAME-212ENST00000485532 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.53■■□□□ 1.52
PRAME-212ENST00000485532 ERCC6Q03468 1493 aa24.45■■□□□ 1.5
PRAME-212ENST00000485532 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.45■■□□□ 1.5
PRAME-212ENST00000485532 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.43■■□□□ 1.5
PRAME-212ENST00000485532 NESP48681 1621 aa24.42■■□□□ 1.5
PRAME-212ENST00000485532 PEG3Q9GZU2 1588 aa24.41■■□□□ 1.5
PRAME-212ENST00000485532 CUX2O14529 1486 aa24.34■■□□□ 1.49
PRAME-212ENST00000485532 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa24.31■■□□□ 1.48
PRAME-212ENST00000485532 WIZO95785 1651 aa24.17■■□□□ 1.46
PRAME-212ENST00000485532 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.16■■□□□ 1.46
PRAME-212ENST00000485532 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP24.12■■□□□ 1.45
PRAME-212ENST00000485532 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa24.11■■□□□ 1.45
PRAME-212ENST00000485532 PDS5BQ9NTI5 1447 aa24■■□□□ 1.43
PRAME-212ENST00000485532 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.98■■□□□ 1.43
PRAME-212ENST00000485532 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.92■■□□□ 1.42
PRAME-212ENST00000485532 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.82■■□□□ 1.4
PRAME-212ENST00000485532 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.79■■□□□ 1.4
PRAME-212ENST00000485532 WDR62O43379 1518 aa23.76■■□□□ 1.39
PRAME-212ENST00000485532 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.75■■□□□ 1.39
PRAME-212ENST00000485532 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.74■■□□□ 1.39
PRAME-212ENST00000485532 CFTRP13569 1480 aa23.73■■□□□ 1.39
PRAME-212ENST00000485532 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.57■■□□□ 1.36
PRAME-212ENST00000485532 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.56■■□□□ 1.36
PRAME-212ENST00000485532 PRDM2Q13029 1718 aa23.53■■□□□ 1.36
PRAME-212ENST00000485532 TRIM41Q8WV44 630 aa23.34■■□□□ 1.33
PRAME-212ENST00000485532 TOPBP1Q92547 1522 aa23.3■■□□□ 1.32
PRAME-212ENST00000485532 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.28■■□□□ 1.32
PRAME-212ENST00000485532 OSCARQ8IYS5 282 aa23.26■■□□□ 1.31
PRAME-212ENST00000485532 IFT140Q96RY7 1462 aa23.24■■□□□ 1.31
PRAME-212ENST00000485532 DNMBPQ6XZF7 1577 aa23.21■■□□□ 1.31
PRAME-212ENST00000485532 ABCC8Q09428 1581 aa23.17■■□□□ 1.3
PRAME-212ENST00000485532 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.14■■□□□ 1.3
PRAME-212ENST00000485532 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP23.11■■□□□ 1.29
PRAME-212ENST00000485532 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.07■■□□□ 1.282e-40■■■■■ 46.8
PRAME-212ENST00000485532 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
PRAME-212ENST00000485532 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa23.02■■□□□ 1.28
PRAME-212ENST00000485532 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa23.02■■□□□ 1.28
PRAME-212ENST00000485532 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa23.02■■□□□ 1.28
PRAME-212ENST00000485532 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa23.02■■□□□ 1.28
PRAME-212ENST00000485532 CHD1O14646 1710 aa22.99■■□□□ 1.27
PRAME-212ENST00000485532 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.95■■□□□ 1.26
PRAME-212ENST00000485532 SOGA1O94964 1423 aa22.95■■□□□ 1.26
PRAME-212ENST00000485532 CUX1P39880 1505 aa22.95■■□□□ 1.26
PRAME-212ENST00000485532 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.94■■□□□ 1.26
PRAME-212ENST00000485532 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.93■■□□□ 1.26
PRAME-212ENST00000485532 ARHGEF11O15085 1522 aa22.92■■□□□ 1.26
PRAME-212ENST00000485532 FBLN2P98095 1184 aa22.9■■□□□ 1.26
PRAME-212ENST00000485532 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.83■■□□□ 1.25
PRAME-212ENST00000485532 WDR97A6NE52 1622 aa22.79■■□□□ 1.24
PRAME-212ENST00000485532 CYB5RLQ6IPT4 315 aa22.77■■□□□ 1.24
PRAME-212ENST00000485532 GRIN2BQ13224 1484 aa22.73■■□□□ 1.23
PRAME-212ENST00000485532 ARAP1Q96P48 1450 aa22.73■■□□□ 1.23
PRAME-212ENST00000485532 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.71■■□□□ 1.23
PRAME-212ENST00000485532 PBRM1Q86U86 1689 aa22.71■■□□□ 1.23
PRAME-212ENST00000485532 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.7■■□□□ 1.22
PRAME-212ENST00000485532 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.67■■□□□ 1.22
PRAME-212ENST00000485532 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.67■■□□□ 1.22
PRAME-212ENST00000485532 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.65■■□□□ 1.22
PRAME-212ENST00000485532 SYNJ2O15056 1496 aa22.65■■□□□ 1.22
PRAME-212ENST00000485532 SYNJ1O43426 1573 aa22.64■■□□□ 1.22
PRAME-212ENST00000485532 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.64■■□□□ 1.21
PRAME-212ENST00000485532 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.57■■□□□ 1.2
PRAME-212ENST00000485532 TOP2BQ02880 1626 aa22.56■■□□□ 1.2
PRAME-212ENST00000485532 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.55■■□□□ 1.2
PRAME-212ENST00000485532 TRHP20396 242 aaPredicted RBP22.49■■□□□ 1.19
PRAME-212ENST00000485532 ADAMTS12P58397 1594 aa22.46■■□□□ 1.19
PRAME-212ENST00000485532 GRIN2AQ12879 1464 aa22.46■■□□□ 1.19
PRAME-212ENST00000485532 CEP170Q5SW79 1584 aa22.41■■□□□ 1.18
PRAME-212ENST00000485532 ERCC6L2Q5T890 1561 aa22.4■■□□□ 1.18
PRAME-212ENST00000485532 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.37■■□□□ 1.17
PRAME-212ENST00000485532 NUP160Q12769 1436 aa22.37■■□□□ 1.17
PRAME-212ENST00000485532 ERICH3Q5RHP9 1530 aa22.36■■□□□ 1.17
PRAME-212ENST00000485532 SHROOM2Q13796 1616 aa22.28■■□□□ 1.16
PRAME-212ENST00000485532 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP22.16■■□□□ 1.14
PRAME-212ENST00000485532 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.15■■□□□ 1.14
PRAME-212ENST00000485532 JPH4Q96JJ6 628 aa22.14■■□□□ 1.13
PRAME-212ENST00000485532 IGF1RP08069 1367 aa22.11■■□□□ 1.13
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