RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481641.1

CLK1-211, Transcript of CDC like kinase 1, humanhuman

TSL 4

Gene CLK1, Length 690 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLK1-211ENST00000481641 NISCHQ9Y2I1 1504 aa46.16■■■■■ 4.98
CLK1-211ENST00000481641 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa41.25■■■■■ 4.19
CLK1-211ENST00000481641 ABCC9O60706 1549 aa41.15■■■■■ 4.18
CLK1-211ENST00000481641 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa39.17■■■■□ 3.86
CLK1-211ENST00000481641 DCAF8L2P0C7V8 631 aa38.98■■■■□ 3.83
CLK1-211ENST00000481641 NACADO15069 1562 aa38.95■■■■□ 3.83
CLK1-211ENST00000481641 DNAJC5BQ9UF47 199 aa38.45■■■■□ 3.75
CLK1-211ENST00000481641 MYO15BQ96JP2 1530 aa38.44■■■■□ 3.74
CLK1-211ENST00000481641 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP38.41■■■■□ 3.74
CLK1-211ENST00000481641 UNC13AQ9UPW8 1703 aa38.35■■■■□ 3.73
CLK1-211ENST00000481641 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP38.29■■■■□ 3.72
CLK1-211ENST00000481641 BICRAQ9NZM4 1560 aa38.08■■■■□ 3.69
CLK1-211ENST00000481641 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa38.07■■■■□ 3.68
CLK1-211ENST00000481641 SCRIBQ14160 1630 aa37.71■■■■□ 3.63
CLK1-211ENST00000481641 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa37.45■■■■□ 3.59
CLK1-211ENST00000481641 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.14■■■■□ 3.54
CLK1-211ENST00000481641 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.11■■■■□ 3.53
CLK1-211ENST00000481641 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.01■■■■□ 3.51
CLK1-211ENST00000481641 NCAPD3P42695 1498 aa35.98■■■■□ 3.35
CLK1-211ENST00000481641 SMARCA4P51532 1647 aa35.96■■■■□ 3.35
CLK1-211ENST00000481641 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa35.94■■■■□ 3.34
CLK1-211ENST00000481641 SMARCA2P51531 1590 aa35.81■■■■□ 3.32
CLK1-211ENST00000481641 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP35.78■■■■□ 3.32
CLK1-211ENST00000481641 HMGXB3Q12766 1538 aa35.71■■■■□ 3.31
CLK1-211ENST00000481641 MROH2BQ7Z745 1585 aa35.62■■■■□ 3.29
CLK1-211ENST00000481641 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP35.6■■■■□ 3.29
CLK1-211ENST00000481641 PEG3Q9GZU2 1588 aa35.55■■■■□ 3.28
CLK1-211ENST00000481641 ERCC6Q03468 1493 aa35.47■■■■□ 3.27
CLK1-211ENST00000481641 NESP48681 1621 aa35.43■■■■□ 3.26
CLK1-211ENST00000481641 CUX2O14529 1486 aa35.26■■■■□ 3.23
CLK1-211ENST00000481641 WIZO95785 1651 aa35.21■■■■□ 3.23
CLK1-211ENST00000481641 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa35.11■■■■□ 3.21
CLK1-211ENST00000481641 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa35.04■■■■□ 3.2
CLK1-211ENST00000481641 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP34.96■■■■□ 3.19
CLK1-211ENST00000481641 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP34.96■■■■□ 3.19
CLK1-211ENST00000481641 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa34.95■■■■□ 3.18
CLK1-211ENST00000481641 PDS5BQ9NTI5 1447 aa34.92■■■■□ 3.18
CLK1-211ENST00000481641 CADPSQ9ULU8 1353 aa34.92■■■■□ 3.18
CLK1-211ENST00000481641 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP34.72■■■■□ 3.15
CLK1-211ENST00000481641 MRC2Q9UBG0 1479 aa34.62■■■■□ 3.13
CLK1-211ENST00000481641 CFTRP13569 1480 aa34.57■■■■□ 3.12
CLK1-211ENST00000481641 FANCD2Q9BXW9 1451 aa34.54■■■■□ 3.12
CLK1-211ENST00000481641 CEP164Q9UPV0 1460 aa34.53■■■■□ 3.12
CLK1-211ENST00000481641 WDR62O43379 1518 aa34.51■■■■□ 3.12
CLK1-211ENST00000481641 CCDC88BA6NC98 1476 aa34.38■■■■□ 3.09
CLK1-211ENST00000481641 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP34.26■■■■□ 3.08
CLK1-211ENST00000481641 PRDM2Q13029 1718 aa34.21■■■■□ 3.07
CLK1-211ENST00000481641 TOPBP1Q92547 1522 aa33.91■■■■□ 3.02
CLK1-211ENST00000481641 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP33.83■■■■□ 3.01
CLK1-211ENST00000481641 IFT140Q96RY7 1462 aa33.82■■■■□ 3.01
CLK1-211ENST00000481641 ABCC8Q09428 1581 aa33.78■■■■□ 3
CLK1-211ENST00000481641 DNMBPQ6XZF7 1577 aa33.78■■■■□ 3
CLK1-211ENST00000481641 OSCARQ8IYS5 282 aa33.76■■■□□ 2.99
CLK1-211ENST00000481641 TRIM41Q8WV44 630 aa33.69■■■□□ 2.98
CLK1-211ENST00000481641 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP33.68■■■□□ 2.98
CLK1-211ENST00000481641 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP33.6■■■□□ 2.97
CLK1-211ENST00000481641 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP33.58■■■□□ 2.97
CLK1-211ENST00000481641 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP33.58■■■□□ 2.97
CLK1-211ENST00000481641 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP33.56■■■□□ 2.965e-11■■■■□ 22.1
CLK1-211ENST00000481641 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa33.51■■■□□ 2.96
CLK1-211ENST00000481641 SOGA1O94964 1423 aa33.45■■■□□ 2.94
CLK1-211ENST00000481641 CUX1P39880 1505 aa33.44■■■□□ 2.94
CLK1-211ENST00000481641 FGD5Q6ZNL6 1462 aa33.42■■■□□ 2.94
CLK1-211ENST00000481641 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP33.39■■■□□ 2.94
CLK1-211ENST00000481641 CHD1O14646 1710 aa33.32■■■□□ 2.92
CLK1-211ENST00000481641 FBLN2P98095 1184 aa33.31■■■□□ 2.92
CLK1-211ENST00000481641 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa33.3■■■□□ 2.92
CLK1-211ENST00000481641 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa33.3■■■□□ 2.92
CLK1-211ENST00000481641 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa33.3■■■□□ 2.92
CLK1-211ENST00000481641 ARHGEF11O15085 1522 aa33.21■■■□□ 2.91
CLK1-211ENST00000481641 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa33.18■■■□□ 2.9
CLK1-211ENST00000481641 WDR97A6NE52 1622 aa33.16■■■□□ 2.9
CLK1-211ENST00000481641 GRIN2BQ13224 1484 aa33.1■■■□□ 2.89
CLK1-211ENST00000481641 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP33.06■■■□□ 2.88
CLK1-211ENST00000481641 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP33.05■■■□□ 2.88
CLK1-211ENST00000481641 GAPVD1Q14C86 1478 aa33.03■■■□□ 2.88
CLK1-211ENST00000481641 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa33.02■■■□□ 2.88
CLK1-211ENST00000481641 CYB5RLQ6IPT4 315 aa33.01■■■□□ 2.87
CLK1-211ENST00000481641 PBRM1Q86U86 1689 aa33■■■□□ 2.87
CLK1-211ENST00000481641 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP32.95■■■□□ 2.87
CLK1-211ENST00000481641 SYNJ2O15056 1496 aa32.95■■■□□ 2.87
CLK1-211ENST00000481641 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa32.95■■■□□ 2.86
CLK1-211ENST00000481641 SYNJ1O43426 1573 aa32.94■■■□□ 2.86
CLK1-211ENST00000481641 TOP2BQ02880 1626 aa32.92■■■□□ 2.86
CLK1-211ENST00000481641 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa32.92■■■□□ 2.86
CLK1-211ENST00000481641 ARAP1Q96P48 1450 aa32.92■■■□□ 2.86
CLK1-211ENST00000481641 CLASP1Q7Z460 1538 aa32.92■■■□□ 2.86
CLK1-211ENST00000481641 ADAMTS12P58397 1594 aa32.69■■■□□ 2.82
CLK1-211ENST00000481641 GRIN2AQ12879 1464 aa32.68■■■□□ 2.82
CLK1-211ENST00000481641 FHAD1B1AJZ9 1412 aa32.6■■■□□ 2.81
CLK1-211ENST00000481641 ERICH3Q5RHP9 1530 aa32.59■■■□□ 2.81
CLK1-211ENST00000481641 CEP170Q5SW79 1584 aa32.58■■■□□ 2.81
CLK1-211ENST00000481641 TRHP20396 242 aaPredicted RBP32.56■■■□□ 2.8
CLK1-211ENST00000481641 NUP160Q12769 1436 aa32.55■■■□□ 2.8
CLK1-211ENST00000481641 ERCC6L2Q5T890 1561 aa32.5■■■□□ 2.79
CLK1-211ENST00000481641 SHROOM2Q13796 1616 aa32.37■■■□□ 2.77
CLK1-211ENST00000481641 IGF1RP08069 1367 aa32.3■■■□□ 2.76
CLK1-211ENST00000481641 KIF27Q86VH2 1401 aa32.29■■■□□ 2.76
CLK1-211ENST00000481641 JPH4Q96JJ6 628 aa32.27■■■□□ 2.76
CLK1-211ENST00000481641 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP32.26■■■□□ 2.76
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 85.4 ms