RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477812.1

ACTB-210, Transcript of actin beta, humanhuman

TSL 2

Gene ACTB, Length 820 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cell leading edge, Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Lamellipodium, Mitochondria, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ACTB-210ENST00000477812 NISCHQ9Y2I1 1504 aa47.73■■■■■ 5.23
ACTB-210ENST00000477812 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa42.18■■■■■ 4.34
ACTB-210ENST00000477812 ABCC9O60706 1549 aa40.69■■■■■ 4.1
ACTB-210ENST00000477812 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP39.91■■■■□ 3.98
ACTB-210ENST00000477812 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa39.55■■■■□ 3.92
ACTB-210ENST00000477812 NACADO15069 1562 aa39.51■■■■□ 3.92
ACTB-210ENST00000477812 MYO15BQ96JP2 1530 aa39.51■■■■□ 3.92
ACTB-210ENST00000477812 DCAF8L2P0C7V8 631 aa39.43■■■■□ 3.9
ACTB-210ENST00000477812 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa39.39■■■■□ 3.9
ACTB-210ENST00000477812 UNC13AQ9UPW8 1703 aa38.55■■■■□ 3.76
ACTB-210ENST00000477812 SCRIBQ14160 1630 aa38.5■■■■□ 3.75
ACTB-210ENST00000477812 BICRAQ9NZM4 1560 aa38.27■■■■□ 3.72
ACTB-210ENST00000477812 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP38.08■■■■□ 3.69
ACTB-210ENST00000477812 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa37.95■■■■□ 3.67
ACTB-210ENST00000477812 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.17■■■■□ 3.54
ACTB-210ENST00000477812 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.13■■■■□ 3.53
ACTB-210ENST00000477812 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP36.93■■■■□ 3.5
ACTB-210ENST00000477812 SMARCA4P51532 1647 aa36.91■■■■□ 3.5
ACTB-210ENST00000477812 DNAJC5BQ9UF47 199 aa36.87■■■■□ 3.49
ACTB-210ENST00000477812 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa36.85■■■■□ 3.49
ACTB-210ENST00000477812 MROH2BQ7Z745 1585 aa36.8■■■■□ 3.48
ACTB-210ENST00000477812 PEG3Q9GZU2 1588 aa36.59■■■■□ 3.45
ACTB-210ENST00000477812 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP36.58■■■■□ 3.45
ACTB-210ENST00000477812 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa36.57■■■■□ 3.45
ACTB-210ENST00000477812 SMARCA2P51531 1590 aa36.53■■■■□ 3.44
ACTB-210ENST00000477812 NCAPD3P42695 1498 aa36.47■■■■□ 3.43
ACTB-210ENST00000477812 WIZO95785 1651 aa36.41■■■■□ 3.42
ACTB-210ENST00000477812 HMGXB3Q12766 1538 aa36.35■■■■□ 3.41
ACTB-210ENST00000477812 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP36.26■■■■□ 3.4
ACTB-210ENST00000477812 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP36.08■■■■□ 3.37
ACTB-210ENST00000477812 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP35.92■■■■□ 3.34
ACTB-210ENST00000477812 CCDC88BA6NC98 1476 aa35.63■■■■□ 3.29
ACTB-210ENST00000477812 NESP48681 1621 aa35.41■■■■□ 3.26
ACTB-210ENST00000477812 CADPSQ9ULU8 1353 aa35.4■■■■□ 3.26
ACTB-210ENST00000477812 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa35.39■■■■□ 3.26
ACTB-210ENST00000477812 CFTRP13569 1480 aa35.35■■■■□ 3.25
ACTB-210ENST00000477812 PRDM2Q13029 1718 aa35.1■■■■□ 3.21
ACTB-210ENST00000477812 PDS5BQ9NTI5 1447 aa35.09■■■■□ 3.21
ACTB-210ENST00000477812 FANCD2Q9BXW9 1451 aa35■■■■□ 3.19
ACTB-210ENST00000477812 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa34.99■■■■□ 3.19
ACTB-210ENST00000477812 ERCC6Q03468 1493 aa34.97■■■■□ 3.19
ACTB-210ENST00000477812 CEP164Q9UPV0 1460 aa34.9■■■■□ 3.18
ACTB-210ENST00000477812 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP34.79■■■■□ 3.16
ACTB-210ENST00000477812 MRC2Q9UBG0 1479 aa34.75■■■■□ 3.15
ACTB-210ENST00000477812 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP34.65■■■■□ 3.14
ACTB-210ENST00000477812 WDR62O43379 1518 aa34.65■■■■□ 3.14
ACTB-210ENST00000477812 TOPBP1Q92547 1522 aa34.53■■■■□ 3.12
ACTB-210ENST00000477812 DNMBPQ6XZF7 1577 aa34.53■■■■□ 3.12
ACTB-210ENST00000477812 ABCC8Q09428 1581 aa34.5■■■■□ 3.11
ACTB-210ENST00000477812 CUX1P39880 1505 aa34.5■■■■□ 3.11
ACTB-210ENST00000477812 CUX2O14529 1486 aa34.47■■■■□ 3.11
ACTB-210ENST00000477812 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP34.44■■■■□ 3.13e-23■■□□□ 11.8
ACTB-210ENST00000477812 SYNJ1O43426 1573 aa34.36■■■■□ 3.09
ACTB-210ENST00000477812 TOP2BQ02880 1626 aa34.33■■■■□ 3.09
ACTB-210ENST00000477812 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa34.33■■■■□ 3.09
ACTB-210ENST00000477812 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP34.27■■■■□ 3.08
ACTB-210ENST00000477812 FGD5Q6ZNL6 1462 aa34.26■■■■□ 3.07
ACTB-210ENST00000477812 IFT140Q96RY7 1462 aa34.14■■■■□ 3.06
ACTB-210ENST00000477812 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP34.13■■■■□ 3.05
ACTB-210ENST00000477812 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa34.09■■■■□ 3.05
ACTB-210ENST00000477812 SOGA1O94964 1423 aa34.09■■■■□ 3.05
ACTB-210ENST00000477812 WDR97A6NE52 1622 aa33.99■■■■□ 3.03
ACTB-210ENST00000477812 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa33.97■■■■□ 3.03
ACTB-210ENST00000477812 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP33.97■■■■□ 3.03
ACTB-210ENST00000477812 CHIC1Q5VXU3 224 aa33.93■■■■□ 3.02
ACTB-210ENST00000477812 TRIM41Q8WV44 630 aa33.91■■■■□ 3.02
ACTB-210ENST00000477812 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP33.86■■■■□ 3.01
ACTB-210ENST00000477812 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP33.84■■■■□ 3.01
ACTB-210ENST00000477812 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP33.82■■■■□ 33e-16■■■■■ 41.8
ACTB-210ENST00000477812 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa33.81■■■■□ 3
ACTB-210ENST00000477812 GAPVD1Q14C86 1478 aa33.72■■■□□ 2.99
ACTB-210ENST00000477812 KIF27Q86VH2 1401 aa33.65■■■□□ 2.98
ACTB-210ENST00000477812 GRIN2BQ13224 1484 aa33.64■■■□□ 2.98
ACTB-210ENST00000477812 PBRM1Q86U86 1689 aa33.62■■■□□ 2.97
ACTB-210ENST00000477812 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa33.57■■■□□ 2.96
ACTB-210ENST00000477812 ERICH3Q5RHP9 1530 aa33.56■■■□□ 2.96
ACTB-210ENST00000477812 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa33.53■■■□□ 2.96
ACTB-210ENST00000477812 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP33.51■■■□□ 2.96
ACTB-210ENST00000477812 IGF1RP08069 1367 aa33.48■■■□□ 2.95
ACTB-210ENST00000477812 ADAMTS12P58397 1594 aa33.44■■■□□ 2.94
ACTB-210ENST00000477812 EEA1Q15075 1411 aa33.39■■■□□ 2.94
ACTB-210ENST00000477812 SYNJ2O15056 1496 aa33.37■■■□□ 2.93
ACTB-210ENST00000477812 FHAD1B1AJZ9 1412 aa33.36■■■□□ 2.93
ACTB-210ENST00000477812 CUL7Q14999 1698 aa33.35■■■□□ 2.93
ACTB-210ENST00000477812 CHD1O14646 1710 aa33.3■■■□□ 2.92
ACTB-210ENST00000477812 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa33.25■■■□□ 2.91
ACTB-210ENST00000477812 GRIN2AQ12879 1464 aa33.24■■■□□ 2.91
ACTB-210ENST00000477812 CSRNP3Q8WYN3 585 aa33.22■■■□□ 2.91
ACTB-210ENST00000477812 PRXQ9BXM0 1461 aa33.22■■■□□ 2.91
ACTB-210ENST00000477812 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP33.21■■■□□ 2.91
ACTB-210ENST00000477812 FBLN2P98095 1184 aa33.18■■■□□ 2.9
ACTB-210ENST00000477812 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP33.18■■■□□ 2.9
ACTB-210ENST00000477812 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa33.13■■■□□ 2.89
ACTB-210ENST00000477812 NUP160Q12769 1436 aa33.1■■■□□ 2.89
ACTB-210ENST00000477812 CEP170Q5SW79 1584 aa33.07■■■□□ 2.88
ACTB-210ENST00000477812 OSCARQ8IYS5 282 aa33.06■■■□□ 2.88
ACTB-210ENST00000477812 KIF21BO75037 1637 aa33.04■■■□□ 2.88
ACTB-210ENST00000477812 CLASP1Q7Z460 1538 aa33.02■■■□□ 2.88
ACTB-210ENST00000477812 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa32.87■■■□□ 2.85
ACTB-210ENST00000477812 GOLGA3Q08378 1498 aa32.85■■■□□ 2.85
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13 ms