RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476336.5

PRAME-211, Transcript of preferentially expressed antigen in melanoma, humanhuman

TSL 2

Gene PRAME, Length 589 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRAME-211ENST00000476336 NISCHQ9Y2I1 1504 aa32.45■■■□□ 2.78
PRAME-211ENST00000476336 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa28.98■■■□□ 2.23
PRAME-211ENST00000476336 ABCC9O60706 1549 aa28.63■■■□□ 2.17
PRAME-211ENST00000476336 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa27.3■■□□□ 1.96
PRAME-211ENST00000476336 NACADO15069 1562 aa27.25■■□□□ 1.95
PRAME-211ENST00000476336 MYO15BQ96JP2 1530 aa27.11■■□□□ 1.93
PRAME-211ENST00000476336 DCAF8L2P0C7V8 631 aa27.07■■□□□ 1.92
PRAME-211ENST00000476336 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP27■■□□□ 1.91
PRAME-211ENST00000476336 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.94■■□□□ 1.9
PRAME-211ENST00000476336 DNAJC5BQ9UF47 199 aa26.89■■□□□ 1.9
PRAME-211ENST00000476336 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.7■■□□□ 1.86
PRAME-211ENST00000476336 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.67■■□□□ 1.86
PRAME-211ENST00000476336 BICRAQ9NZM4 1560 aa26.49■■□□□ 1.83
PRAME-211ENST00000476336 SCRIBQ14160 1630 aa26.28■■□□□ 1.8
PRAME-211ENST00000476336 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa26.27■■□□□ 1.8
PRAME-211ENST00000476336 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.89■■□□□ 1.74
PRAME-211ENST00000476336 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.83■■□□□ 1.73
PRAME-211ENST00000476336 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.81■■□□□ 1.72
PRAME-211ENST00000476336 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP25.21■■□□□ 1.63
PRAME-211ENST00000476336 SMARCA4P51532 1647 aa25.19■■□□□ 1.62
PRAME-211ENST00000476336 SMARCA2P51531 1590 aa25.11■■□□□ 1.61
PRAME-211ENST00000476336 NCAPD3P42695 1498 aa25.11■■□□□ 1.61
PRAME-211ENST00000476336 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa25.06■■□□□ 1.6
PRAME-211ENST00000476336 PEG3Q9GZU2 1588 aa25.01■■□□□ 1.59
PRAME-211ENST00000476336 HMGXB3Q12766 1538 aa25■■□□□ 1.59
PRAME-211ENST00000476336 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.93■■□□□ 1.58
PRAME-211ENST00000476336 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.88■■□□□ 1.57
PRAME-211ENST00000476336 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa24.74■■□□□ 1.55
PRAME-211ENST00000476336 ERCC6Q03468 1493 aa24.73■■□□□ 1.55
PRAME-211ENST00000476336 CUX2O14529 1486 aa24.72■■□□□ 1.55
PRAME-211ENST00000476336 WIZO95785 1651 aa24.68■■□□□ 1.54
PRAME-211ENST00000476336 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP24.65■■□□□ 1.54
PRAME-211ENST00000476336 NESP48681 1621 aa24.59■■□□□ 1.53
PRAME-211ENST00000476336 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.5■■□□□ 1.51
PRAME-211ENST00000476336 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP24.47■■□□□ 1.51
PRAME-211ENST00000476336 CADPSQ9ULU8 1353 aa24.36■■□□□ 1.49
PRAME-211ENST00000476336 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
PRAME-211ENST00000476336 PDS5BQ9NTI5 1447 aa24.34■■□□□ 1.49
PRAME-211ENST00000476336 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa24.3■■□□□ 1.48
PRAME-211ENST00000476336 CFTRP13569 1480 aa24.19■■□□□ 1.46
PRAME-211ENST00000476336 CCDC88BA6NC98 1476 aa24.13■■□□□ 1.45
PRAME-211ENST00000476336 MRC2Q9UBG0 1479 aa24.09■■□□□ 1.45
PRAME-211ENST00000476336 PRDM2Q13029 1718 aa24.07■■□□□ 1.44
PRAME-211ENST00000476336 CEP164Q9UPV0 1460 aa24.06■■□□□ 1.44
PRAME-211ENST00000476336 FANCD2Q9BXW9 1451 aa24.05■■□□□ 1.44
PRAME-211ENST00000476336 WDR62O43379 1518 aa24.03■■□□□ 1.44
PRAME-211ENST00000476336 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23.92■■□□□ 1.42
PRAME-211ENST00000476336 ABCC8Q09428 1581 aa23.78■■□□□ 1.4
PRAME-211ENST00000476336 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.77■■□□□ 1.4
PRAME-211ENST00000476336 DNMBPQ6XZF7 1577 aa23.65■■□□□ 1.38
PRAME-211ENST00000476336 TOPBP1Q92547 1522 aa23.65■■□□□ 1.38
PRAME-211ENST00000476336 OSCARQ8IYS5 282 aa23.63■■□□□ 1.37
PRAME-211ENST00000476336 TRIM41Q8WV44 630 aa23.59■■□□□ 1.37
PRAME-211ENST00000476336 IFT140Q96RY7 1462 aa23.57■■□□□ 1.36
PRAME-211ENST00000476336 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.46■■□□□ 1.35
PRAME-211ENST00000476336 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP23.43■■□□□ 1.34
PRAME-211ENST00000476336 CUX1P39880 1505 aa23.41■■□□□ 1.34
PRAME-211ENST00000476336 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP23.41■■□□□ 1.34
PRAME-211ENST00000476336 SOGA1O94964 1423 aa23.37■■□□□ 1.33
PRAME-211ENST00000476336 FGD5Q6ZNL6 1462 aa23.36■■□□□ 1.33
PRAME-211ENST00000476336 WDR97A6NE52 1622 aa23.36■■□□□ 1.33
PRAME-211ENST00000476336 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.33■■□□□ 1.33
PRAME-211ENST00000476336 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP23.29■■□□□ 1.32
PRAME-211ENST00000476336 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa23.28■■□□□ 1.32
PRAME-211ENST00000476336 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.27■■□□□ 1.322e-41■■■■■ 46.3
PRAME-211ENST00000476336 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa23.26■■□□□ 1.31
PRAME-211ENST00000476336 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa23.26■■□□□ 1.31
PRAME-211ENST00000476336 TOP2BQ02880 1626 aa23.26■■□□□ 1.31
PRAME-211ENST00000476336 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa23.26■■□□□ 1.31
PRAME-211ENST00000476336 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa23.26■■□□□ 1.31
PRAME-211ENST00000476336 CHD1O14646 1710 aa23.19■■□□□ 1.3
PRAME-211ENST00000476336 ARHGEF11O15085 1522 aa23.18■■□□□ 1.3
PRAME-211ENST00000476336 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa23.18■■□□□ 1.3
PRAME-211ENST00000476336 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP23.18■■□□□ 1.3
PRAME-211ENST00000476336 SYNJ1O43426 1573 aa23.17■■□□□ 1.3
PRAME-211ENST00000476336 GRIN2BQ13224 1484 aa23.12■■□□□ 1.29
PRAME-211ENST00000476336 FBLN2P98095 1184 aa23.12■■□□□ 1.29
PRAME-211ENST00000476336 GAPVD1Q14C86 1478 aa23.11■■□□□ 1.29
PRAME-211ENST00000476336 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP23.1■■□□□ 1.29
PRAME-211ENST00000476336 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa23.08■■□□□ 1.28
PRAME-211ENST00000476336 PBRM1Q86U86 1689 aa23.06■■□□□ 1.28
PRAME-211ENST00000476336 CYB5RLQ6IPT4 315 aa23.05■■□□□ 1.28
PRAME-211ENST00000476336 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa23.04■■□□□ 1.28
PRAME-211ENST00000476336 SYNJ2O15056 1496 aa22.98■■□□□ 1.27
PRAME-211ENST00000476336 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.98■■□□□ 1.27
PRAME-211ENST00000476336 ARAP1Q96P48 1450 aa22.95■■□□□ 1.26
PRAME-211ENST00000476336 ERICH3Q5RHP9 1530 aa22.94■■□□□ 1.26
PRAME-211ENST00000476336 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.91■■□□□ 1.26
PRAME-211ENST00000476336 ADAMTS12P58397 1594 aa22.85■■□□□ 1.25
PRAME-211ENST00000476336 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.85■■□□□ 1.25
PRAME-211ENST00000476336 KIF27Q86VH2 1401 aa22.84■■□□□ 1.25
PRAME-211ENST00000476336 GRIN2AQ12879 1464 aa22.81■■□□□ 1.24
PRAME-211ENST00000476336 TRHP20396 242 aaPredicted RBP22.78■■□□□ 1.24
PRAME-211ENST00000476336 CUL7Q14999 1698 aa22.74■■□□□ 1.23
PRAME-211ENST00000476336 NUP160Q12769 1436 aa22.71■■□□□ 1.23
PRAME-211ENST00000476336 IGF1RP08069 1367 aa22.7■■□□□ 1.22
PRAME-211ENST00000476336 CEP170Q5SW79 1584 aa22.65■■□□□ 1.22
PRAME-211ENST00000476336 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa22.59■■□□□ 1.21
PRAME-211ENST00000476336 SHROOM2Q13796 1616 aa22.57■■□□□ 1.2
PRAME-211ENST00000476336 ERCC6L2Q5T890 1561 aa22.53■■□□□ 1.2
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