RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000465282.5

USP39-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 39, humanhuman

TSL 4

Gene USP39, Length 568 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39-211ENST00000465282 NISCHQ9Y2I1 1504 aa40.68■■■■■ 4.1
USP39-211ENST00000465282 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa36.13■■■■□ 3.37
USP39-211ENST00000465282 ABCC9O60706 1549 aa34.93■■■■□ 3.18
USP39-211ENST00000465282 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP33.93■■■■□ 3.02
USP39-211ENST00000465282 NACADO15069 1562 aa33.89■■■■□ 3.02
USP39-211ENST00000465282 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa33.85■■■■□ 3.01
USP39-211ENST00000465282 MYO15BQ96JP2 1530 aa33.82■■■■□ 3
USP39-211ENST00000465282 DCAF8L2P0C7V8 631 aa33.78■■■■□ 3
USP39-211ENST00000465282 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa33.75■■■□□ 2.99
USP39-211ENST00000465282 UNC13AQ9UPW8 1703 aa33.08■■■□□ 2.89
USP39-211ENST00000465282 SCRIBQ14160 1630 aa32.85■■■□□ 2.85
USP39-211ENST00000465282 BICRAQ9NZM4 1560 aa32.75■■■□□ 2.83
USP39-211ENST00000465282 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP32.65■■■□□ 2.82
USP39-211ENST00000465282 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.55■■■□□ 2.8
USP39-211ENST00000465282 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP31.88■■■□□ 2.69
USP39-211ENST00000465282 DNAJC5BQ9UF47 199 aa31.78■■■□□ 2.68
USP39-211ENST00000465282 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa31.67■■■□□ 2.66
USP39-211ENST00000465282 CECR2Q9BXF3 1484 aa31.58■■■□□ 2.65
USP39-211ENST00000465282 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP31.54■■■□□ 2.64
USP39-211ENST00000465282 SMARCA4P51532 1647 aa31.51■■■□□ 2.63
USP39-211ENST00000465282 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.3■■■□□ 2.6
USP39-211ENST00000465282 SMARCA2P51531 1590 aa31.3■■■□□ 2.6
USP39-211ENST00000465282 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa31.25■■■□□ 2.59
USP39-211ENST00000465282 PEG3Q9GZU2 1588 aa31.25■■■□□ 2.59
USP39-211ENST00000465282 NCAPD3P42695 1498 aa31.24■■■□□ 2.59
USP39-211ENST00000465282 HMGXB3Q12766 1538 aa31.12■■■□□ 2.57
USP39-211ENST00000465282 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.06■■■□□ 2.56
USP39-211ENST00000465282 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP31.01■■■□□ 2.56
USP39-211ENST00000465282 WIZO95785 1651 aa31■■■□□ 2.55
USP39-211ENST00000465282 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP30.72■■■□□ 2.51
USP39-211ENST00000465282 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP30.41■■■□□ 2.46
USP39-211ENST00000465282 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.4■■■□□ 2.46
USP39-211ENST00000465282 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.32■■■□□ 2.44
USP39-211ENST00000465282 CADPSQ9ULU8 1353 aa30.32■■■□□ 2.44
USP39-211ENST00000465282 NESP48681 1621 aa30.29■■■□□ 2.44
USP39-211ENST00000465282 CFTRP13569 1480 aa30.2■■■□□ 2.43
USP39-211ENST00000465282 PDS5BQ9NTI5 1447 aa30.17■■■□□ 2.42
USP39-211ENST00000465282 ERCC6Q03468 1493 aa30.14■■■□□ 2.42
USP39-211ENST00000465282 PRDM2Q13029 1718 aa30.08■■■□□ 2.41
USP39-211ENST00000465282 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa30.02■■■□□ 2.4
USP39-211ENST00000465282 FANCD2Q9BXW9 1451 aa29.95■■■□□ 2.39
USP39-211ENST00000465282 CEP164Q9UPV0 1460 aa29.91■■■□□ 2.38
USP39-211ENST00000465282 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP29.85■■■□□ 2.37
USP39-211ENST00000465282 MRC2Q9UBG0 1479 aa29.8■■■□□ 2.36
USP39-211ENST00000465282 CUX2O14529 1486 aa29.78■■■□□ 2.36
USP39-211ENST00000465282 WDR62O43379 1518 aa29.71■■■□□ 2.35
USP39-211ENST00000465282 ABCC8Q09428 1581 aa29.63■■■□□ 2.33
USP39-211ENST00000465282 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP29.61■■■□□ 2.33
USP39-211ENST00000465282 DNMBPQ6XZF7 1577 aa29.52■■■□□ 2.32
USP39-211ENST00000465282 TOPBP1Q92547 1522 aa29.5■■■□□ 2.31
USP39-211ENST00000465282 CUX1P39880 1505 aa29.36■■■□□ 2.29
USP39-211ENST00000465282 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.29■■■□□ 2.28
USP39-211ENST00000465282 IFT140Q96RY7 1462 aa29.29■■■□□ 2.28
USP39-211ENST00000465282 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP29.26■■■□□ 2.27
USP39-211ENST00000465282 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa29.24■■■□□ 2.27
USP39-211ENST00000465282 TOP2BQ02880 1626 aa29.23■■■□□ 2.27
USP39-211ENST00000465282 FGD5Q6ZNL6 1462 aa29.22■■■□□ 2.27
USP39-211ENST00000465282 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP29.19■■■□□ 2.26
USP39-211ENST00000465282 SYNJ1O43426 1573 aa29.18■■■□□ 2.26
USP39-211ENST00000465282 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa29.17■■■□□ 2.26
USP39-211ENST00000465282 SOGA1O94964 1423 aa29.16■■■□□ 2.26
USP39-211ENST00000465282 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa29.09■■■□□ 2.25
USP39-211ENST00000465282 WDR97A6NE52 1622 aa29.07■■■□□ 2.24
USP39-211ENST00000465282 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP29.04■■■□□ 2.24
USP39-211ENST00000465282 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP29■■■□□ 2.23
USP39-211ENST00000465282 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa28.99■■■□□ 2.23
USP39-211ENST00000465282 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP28.92■■■□□ 2.222e-6■■■■□ 22.7
USP39-211ENST00000465282 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP28.91■■■□□ 2.22
USP39-211ENST00000465282 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.85■■■□□ 2.21
USP39-211ENST00000465282 GAPVD1Q14C86 1478 aa28.85■■■□□ 2.21
USP39-211ENST00000465282 GRIN2BQ13224 1484 aa28.81■■■□□ 2.2
USP39-211ENST00000465282 PBRM1Q86U86 1689 aa28.78■■■□□ 2.2
USP39-211ENST00000465282 TRIM41Q8WV44 630 aa28.78■■■□□ 2.2
USP39-211ENST00000465282 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP28.73■■■□□ 2.19
USP39-211ENST00000465282 KIF27Q86VH2 1401 aa28.69■■■□□ 2.18
USP39-211ENST00000465282 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.69■■■□□ 2.18
USP39-211ENST00000465282 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa28.68■■■□□ 2.18
USP39-211ENST00000465282 CHD1O14646 1710 aa28.6■■■□□ 2.17
USP39-211ENST00000465282 SYNJ2O15056 1496 aa28.59■■■□□ 2.17
USP39-211ENST00000465282 OSCARQ8IYS5 282 aa28.58■■■□□ 2.17
USP39-211ENST00000465282 CHIC1Q5VXU3 224 aa28.57■■■□□ 2.16
USP39-211ENST00000465282 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP28.54■■■□□ 2.16
USP39-211ENST00000465282 ADAMTS12P58397 1594 aa28.54■■■□□ 2.16
USP39-211ENST00000465282 FHAD1B1AJZ9 1412 aa28.53■■■□□ 2.16
USP39-211ENST00000465282 FBLN2P98095 1184 aa28.52■■■□□ 2.16
USP39-211ENST00000465282 IGF1RP08069 1367 aa28.51■■■□□ 2.16
USP39-211ENST00000465282 CUL7Q14999 1698 aa28.49■■■□□ 2.15
USP39-211ENST00000465282 GRIN2AQ12879 1464 aa28.42■■■□□ 2.14
USP39-211ENST00000465282 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa28.4■■■□□ 2.14
USP39-211ENST00000465282 EEA1Q15075 1411 aa28.36■■■□□ 2.13
USP39-211ENST00000465282 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa28.36■■■□□ 2.13
USP39-211ENST00000465282 NUP160Q12769 1436 aa28.29■■■□□ 2.12
USP39-211ENST00000465282 CLASP1Q7Z460 1538 aa28.28■■■□□ 2.12
USP39-211ENST00000465282 CEP170Q5SW79 1584 aa28.24■■■□□ 2.11
USP39-211ENST00000465282 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa28.23■■■□□ 2.11
USP39-211ENST00000465282 CSRNP3Q8WYN3 585 aa28.23■■■□□ 2.11
USP39-211ENST00000465282 PRXQ9BXM0 1461 aa28.19■■■□□ 2.1
USP39-211ENST00000465282 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa28.11■■■□□ 2.09
USP39-211ENST00000465282 ARHGEF11O15085 1522 aa28.08■■■□□ 2.08
USP39-211ENST00000465282 SHROOM2Q13796 1616 aa28.07■■■□□ 2.08
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