RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460297.1

NME4-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 4, human

TSL 5

Gene NME4, Length 1,652 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME4-209	ENST00000460297	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		56.56	■■■■■ 6.64
NME4-209	ENST00000460297	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		49.67	■■■■■ 5.54
NME4-209	ENST00000460297	ABCC9	O60706	1549 aa		47.5	■■■■■ 5.19
NME4-209	ENST00000460297	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	47.38	■■■■■ 5.18
NME4-209	ENST00000460297	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		46.81	■■■■■ 5.08
NME4-209	ENST00000460297	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		46.78	■■■■■ 5.08
NME4-209	ENST00000460297	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		46.48	■■■■■ 5.03
NME4-209	ENST00000460297	NACAD	O15069	1562 aa		46.39	■■■■■ 5.02
NME4-209	ENST00000460297	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		46.14	■■■■■ 4.98
NME4-209	ENST00000460297	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		45.58	■■■■■ 4.89
NME4-209	ENST00000460297	SCRIB	Q14160	1630 aa		45.53	■■■■■ 4.88
NME4-209	ENST00000460297	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		45.26	■■■■■ 4.84
NME4-209	ENST00000460297	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		44.8	■■■■■ 4.76
NME4-209	ENST00000460297	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	44.62	■■■■■ 4.73	1e-8	■■□□□ 14.2
NME4-209	ENST00000460297	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		43.99	■■■■■ 4.63
NME4-209	ENST00000460297	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	43.72	■■■■■ 4.59
NME4-209	ENST00000460297	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.66	■■■■■ 4.58
NME4-209	ENST00000460297	SMARCA4	P51532	1647 aa		43.63	■■■■■ 4.58
NME4-209	ENST00000460297	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	43.6	■■■■■ 4.57
NME4-209	ENST00000460297	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	43.5	■■■■■ 4.55
NME4-209	ENST00000460297	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	43.48	■■■■■ 4.55
NME4-209	ENST00000460297	WIZ	O95785	1651 aa		43.29	■■■■■ 4.52
NME4-209	ENST00000460297	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.15	■■■■■ 4.5
NME4-209	ENST00000460297	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.06	■■■■■ 4.48
NME4-209	ENST00000460297	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.02	■■■■■ 4.48
NME4-209	ENST00000460297	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		43.01	■■■■■ 4.48
NME4-209	ENST00000460297	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.81	■■■■■ 4.44
NME4-209	ENST00000460297	NCAPD3	P42695	1498 aa		42.81	■■■■■ 4.44
NME4-209	ENST00000460297	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	42.76	■■■■■ 4.44
NME4-209	ENST00000460297	HMGXB3	Q12766	1538 aa		42.71	■■■■■ 4.43
NME4-209	ENST00000460297	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		42.51	■■■■■ 4.4
NME4-209	ENST00000460297	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.35	■■■■■ 4.37
NME4-209	ENST00000460297	CFTR	P13569	1480 aa		41.67	■■■■■ 4.26
NME4-209	ENST00000460297	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		41.64	■■■■■ 4.26
NME4-209	ENST00000460297	NES	P48681	1621 aa		41.51	■■■■■ 4.24
NME4-209	ENST00000460297	PRDM2	Q13029	1718 aa		41.48	■■■■■ 4.23
NME4-209	ENST00000460297	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		41.48	■■■■■ 4.23
NME4-209	ENST00000460297	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		41.33	■■■■■ 4.21
NME4-209	ENST00000460297	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.25	■■■■■ 4.19
NME4-209	ENST00000460297	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		41.18	■■■■■ 4.18
NME4-209	ENST00000460297	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		41.13	■■■■■ 4.17
NME4-209	ENST00000460297	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		41.05	■■■■■ 4.16
NME4-209	ENST00000460297	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	41.04	■■■■■ 4.16	2e-6	■■■□□ 15
NME4-209	ENST00000460297	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		40.99	■■■■■ 4.15
NME4-209	ENST00000460297	TRIM41	Q8WV44	630 aa		40.97	■■■■■ 4.15
NME4-209	ENST00000460297	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.94	■■■■■ 4.14
NME4-209	ENST00000460297	CUX1	P39880	1505 aa		40.88	■■■■■ 4.13
NME4-209	ENST00000460297	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.83	■■■■■ 4.13
NME4-209	ENST00000460297	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.82	■■■■■ 4.12
NME4-209	ENST00000460297	ERCC6	Q03468	1493 aa		40.77	■■■■■ 4.12
NME4-209	ENST00000460297	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	40.73	■■■■■ 4.11
NME4-209	ENST00000460297	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		40.71	■■■■■ 4.11
NME4-209	ENST00000460297	TOPBP1	Q92547	1522 aa		40.68	■■■■■ 4.1
NME4-209	ENST00000460297	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		40.66	■■■■■ 4.1
NME4-209	ENST00000460297	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	40.55	■■■■■ 4.08
NME4-209	ENST00000460297	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.52	■■■■■ 4.08
NME4-209	ENST00000460297	WDR62	O43379	1518 aa		40.49	■■■■■ 4.07
NME4-209	ENST00000460297	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.43	■■■■■ 4.06
NME4-209	ENST00000460297	SOGA1	O94964	1423 aa		40.31	■■■■■ 4.04
NME4-209	ENST00000460297	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.28	■■■■■ 4.04
NME4-209	ENST00000460297	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		40.22	■■■■■ 4.03
NME4-209	ENST00000460297	CUX2	O14529	1486 aa		40.22	■■■■■ 4.03
NME4-209	ENST00000460297	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	40.18	■■■■■ 4.02
NME4-209	ENST00000460297	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.16	■■■■■ 4.02
NME4-209	ENST00000460297	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.15	■■■■■ 4.02
NME4-209	ENST00000460297	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.13	■■■■■ 4.02
NME4-209	ENST00000460297	EEA1	Q15075	1411 aa		40.09	■■■■■ 4.01
NME4-209	ENST00000460297	KIF27	Q86VH2	1401 aa		40.05	■■■■■ 4
NME4-209	ENST00000460297	IFT140	Q96RY7	1462 aa		40.05	■■■■■ 4
NME4-209	ENST00000460297	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	39.93	■■■■□ 3.98
NME4-209	ENST00000460297	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		39.92	■■■■□ 3.98
NME4-209	ENST00000460297	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		39.91	■■■■□ 3.98
NME4-209	ENST00000460297	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	39.87	■■■■□ 3.97
NME4-209	ENST00000460297	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		39.82	■■■■□ 3.97
NME4-209	ENST00000460297	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	39.8	■■■■□ 3.96	2e-7	■■■■■ 32.9
NME4-209	ENST00000460297	IGF1R	P08069	1367 aa		39.79	■■■■□ 3.96
NME4-209	ENST00000460297	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	39.75	■■■■□ 3.95
NME4-209	ENST00000460297	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		39.71	■■■■□ 3.95
NME4-209	ENST00000460297	PBRM1	Q86U86	1689 aa		39.7	■■■■□ 3.95
NME4-209	ENST00000460297	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		39.68	■■■■□ 3.94
NME4-209	ENST00000460297	KIF21B	O75037	1637 aa		39.65	■■■■□ 3.94
NME4-209	ENST00000460297	PRX	Q9BXM0	1461 aa		39.64	■■■■□ 3.94
NME4-209	ENST00000460297	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		39.61	■■■■□ 3.93
NME4-209	ENST00000460297	GRIN2B	Q13224	1484 aa		39.61	■■■■□ 3.93
NME4-209	ENST00000460297	CUL7	Q14999	1698 aa		39.57	■■■■□ 3.93
NME4-209	ENST00000460297	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		39.56	■■■■□ 3.92
NME4-209	ENST00000460297	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		39.53	■■■■□ 3.92
NME4-209	ENST00000460297	GOLGA3	Q08378	1498 aa		39.51	■■■■□ 3.91
NME4-209	ENST00000460297	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		39.43	■■■■□ 3.9
NME4-209	ENST00000460297	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.42	■■■■□ 3.9
NME4-209	ENST00000460297	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.37	■■■■□ 3.89
NME4-209	ENST00000460297	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	39.37	■■■■□ 3.89
NME4-209	ENST00000460297	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	39.32	■■■■□ 3.88
NME4-209	ENST00000460297	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		39.25	■■■■□ 3.87
NME4-209	ENST00000460297	SYNJ2	O15056	1496 aa		39.22	■■■■□ 3.87
NME4-209	ENST00000460297	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.14	■■■■□ 3.86
NME4-209	ENST00000460297	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	39.1	■■■■□ 3.85
NME4-209	ENST00000460297	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		39.06	■■■■□ 3.84
NME4-209	ENST00000460297	FBLN2	P98095	1184 aa		39.06	■■■■□ 3.84
NME4-209	ENST00000460297	CHD1	O14646	1710 aa		39.03	■■■■□ 3.84

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