RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460297.1

NME4-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 4, humanhuman

TSL 5

Gene NME4, Length 1,652 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NME4-209ENST00000460297 PCBP1Q15365 356 aaKnown RBP eCLIP26.44■■□□□ 1.822e-46■■■■□ 22.3
NME4-209ENST00000460297 LIN28BQ6ZN17 250 aaKnown RBP eCLIP26.04■■□□□ 1.764e-32■■■■■ 238.3
NME4-209ENST00000460297 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP33.8■■■■□ 34e-27■■■■■ 42.2
NME4-209ENST00000460297 FAM120AQ9NZB2 1118 aaKnown RBP eCLIP25.25■■□□□ 1.634e-18■■■■■ 191.3
NME4-209ENST00000460297 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP25.23■■□□□ 1.634e-18■■■■■ 190.7
NME4-209ENST00000460297 HNRNPKP61978 463 aaKnown RBP eCLIP23.57■■□□□ 1.362e-17■■■□□ 17.4
NME4-209ENST00000460297 CSTF2TQ9H0L4 616 aaKnown RBP eCLIP21.99■■□□□ 1.118e-17■■■■■ 69.3
NME4-209ENST00000460297 NOLC1Q14978 699 aaKnown RBP eCLIP26.43■■□□□ 1.823e-12■□□□□ 10.9
NME4-209ENST00000460297 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP26.06■■□□□ 1.764e-12■□□□□ 10.9
NME4-209ENST00000460297 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP29.66■■■□□ 2.344e-12■□□□□ 10
NME4-209ENST00000460297 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP27.78■■■□□ 2.041e-11■■■■■ 53.6
NME4-209ENST00000460297 CDC40O60508 579 aaKnown RBP eCLIP22.05■■□□□ 1.121e-11■■□□□ 11.9
NME4-209ENST00000460297 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP25.87■■□□□ 1.731e-11■■■■■ 39.2
NME4-209ENST00000460297 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP29.09■■■□□ 2.256e-11■□□□□ 10
NME4-209ENST00000460297 DDX21Q9NR30 783 aaKnown RBP eCLIP30.93■■■□□ 2.549e-11■■■■■ 80.7
NME4-209ENST00000460297 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP36.9■■■■□ 3.52e-10■■■■■ 37.2
NME4-209ENST00000460297 NKRFO15226 690 aaKnown RBP eCLIP27.05■■□□□ 1.923e-10■□□□□ 8.7
NME4-209ENST00000460297 PRPF8Q6P2Q9 2335 aaKnown RBP eCLIP19.79■□□□□ 0.762e-9■■■■□ 26.1
NME4-209ENST00000460297 FASTKD2Q9NYY8 710 aaKnown RBP eCLIP25.39■■□□□ 1.653e-9■■■■■ 75.1
NME4-209ENST00000460297 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP26.17■■□□□ 1.783e-9■■■■■ 101.7
NME4-209ENST00000460297 RBFOX2O43251 390 aaKnown RBP eCLIP19.58■□□□□ 0.723e-9■■■□□ 16.7
NME4-209ENST00000460297 APOBEC3CQ9NRW3 190 aaKnown RBP eCLIP25.51■■□□□ 1.674e-9■■■■■ 61.2
NME4-209ENST00000460297 SF3B1O75533 1304 aaKnown RBP eCLIP25.76■■□□□ 1.715e-9■■■■■ 129.7
NME4-209ENST00000460297 PPIGQ13427 754 aaKnown RBP eCLIP25.97■■□□□ 1.755e-9■■□□□ 11.9
NME4-209ENST00000460297 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP28.24■■■□□ 2.115e-9■■■□□ 17.3
NME4-209ENST00000460297 IGF2BP1Q9NZI8 577 aaKnown RBP eCLIP24.35■■□□□ 1.496e-9■■■□□ 14.9
NME4-209ENST00000460297 LARP4Q71RC2 724 aaKnown RBP eCLIP23.29■■□□□ 1.321e-8■■□□□ 12.8
NME4-209ENST00000460297 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP27.77■■■□□ 2.041e-8■■■■□ 22.1
NME4-209ENST00000460297 PUM1Q14671 1186 aaKnown RBP eCLIP22.42■■□□□ 1.181e-8■□□□□ 11.3
NME4-209ENST00000460297 RPS3P23396 243 aaKnown RBP eCLIP24■■□□□ 1.431e-8■□□□□ 10.9
NME4-209ENST00000460297 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP44.62■■■■■ 4.731e-8■■□□□ 14.2
NME4-209ENST00000460297 EWSR1Q01844 656 aaKnown RBP eCLIP19.14■□□□□ 0.662e-8■■■■□ 26.5
NME4-209ENST00000460297 NCBP2P52298 156 aaKnown RBP eCLIP22.78■■□□□ 1.243e-8■■■□□ 18.4
NME4-209ENST00000460297 PCBP2Q15366 365 aaKnown RBP eCLIP23.59■■□□□ 1.373e-8■■■■■ 31.3
NME4-209ENST00000460297 TIA1P31483 386 aaKnown RBP eCLIP23.09■■□□□ 1.293e-8■■□□□ 13.2
NME4-209ENST00000460297 DHX30Q7L2E3 1194 aaKnown RBP eCLIP27.55■■■□□ 23e-8■■■■■ 32.6
NME4-209ENST00000460297 PRPF4O43172 522 aaKnown RBP eCLIP23.95■■□□□ 1.425e-8■■■■■ 32.8
NME4-209ENST00000460297 RBM22Q9NW64 420 aaKnown RBP eCLIP24.72■■□□□ 1.555e-8■□□□□ 8.7
NME4-209ENST00000460297 NONOQ15233 471 aaKnown RBP eCLIP27.71■■■□□ 2.035e-8■■■■□ 23.5
NME4-209ENST00000460297 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP32.3■■■□□ 2.765e-8■□□□□ 9.6
NME4-209ENST00000460297 SLTMQ9NWH9 1034 aaKnown RBP eCLIP25.16■■□□□ 1.626e-8■■■□□ 17.5
NME4-209ENST00000460297 ZRANB2O95218 330 aaKnown RBP eCLIP25.23■■□□□ 1.631e-7■□□□□ 11.2
NME4-209ENST00000460297 SMNDC1O75940 238 aaKnown RBP eCLIP21.63■■□□□ 1.051e-7■■■□□ 15.9
NME4-209ENST00000460297 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP39.8■■■■□ 3.962e-7■■■■■ 32.9
NME4-209ENST00000460297 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP25.91■■□□□ 1.742e-7■■■□□ 15.1
NME4-209ENST00000460297 AKAP8LQ9ULX6 646 aaKnown RBP eCLIP21.54■■□□□ 1.042e-7■■■■■ 40.5
NME4-209ENST00000460297 EFTUD2Q15029 972 aaKnown RBP eCLIP24.31■■□□□ 1.482e-7■■■□□ 17.8
NME4-209ENST00000460297 DGCR8Q8WYQ5 773 aaKnown RBP eCLIP24.64■■□□□ 1.533e-7■■■■□ 24.4
NME4-209ENST00000460297 DDX51Q8N8A6 666 aaKnown RBP eCLIP24.69■■□□□ 1.544e-7■■□□□ 11.5
NME4-209ENST00000460297 LSM11P83369 360 aaKnown RBP eCLIP22.07■■□□□ 1.125e-7■■■■□ 25.3
NME4-209ENST00000460297 DDX24Q9GZR7 859 aaKnown RBP eCLIP29.28■■■□□ 2.285e-7■■■□□ 15.7
NME4-209ENST00000460297 IGF2BP3O00425 579 aaKnown RBP eCLIP27.65■■■□□ 2.025e-7■■■■■ 32
NME4-209ENST00000460297 XRN2Q9H0D6 950 aaKnown RBP eCLIP26.77■■□□□ 1.889e-7■■■■□ 20.7
NME4-209ENST00000460297 DDX6P26196 483 aaKnown RBP eCLIP25.07■■□□□ 1.69e-7■■■■□ 25
NME4-209ENST00000460297 SF3A3Q12874 501 aaKnown RBP eCLIP23.5■■□□□ 1.351e-6■■■■□ 23.8
NME4-209ENST00000460297 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP37.09■■■■□ 3.531e-6■■■□□ 18.6
NME4-209ENST00000460297 AATFQ9NY61 560 aaKnown RBP eCLIP29.03■■■□□ 2.242e-6■■■□□ 18.9
NME4-209ENST00000460297 METAP2P50579 478 aaKnown RBP eCLIP28.36■■■□□ 2.132e-6■□□□□ 11.1
NME4-209ENST00000460297 STAU2Q9NUL3 570 aaKnown RBP eCLIP25.21■■□□□ 1.632e-6■■□□□ 11.8
NME4-209ENST00000460297 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.04■■■■■ 4.162e-6■■■□□ 15
NME4-209ENST00000460297 SRSF1Q07955 248 aaKnown RBP eCLIP20.8■□□□□ 0.923e-6■□□□□ 9.3
NME4-209ENST00000460297 EIF3GO75821 320 aaKnown RBP eCLIP18.65■□□□□ 0.583e-6■■■■□ 20.1
NME4-209ENST00000460297 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP27.4■■□□□ 1.984e-6■■■■□ 23.1
NME4-209ENST00000460297 TBRG4Q969Z0 631 aaKnown RBP eCLIP24.08■■□□□ 1.447e-6■■■■■ 27.5
NME4-209ENST00000460297 SF3B4Q15427 424 aaKnown RBP eCLIP21.44■■□□□ 1.028e-6■■□□□ 11.6
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