RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000446877.5

PMS1-214, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, humanhuman

TSL 4

Gene PMS1, Length 560 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PMS1-214ENST00000446877 NISCHQ9Y2I1 1504 aa61.28■■■■■ 7.4
PMS1-214ENST00000446877 ABCC9O60706 1549 aa55.55■■■■■ 6.48
PMS1-214ENST00000446877 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa55■■■■■ 6.4
PMS1-214ENST00000446877 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa52.66■■■■■ 6.02
PMS1-214ENST00000446877 DNAJC5BQ9UF47 199 aa52.46■■■■■ 5.99
PMS1-214ENST00000446877 NACADO15069 1562 aa52.21■■■■■ 5.95
PMS1-214ENST00000446877 DCAF8L2P0C7V8 631 aa52.16■■■■■ 5.94
PMS1-214ENST00000446877 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP51.77■■■■■ 5.88
PMS1-214ENST00000446877 MYO15BQ96JP2 1530 aa51.37■■■■■ 5.81
PMS1-214ENST00000446877 UNC13AQ9UPW8 1703 aa51.21■■■■■ 5.79
PMS1-214ENST00000446877 BICRAQ9NZM4 1560 aa51.04■■■■■ 5.76
PMS1-214ENST00000446877 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP50.67■■■■■ 5.7
PMS1-214ENST00000446877 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa50.57■■■■■ 5.69
PMS1-214ENST00000446877 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa50.41■■■■■ 5.66
PMS1-214ENST00000446877 SCRIBQ14160 1630 aa50.18■■■■■ 5.62
PMS1-214ENST00000446877 CECR2Q9BXF3 1484 aa50.09■■■■■ 5.61
PMS1-214ENST00000446877 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa50.06■■■■■ 5.6
PMS1-214ENST00000446877 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP49.88■■■■■ 5.58
PMS1-214ENST00000446877 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa48.51■■■■■ 5.36
PMS1-214ENST00000446877 NCAPD3P42695 1498 aa48.27■■■■■ 5.32
PMS1-214ENST00000446877 ERCC6Q03468 1493 aa48.04■■■■■ 5.28
PMS1-214ENST00000446877 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa48.04■■■■■ 5.28
PMS1-214ENST00000446877 CUX2O14529 1486 aa48.01■■■■■ 5.28
PMS1-214ENST00000446877 SMARCA2P51531 1590 aa47.88■■■■■ 5.25
PMS1-214ENST00000446877 SMARCA4P51532 1647 aa47.81■■■■■ 5.24
PMS1-214ENST00000446877 HMGXB3Q12766 1538 aa47.78■■■■■ 5.24
PMS1-214ENST00000446877 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP47.59■■■■■ 5.21
PMS1-214ENST00000446877 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP47.59■■■■■ 5.21
PMS1-214ENST00000446877 NESP48681 1621 aa47.56■■■■■ 5.2
PMS1-214ENST00000446877 PEG3Q9GZU2 1588 aa47.34■■■■■ 5.17
PMS1-214ENST00000446877 MROH2BQ7Z745 1585 aa47.2■■■■■ 5.15
PMS1-214ENST00000446877 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa47.16■■■■■ 5.14
PMS1-214ENST00000446877 PDS5BQ9NTI5 1447 aa47.05■■■■■ 5.12
PMS1-214ENST00000446877 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP47.03■■■■■ 5.12
PMS1-214ENST00000446877 CADPSQ9ULU8 1353 aa46.84■■■■■ 5.09
PMS1-214ENST00000446877 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa46.8■■■■■ 5.08
PMS1-214ENST00000446877 MRC2Q9UBG0 1479 aa46.57■■■■■ 5.05
PMS1-214ENST00000446877 WIZO95785 1651 aa46.55■■■■■ 5.04
PMS1-214ENST00000446877 WDR62O43379 1518 aa46.4■■■■■ 5.02
PMS1-214ENST00000446877 CEP164Q9UPV0 1460 aa46.32■■■■■ 5.01
PMS1-214ENST00000446877 TRIM41Q8WV44 630 aa46.29■■■■■ 5
PMS1-214ENST00000446877 FANCD2Q9BXW9 1451 aa46.25■■■■■ 5
PMS1-214ENST00000446877 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP46.16■■■■■ 4.98
PMS1-214ENST00000446877 CFTRP13569 1480 aa46.16■■■■■ 4.98
PMS1-214ENST00000446877 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP45.99■■■■■ 4.95
PMS1-214ENST00000446877 OSCARQ8IYS5 282 aa45.93■■■■■ 4.94
PMS1-214ENST00000446877 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP45.83■■■■■ 4.93
PMS1-214ENST00000446877 CCDC88BA6NC98 1476 aa45.54■■■■■ 4.88
PMS1-214ENST00000446877 IFT140Q96RY7 1462 aa45.44■■■■■ 4.87
PMS1-214ENST00000446877 PRDM2Q13029 1718 aa45.39■■■■■ 4.86
PMS1-214ENST00000446877 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP45.35■■■■■ 4.85
PMS1-214ENST00000446877 TOPBP1Q92547 1522 aa45.3■■■■■ 4.84
PMS1-214ENST00000446877 ABCC8Q09428 1581 aa45.25■■■■■ 4.83
PMS1-214ENST00000446877 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa45.11■■■■■ 4.81
PMS1-214ENST00000446877 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa45.11■■■■■ 4.81
PMS1-214ENST00000446877 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa45.11■■■■■ 4.81
PMS1-214ENST00000446877 DNMBPQ6XZF7 1577 aa45.07■■■■■ 4.8
PMS1-214ENST00000446877 ARHGEF11O15085 1522 aa45■■■■■ 4.79
PMS1-214ENST00000446877 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP44.99■■■■■ 4.79
PMS1-214ENST00000446877 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP44.96■■■■■ 4.79
PMS1-214ENST00000446877 FBLN2P98095 1184 aa44.89■■■■■ 4.78
PMS1-214ENST00000446877 CYB5RLQ6IPT4 315 aa44.88■■■■■ 4.78
PMS1-214ENST00000446877 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP44.84■■■■■ 4.77
PMS1-214ENST00000446877 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44.81■■■■■ 4.76
PMS1-214ENST00000446877 SOGA1O94964 1423 aa44.71■■■■■ 4.75
PMS1-214ENST00000446877 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa44.69■■■■■ 4.74
PMS1-214ENST00000446877 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP44.67■■■■■ 4.74
PMS1-214ENST00000446877 CHD1O14646 1710 aa44.66■■■■■ 4.74
PMS1-214ENST00000446877 TRHP20396 242 aaPredicted RBP44.54■■■■■ 4.72
PMS1-214ENST00000446877 ARAP1Q96P48 1450 aa44.53■■■■■ 4.72
PMS1-214ENST00000446877 FGD5Q6ZNL6 1462 aa44.49■■■■■ 4.71
PMS1-214ENST00000446877 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP44.49■■■■■ 4.71
PMS1-214ENST00000446877 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa44.45■■■■■ 4.71
PMS1-214ENST00000446877 WDR97A6NE52 1622 aa44.39■■■■■ 4.7
PMS1-214ENST00000446877 CUX1P39880 1505 aa44.35■■■■■ 4.69
PMS1-214ENST00000446877 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP44.33■■■■■ 4.69
PMS1-214ENST00000446877 GRIN2BQ13224 1484 aa44.32■■■■■ 4.69
PMS1-214ENST00000446877 SYNJ1O43426 1573 aa44.23■■■■■ 4.67
PMS1-214ENST00000446877 CLASP1Q7Z460 1538 aa44.23■■■■■ 4.67
PMS1-214ENST00000446877 SYNJ2O15056 1496 aa44.2■■■■■ 4.67
PMS1-214ENST00000446877 GAPVD1Q14C86 1478 aa44.11■■■■■ 4.65
PMS1-214ENST00000446877 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP44.02■■■■■ 4.64
PMS1-214ENST00000446877 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa43.96■■■■■ 4.63
PMS1-214ENST00000446877 PBRM1Q86U86 1689 aa43.9■■■■■ 4.62
PMS1-214ENST00000446877 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP43.82■■■■■ 4.61
PMS1-214ENST00000446877 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.82■■■■■ 4.61
PMS1-214ENST00000446877 GRIN2AQ12879 1464 aa43.71■■■■■ 4.59
PMS1-214ENST00000446877 NUP160Q12769 1436 aa43.57■■■■■ 4.57
PMS1-214ENST00000446877 FHAD1B1AJZ9 1412 aa43.56■■■■■ 4.56
PMS1-214ENST00000446877 ADAMTS12P58397 1594 aa43.54■■■■■ 4.56
PMS1-214ENST00000446877 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP43.54■■■■■ 4.56
PMS1-214ENST00000446877 TOP2BQ02880 1626 aa43.53■■■■■ 4.56
PMS1-214ENST00000446877 ERCC6L2Q5T890 1561 aa43.51■■■■■ 4.56
PMS1-214ENST00000446877 CEP170Q5SW79 1584 aa43.49■■■■■ 4.55
PMS1-214ENST00000446877 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa43.47■■■■■ 4.55
PMS1-214ENST00000446877 ERICH3Q5RHP9 1530 aa43.4■■■■■ 4.54
PMS1-214ENST00000446877 SHROOM2Q13796 1616 aa43.3■■■■■ 4.52
PMS1-214ENST00000446877 JPH4Q96JJ6 628 aa43.28■■■■■ 4.52
PMS1-214ENST00000446877 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP43.26■■■■■ 4.52
PMS1-214ENST00000446877 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP43.05■■■■■ 4.48
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