RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000440048.1

VARS-217, Transcript of valyl-tRNA synthetase, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene VARS, Length 804 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VARS-217ENST00000440048 NISCHQ9Y2I1 1504 aa57.78■■■■■ 6.84
VARS-217ENST00000440048 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa51.45■■■■■ 5.83
VARS-217ENST00000440048 ABCC9O60706 1549 aa50.53■■■■■ 5.68
VARS-217ENST00000440048 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa48.51■■■■■ 5.36
VARS-217ENST00000440048 NACADO15069 1562 aa48.41■■■■■ 5.34
VARS-217ENST00000440048 DCAF8L2P0C7V8 631 aa48.36■■■■■ 5.33
VARS-217ENST00000440048 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP48.09■■■■■ 5.29
VARS-217ENST00000440048 MYO15BQ96JP2 1530 aa48.04■■■■■ 5.28
VARS-217ENST00000440048 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa47.78■■■■■ 5.24
VARS-217ENST00000440048 UNC13AQ9UPW8 1703 aa47.47■■■■■ 5.19
VARS-217ENST00000440048 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP47.2■■■■■ 5.15
VARS-217ENST00000440048 BICRAQ9NZM4 1560 aa47.08■■■■■ 5.13
VARS-217ENST00000440048 SCRIBQ14160 1630 aa46.94■■■■■ 5.11
VARS-217ENST00000440048 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.78■■■■■ 5.08
VARS-217ENST00000440048 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa46.51■■■■■ 5.04
VARS-217ENST00000440048 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.84■■■■■ 4.93
VARS-217ENST00000440048 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.7■■■■■ 4.91
VARS-217ENST00000440048 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.42■■■■■ 4.86
VARS-217ENST00000440048 SMARCA4P51532 1647 aa44.88■■■■■ 4.78
VARS-217ENST00000440048 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP44.78■■■■■ 4.76
VARS-217ENST00000440048 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa44.68■■■■■ 4.74
VARS-217ENST00000440048 NCAPD3P42695 1498 aa44.67■■■■■ 4.74
VARS-217ENST00000440048 SMARCA2P51531 1590 aa44.6■■■■■ 4.73
VARS-217ENST00000440048 MROH2BQ7Z745 1585 aa44.54■■■■■ 4.72
VARS-217ENST00000440048 HMGXB3Q12766 1538 aa44.43■■■■■ 4.7
VARS-217ENST00000440048 PEG3Q9GZU2 1588 aa44.43■■■■■ 4.7
VARS-217ENST00000440048 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP44.29■■■■■ 4.68
VARS-217ENST00000440048 WIZO95785 1651 aa44.07■■■■■ 4.64
VARS-217ENST00000440048 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP43.96■■■■■ 4.63
VARS-217ENST00000440048 NESP48681 1621 aa43.69■■■■■ 4.58
VARS-217ENST00000440048 ERCC6Q03468 1493 aa43.57■■■■■ 4.57
VARS-217ENST00000440048 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP43.56■■■■■ 4.56
VARS-217ENST00000440048 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.52■■■■■ 4.56
VARS-217ENST00000440048 CADPSQ9ULU8 1353 aa43.36■■■■■ 4.53
VARS-217ENST00000440048 CUX2O14529 1486 aa43.36■■■■■ 4.53
VARS-217ENST00000440048 PDS5BQ9NTI5 1447 aa43.22■■■■■ 4.51
VARS-217ENST00000440048 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa43.17■■■■■ 4.5
VARS-217ENST00000440048 CCDC88BA6NC98 1476 aa43.06■■■■■ 4.48
VARS-217ENST00000440048 CFTRP13569 1480 aa43.06■■■■■ 4.48
VARS-217ENST00000440048 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP43.05■■■■■ 4.48
VARS-217ENST00000440048 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.87■■■■■ 4.45
VARS-217ENST00000440048 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.83■■■■■ 4.45
VARS-217ENST00000440048 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.81■■■■■ 4.44
VARS-217ENST00000440048 PRDM2Q13029 1718 aa42.76■■■■■ 4.44
VARS-217ENST00000440048 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP42.72■■■■■ 4.43
VARS-217ENST00000440048 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.71■■■■■ 4.43
VARS-217ENST00000440048 WDR62O43379 1518 aa42.67■■■■■ 4.42
VARS-217ENST00000440048 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.47■■■■■ 4.39
VARS-217ENST00000440048 TOPBP1Q92547 1522 aa42.17■■■■■ 4.34
VARS-217ENST00000440048 ABCC8Q09428 1581 aa42.13■■■■■ 4.33
VARS-217ENST00000440048 DNMBPQ6XZF7 1577 aa42.1■■■■■ 4.33
VARS-217ENST00000440048 IFT140Q96RY7 1462 aa41.93■■■■■ 4.3
VARS-217ENST00000440048 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP41.8■■■■■ 4.28
VARS-217ENST00000440048 CUX1P39880 1505 aa41.79■■■■■ 4.28
VARS-217ENST00000440048 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.79■■■■■ 4.28
VARS-217ENST00000440048 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP41.73■■■■■ 4.27
VARS-217ENST00000440048 FGD5Q6ZNL6 1462 aa41.67■■■■■ 4.26
VARS-217ENST00000440048 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa41.64■■■■■ 4.26
VARS-217ENST00000440048 SOGA1O94964 1423 aa41.62■■■■■ 4.25
VARS-217ENST00000440048 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP41.61■■■■■ 4.25
VARS-217ENST00000440048 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP41.53■■■■■ 4.248e-9■■■■■ 38.8
VARS-217ENST00000440048 OSCARQ8IYS5 282 aa41.49■■■■■ 4.23
VARS-217ENST00000440048 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.44■■■■■ 4.22
VARS-217ENST00000440048 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.42■■■■■ 4.22
VARS-217ENST00000440048 TOP2BQ02880 1626 aa41.38■■■■■ 4.21
VARS-217ENST00000440048 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa41.38■■■■■ 4.21
VARS-217ENST00000440048 SYNJ1O43426 1573 aa41.37■■■■■ 4.21
VARS-217ENST00000440048 WDR97A6NE52 1622 aa41.36■■■■■ 4.21
VARS-217ENST00000440048 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa41.25■■■■■ 4.19
VARS-217ENST00000440048 GRIN2BQ13224 1484 aa41.15■■■■■ 4.18
VARS-217ENST00000440048 CHD1O14646 1710 aa41.14■■■■■ 4.18
VARS-217ENST00000440048 GAPVD1Q14C86 1478 aa41.14■■■■■ 4.18
VARS-217ENST00000440048 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa41.14■■■■■ 4.18
VARS-217ENST00000440048 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa41.12■■■■■ 4.17
VARS-217ENST00000440048 PBRM1Q86U86 1689 aa41.08■■■■■ 4.17
VARS-217ENST00000440048 FBLN2P98095 1184 aa41.06■■■■■ 4.16
VARS-217ENST00000440048 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP41.06■■■■■ 4.16
VARS-217ENST00000440048 TRIM41Q8WV44 630 aa40.98■■■■■ 4.15
VARS-217ENST00000440048 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.91■■■■■ 4.14
VARS-217ENST00000440048 SYNJ2O15056 1496 aa40.9■■■■■ 4.14
VARS-217ENST00000440048 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.81■■■■■ 4.12
VARS-217ENST00000440048 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.81■■■■■ 4.12
VARS-217ENST00000440048 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.81■■■■■ 4.12
VARS-217ENST00000440048 ERICH3Q5RHP9 1530 aa40.75■■■■■ 4.11
VARS-217ENST00000440048 ADAMTS12P58397 1594 aa40.74■■■■■ 4.11
VARS-217ENST00000440048 ARHGEF11O15085 1522 aa40.73■■■■■ 4.11
VARS-217ENST00000440048 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.67■■■■■ 4.1
VARS-217ENST00000440048 FHAD1B1AJZ9 1412 aa40.65■■■■■ 4.1
VARS-217ENST00000440048 GRIN2AQ12879 1464 aa40.63■■■■■ 4.09
VARS-217ENST00000440048 KIF27Q86VH2 1401 aa40.59■■■■■ 4.09
VARS-217ENST00000440048 IGF1RP08069 1367 aa40.47■■■■■ 4.07
VARS-217ENST00000440048 NUP160Q12769 1436 aa40.45■■■■■ 4.07
VARS-217ENST00000440048 CEP170Q5SW79 1584 aa40.44■■■■■ 4.06
VARS-217ENST00000440048 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.41■■■■■ 4.06
VARS-217ENST00000440048 CUL7Q14999 1698 aa40.35■■■■■ 4.05
VARS-217ENST00000440048 ARAP1Q96P48 1450 aa40.35■■■■■ 4.05
VARS-217ENST00000440048 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa40.22■■■■■ 4.03
VARS-217ENST00000440048 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa40.21■■■■■ 4.03
VARS-217ENST00000440048 SHROOM2Q13796 1616 aa40.18■■■■■ 4.02
VARS-217ENST00000440048 ERCC6L2Q5T890 1561 aa40.12■■■■■ 4.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 70.7 ms