RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000429738.1

MRPL28-203, Transcript of mitochondrial ribosomal protein L28, human

TSL 2 BASIC

Gene MRPL28, Length 310 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
MRPL28-203	ENST00000429738	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.11	■■■■■ 4.65
MRPL28-203	ENST00000429738	ABCC9	O60706	1549 aa		39.97	■■■■□ 3.99
MRPL28-203	ENST00000429738	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.59	■■■■□ 3.93
MRPL28-203	ENST00000429738	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.89	■■■■□ 3.66
MRPL28-203	ENST00000429738	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		37.88	■■■■□ 3.65
MRPL28-203	ENST00000429738	NACAD	O15069	1562 aa		37.57	■■■■□ 3.6
MRPL28-203	ENST00000429738	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.39	■■■■□ 3.58
MRPL28-203	ENST00000429738	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	37.22	■■■■□ 3.55	5e-7	■■■■■ 28.2
MRPL28-203	ENST00000429738	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.98	■■■■□ 3.51
MRPL28-203	ENST00000429738	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		36.95	■■■■□ 3.51
MRPL28-203	ENST00000429738	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.79	■■■■□ 3.48
MRPL28-203	ENST00000429738	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	36.65	■■■■□ 3.46
MRPL28-203	ENST00000429738	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.51	■■■■□ 3.44
MRPL28-203	ENST00000429738	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.27	■■■■□ 3.4
MRPL28-203	ENST00000429738	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		36.08	■■■■□ 3.37
MRPL28-203	ENST00000429738	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		36.05	■■■■□ 3.36
MRPL28-203	ENST00000429738	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.05	■■■■□ 3.36
MRPL28-203	ENST00000429738	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.91	■■■■□ 3.34
MRPL28-203	ENST00000429738	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		35.05	■■■■□ 3.2
MRPL28-203	ENST00000429738	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.72	■■■■□ 3.15
MRPL28-203	ENST00000429738	CUX2	O14529	1486 aa		34.59	■■■■□ 3.13
MRPL28-203	ENST00000429738	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.54	■■■■□ 3.12
MRPL28-203	ENST00000429738	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.53	■■■■□ 3.12
MRPL28-203	ENST00000429738	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.41	■■■■□ 3.1
MRPL28-203	ENST00000429738	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.38	■■■■□ 3.09
MRPL28-203	ENST00000429738	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.36	■■■■□ 3.09
MRPL28-203	ENST00000429738	NES	P48681	1621 aa		34.23	■■■■□ 3.07
MRPL28-203	ENST00000429738	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.22	■■■■□ 3.07
MRPL28-203	ENST00000429738	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.17	■■■■□ 3.06
MRPL28-203	ENST00000429738	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.06	■■■■□ 3.04
MRPL28-203	ENST00000429738	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		33.98	■■■■□ 3.03
MRPL28-203	ENST00000429738	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.94	■■■■□ 3.02
MRPL28-203	ENST00000429738	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.91	■■■■□ 3.02
MRPL28-203	ENST00000429738	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.8	■■■■□ 3
MRPL28-203	ENST00000429738	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.74	■■■□□ 2.99
MRPL28-203	ENST00000429738	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.66	■■■□□ 2.98
MRPL28-203	ENST00000429738	WIZ	O95785	1651 aa		33.59	■■■□□ 2.97
MRPL28-203	ENST00000429738	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.49	■■■□□ 2.95
MRPL28-203	ENST00000429738	WDR62	O43379	1518 aa		33.4	■■■□□ 2.94
MRPL28-203	ENST00000429738	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33.4	■■■□□ 2.94
MRPL28-203	ENST00000429738	TRIM41	Q8WV44	630 aa		33.33	■■■□□ 2.93
MRPL28-203	ENST00000429738	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.29	■■■□□ 2.92
MRPL28-203	ENST00000429738	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.24	■■■□□ 2.91
MRPL28-203	ENST00000429738	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.2	■■■□□ 2.91
MRPL28-203	ENST00000429738	CFTR	P13569	1480 aa		33.18	■■■□□ 2.9
MRPL28-203	ENST00000429738	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		33.06	■■■□□ 2.88
MRPL28-203	ENST00000429738	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.97	■■■□□ 2.87
MRPL28-203	ENST00000429738	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		32.8	■■■□□ 2.84
MRPL28-203	ENST00000429738	PRDM2	Q13029	1718 aa		32.75	■■■□□ 2.83
MRPL28-203	ENST00000429738	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.66	■■■□□ 2.82
MRPL28-203	ENST00000429738	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
MRPL28-203	ENST00000429738	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.56	■■■□□ 2.8
MRPL28-203	ENST00000429738	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		32.54	■■■□□ 2.8
MRPL28-203	ENST00000429738	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		32.54	■■■□□ 2.8
MRPL28-203	ENST00000429738	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		32.54	■■■□□ 2.8
MRPL28-203	ENST00000429738	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.51	■■■□□ 2.79
MRPL28-203	ENST00000429738	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.41	■■■□□ 2.78
MRPL28-203	ENST00000429738	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.39	■■■□□ 2.78
MRPL28-203	ENST00000429738	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.37	■■■□□ 2.77
MRPL28-203	ENST00000429738	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.32	■■■□□ 2.76	4e-7	■■■■■ 28
MRPL28-203	ENST00000429738	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		32.29	■■■□□ 2.76
MRPL28-203	ENST00000429738	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.28	■■■□□ 2.76
MRPL28-203	ENST00000429738	FBLN2	P98095	1184 aa		32.21	■■■□□ 2.75
MRPL28-203	ENST00000429738	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.21	■■■□□ 2.75
MRPL28-203	ENST00000429738	CHD1	O14646	1710 aa		32.2	■■■□□ 2.74
MRPL28-203	ENST00000429738	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.11	■■■□□ 2.73
MRPL28-203	ENST00000429738	SOGA1	O94964	1423 aa		32.1	■■■□□ 2.73
MRPL28-203	ENST00000429738	ARAP1	Q96P48	1450 aa		32.08	■■■□□ 2.73
MRPL28-203	ENST00000429738	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.07	■■■□□ 2.73
MRPL28-203	ENST00000429738	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	32.05	■■■□□ 2.72
MRPL28-203	ENST00000429738	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
MRPL28-203	ENST00000429738	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		31.95	■■■□□ 2.7
MRPL28-203	ENST00000429738	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.93	■■■□□ 2.7
MRPL28-203	ENST00000429738	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.93	■■■□□ 2.7
MRPL28-203	ENST00000429738	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.93	■■■□□ 2.7
MRPL28-203	ENST00000429738	CUX1	P39880	1505 aa		31.91	■■■□□ 2.7
MRPL28-203	ENST00000429738	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.86	■■■□□ 2.69
MRPL28-203	ENST00000429738	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.85	■■■□□ 2.69
MRPL28-203	ENST00000429738	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.84	■■■□□ 2.69
MRPL28-203	ENST00000429738	SYNJ1	O43426	1573 aa		31.81	■■■□□ 2.68
MRPL28-203	ENST00000429738	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.76	■■■□□ 2.67
MRPL28-203	ENST00000429738	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.68	■■■□□ 2.66
MRPL28-203	ENST00000429738	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.6	■■■□□ 2.65
MRPL28-203	ENST00000429738	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.59	■■■□□ 2.65
MRPL28-203	ENST00000429738	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.52	■■■□□ 2.64
MRPL28-203	ENST00000429738	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		31.52	■■■□□ 2.64
MRPL28-203	ENST00000429738	TOP2B	Q02880	1626 aa		31.5	■■■□□ 2.63
MRPL28-203	ENST00000429738	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.49	■■■□□ 2.63
MRPL28-203	ENST00000429738	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.4	■■■□□ 2.62
MRPL28-203	ENST00000429738	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	31.35	■■■□□ 2.61
MRPL28-203	ENST00000429738	NUP160	Q12769	1436 aa		31.33	■■■□□ 2.61
MRPL28-203	ENST00000429738	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.33	■■■□□ 2.61
MRPL28-203	ENST00000429738	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.3	■■■□□ 2.6
MRPL28-203	ENST00000429738	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.28	■■■□□ 2.6
MRPL28-203	ENST00000429738	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.27	■■■□□ 2.6
MRPL28-203	ENST00000429738	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.19	■■■□□ 2.58
MRPL28-203	ENST00000429738	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.18	■■■□□ 2.58
MRPL28-203	ENST00000429738	JPH4	Q96JJ6	628 aa		31.09	■■■□□ 2.57
MRPL28-203	ENST00000429738	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	31.07	■■■□□ 2.57
MRPL28-203	ENST00000429738	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		30.94	■■■□□ 2.54

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 48.6 ms