RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428445.1

VARS-216, Transcript of valyl-tRNA synthetase, humanhuman

TSL 5

Gene VARS, Length 863 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VARS-216ENST00000428445 NISCHQ9Y2I1 1504 aa41.64■■■■■ 4.26
VARS-216ENST00000428445 ABCC9O60706 1549 aa37.63■■■■□ 3.61
VARS-216ENST00000428445 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa37.29■■■■□ 3.56
VARS-216ENST00000428445 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa35.6■■■■□ 3.29
VARS-216ENST00000428445 DNAJC5BQ9UF47 199 aa35.52■■■■□ 3.28
VARS-216ENST00000428445 DCAF8L2P0C7V8 631 aa35.42■■■■□ 3.26
VARS-216ENST00000428445 NACADO15069 1562 aa35.32■■■■□ 3.24
VARS-216ENST00000428445 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP35.11■■■■□ 3.213e-8■■■□□ 16.7
VARS-216ENST00000428445 UNC13AQ9UPW8 1703 aa34.92■■■■□ 3.18
VARS-216ENST00000428445 MYO15BQ96JP2 1530 aa34.71■■■■□ 3.15
VARS-216ENST00000428445 BICRAQ9NZM4 1560 aa34.67■■■■□ 3.14
VARS-216ENST00000428445 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP34.45■■■■□ 3.1
VARS-216ENST00000428445 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa34.25■■■■□ 3.07
VARS-216ENST00000428445 SCRIBQ14160 1630 aa34.15■■■■□ 3.06
VARS-216ENST00000428445 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa33.93■■■■□ 3.02
VARS-216ENST00000428445 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa33.93■■■■□ 3.02
VARS-216ENST00000428445 CECR2Q9BXF3 1484 aa33.84■■■■□ 3.01
VARS-216ENST00000428445 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP33.79■■■■□ 3
VARS-216ENST00000428445 NCAPD3P42695 1498 aa32.65■■■□□ 2.82
VARS-216ENST00000428445 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa32.58■■■□□ 2.81
VARS-216ENST00000428445 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa32.56■■■□□ 2.8
VARS-216ENST00000428445 SMARCA4P51532 1647 aa32.5■■■□□ 2.79
VARS-216ENST00000428445 ERCC6Q03468 1493 aa32.42■■■□□ 2.78
VARS-216ENST00000428445 SMARCA2P51531 1590 aa32.4■■■□□ 2.78
VARS-216ENST00000428445 HMGXB3Q12766 1538 aa32.34■■■□□ 2.77
VARS-216ENST00000428445 NESP48681 1621 aa32.33■■■□□ 2.77
VARS-216ENST00000428445 CUX2O14529 1486 aa32.3■■■□□ 2.76
VARS-216ENST00000428445 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP32.27■■■□□ 2.76
VARS-216ENST00000428445 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP32.23■■■□□ 2.75
VARS-216ENST00000428445 MROH2BQ7Z745 1585 aa32.15■■■□□ 2.74
VARS-216ENST00000428445 PEG3Q9GZU2 1588 aa32.11■■■□□ 2.73
VARS-216ENST00000428445 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP31.9■■■□□ 2.7
VARS-216ENST00000428445 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa31.9■■■□□ 2.7
VARS-216ENST00000428445 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa31.84■■■□□ 2.69
VARS-216ENST00000428445 WIZO95785 1651 aa31.79■■■□□ 2.68
VARS-216ENST00000428445 PDS5BQ9NTI5 1447 aa31.75■■■□□ 2.67
VARS-216ENST00000428445 CADPSQ9ULU8 1353 aa31.68■■■□□ 2.66
VARS-216ENST00000428445 MRC2Q9UBG0 1479 aa31.49■■■□□ 2.63
VARS-216ENST00000428445 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.42■■■□□ 2.62
VARS-216ENST00000428445 WDR62O43379 1518 aa31.4■■■□□ 2.62
VARS-216ENST00000428445 CEP164Q9UPV0 1460 aa31.34■■■□□ 2.61
VARS-216ENST00000428445 FANCD2Q9BXW9 1451 aa31.33■■■□□ 2.61
VARS-216ENST00000428445 CFTRP13569 1480 aa31.27■■■□□ 2.6
VARS-216ENST00000428445 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP31.25■■■□□ 2.59
VARS-216ENST00000428445 TRIM41Q8WV44 630 aa31.2■■■□□ 2.59
VARS-216ENST00000428445 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP31.12■■■□□ 2.57
VARS-216ENST00000428445 CCDC88BA6NC98 1476 aa31■■■□□ 2.55
VARS-216ENST00000428445 OSCARQ8IYS5 282 aa30.93■■■□□ 2.54
VARS-216ENST00000428445 PRDM2Q13029 1718 aa30.92■■■□□ 2.54
VARS-216ENST00000428445 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP30.8■■■□□ 2.52
VARS-216ENST00000428445 TOPBP1Q92547 1522 aa30.73■■■□□ 2.51
VARS-216ENST00000428445 IFT140Q96RY7 1462 aa30.7■■■□□ 2.51
VARS-216ENST00000428445 DNMBPQ6XZF7 1577 aa30.57■■■□□ 2.48
VARS-216ENST00000428445 ABCC8Q09428 1581 aa30.54■■■□□ 2.48
VARS-216ENST00000428445 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa30.54■■■□□ 2.48
VARS-216ENST00000428445 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa30.54■■■□□ 2.48
VARS-216ENST00000428445 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa30.54■■■□□ 2.48
VARS-216ENST00000428445 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP30.53■■■□□ 2.48
VARS-216ENST00000428445 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP30.51■■■□□ 2.483e-7■■■■■ 31.4
VARS-216ENST00000428445 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP30.46■■■□□ 2.47
VARS-216ENST00000428445 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP30.41■■■□□ 2.46
VARS-216ENST00000428445 ARHGEF11O15085 1522 aa30.41■■■□□ 2.46
VARS-216ENST00000428445 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa30.4■■■□□ 2.46
VARS-216ENST00000428445 FBLN2P98095 1184 aa30.38■■■□□ 2.45
VARS-216ENST00000428445 CHD1O14646 1710 aa30.37■■■□□ 2.45
VARS-216ENST00000428445 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP30.32■■■□□ 2.44
VARS-216ENST00000428445 CYB5RLQ6IPT4 315 aa30.31■■■□□ 2.44
VARS-216ENST00000428445 SOGA1O94964 1423 aa30.3■■■□□ 2.44
VARS-216ENST00000428445 FGD5Q6ZNL6 1462 aa30.22■■■□□ 2.43
VARS-216ENST00000428445 CUX1P39880 1505 aa30.2■■■□□ 2.42
VARS-216ENST00000428445 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa30.14■■■□□ 2.42
VARS-216ENST00000428445 ARAP1Q96P48 1450 aa30.12■■■□□ 2.41
VARS-216ENST00000428445 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP30.11■■■□□ 2.41
VARS-216ENST00000428445 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP30.06■■■□□ 2.4
VARS-216ENST00000428445 TRHP20396 242 aaPredicted RBP30.01■■■□□ 2.39
VARS-216ENST00000428445 GRIN2BQ13224 1484 aa29.99■■■□□ 2.39
VARS-216ENST00000428445 WDR97A6NE52 1622 aa29.97■■■□□ 2.39
VARS-216ENST00000428445 CLASP1Q7Z460 1538 aa29.96■■■□□ 2.39
VARS-216ENST00000428445 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP29.96■■■□□ 2.39
VARS-216ENST00000428445 SYNJ1O43426 1573 aa29.9■■■□□ 2.38
VARS-216ENST00000428445 GAPVD1Q14C86 1478 aa29.9■■■□□ 2.38
VARS-216ENST00000428445 PBRM1Q86U86 1689 aa29.89■■■□□ 2.38
VARS-216ENST00000428445 SYNJ2O15056 1496 aa29.89■■■□□ 2.38
VARS-216ENST00000428445 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa29.81■■■□□ 2.36
VARS-216ENST00000428445 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa29.78■■■□□ 2.36
VARS-216ENST00000428445 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.68■■■□□ 2.34
VARS-216ENST00000428445 ERCC6L2Q5T890 1561 aa29.62■■■□□ 2.33
VARS-216ENST00000428445 GRIN2AQ12879 1464 aa29.61■■■□□ 2.33
VARS-216ENST00000428445 TOP2BQ02880 1626 aa29.61■■■□□ 2.33
VARS-216ENST00000428445 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa29.61■■■□□ 2.33
VARS-216ENST00000428445 ADAMTS12P58397 1594 aa29.57■■■□□ 2.32
VARS-216ENST00000428445 CEP170Q5SW79 1584 aa29.56■■■□□ 2.32
VARS-216ENST00000428445 NUP160Q12769 1436 aa29.51■■■□□ 2.31
VARS-216ENST00000428445 FHAD1B1AJZ9 1412 aa29.48■■■□□ 2.31
VARS-216ENST00000428445 ERICH3Q5RHP9 1530 aa29.4■■■□□ 2.3
VARS-216ENST00000428445 SHROOM2Q13796 1616 aa29.38■■■□□ 2.29
VARS-216ENST00000428445 JPH4Q96JJ6 628 aa29.3■■■□□ 2.28
VARS-216ENST00000428445 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP29.29■■■□□ 2.28
VARS-216ENST00000428445 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP29.16■■■□□ 2.26
VARS-216ENST00000428445 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.15■■■□□ 2.26
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