RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000416417.5

USP4-204, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP4, Length 1,536 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-204ENST00000416417 NISCHQ9Y2I1 1504 aa28.92■■■□□ 2.22
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USP4-204ENST00000416417 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa24.63■■□□□ 1.53
USP4-204ENST00000416417 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.56■■□□□ 1.52
USP4-204ENST00000416417 NACADO15069 1562 aa24.45■■□□□ 1.5
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USP4-204ENST00000416417 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.25■■□□□ 1.47
USP4-204ENST00000416417 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.11■■□□□ 1.45
USP4-204ENST00000416417 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.06■■□□□ 1.44
USP4-204ENST00000416417 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP23.97■■□□□ 1.43
USP4-204ENST00000416417 BICRAQ9NZM4 1560 aa23.97■■□□□ 1.43
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USP4-204ENST00000416417 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa23.49■■□□□ 1.35
USP4-204ENST00000416417 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa23.41■■□□□ 1.34
USP4-204ENST00000416417 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.36■■□□□ 1.33
USP4-204ENST00000416417 CECR2Q9BXF3 1484 aa23.35■■□□□ 1.33
USP4-204ENST00000416417 NCAPD3P42695 1498 aa22.6■■□□□ 1.21
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USP4-204ENST00000416417 SMARCA2P51531 1590 aa22.46■■□□□ 1.19
USP4-204ENST00000416417 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.42■■□□□ 1.18
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USP4-204ENST00000416417 MROH2BQ7Z745 1585 aa22.35■■□□□ 1.17
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USP4-204ENST00000416417 CADPSQ9ULU8 1353 aa21.94■■□□□ 1.1
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USP4-204ENST00000416417 MRC2Q9UBG0 1479 aa21.79■■□□□ 1.08
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USP4-204ENST00000416417 CEP164Q9UPV0 1460 aa21.72■■□□□ 1.07
USP4-204ENST00000416417 WDR62O43379 1518 aa21.71■■□□□ 1.07
USP4-204ENST00000416417 CFTRP13569 1480 aa21.69■■□□□ 1.06
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USP4-204ENST00000416417 PRDM2Q13029 1718 aa21.41■■□□□ 1.02
USP4-204ENST00000416417 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.31■■□□□ 1
USP4-204ENST00000416417 TOPBP1Q92547 1522 aa21.31■■□□□ 1
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USP4-204ENST00000416417 ARHGEF11O15085 1522 aa20.96■□□□□ 0.95
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USP4-204ENST00000416417 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa20.67■□□□□ 0.9
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USP4-204ENST00000416417 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa20.6■□□□□ 0.89
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USP4-204ENST00000416417 FHAD1B1AJZ9 1412 aa20.46■□□□□ 0.87
USP4-204ENST00000416417 NUP160Q12769 1436 aa20.44■□□□□ 0.86
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USP4-204ENST00000416417 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.29■□□□□ 0.84
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USP4-204ENST00000416417 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa20.23■□□□□ 0.83
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