RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000344548.7

CDC42-202, Transcript of cell division cycle 42, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CDC42, Length 2,256 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC42-202ENST00000344548 NISCHQ9Y2I1 1504 aa30.56■■■□□ 2.48
CDC42-202ENST00000344548 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.44■■□□□ 1.82
CDC42-202ENST00000344548 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.69■■□□□ 1.7
CDC42-202ENST00000344548 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.4■■□□□ 1.66
CDC42-202ENST00000344548 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.25■■□□□ 1.63
CDC42-202ENST00000344548 ABCC9O60706 1549 aa25.17■■□□□ 1.62
CDC42-202ENST00000344548 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.14■■□□□ 1.61
CDC42-202ENST00000344548 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.76■■□□□ 1.55
CDC42-202ENST00000344548 NACADO15069 1562 aa24.64■■□□□ 1.53
CDC42-202ENST00000344548 SCRIBQ14160 1630 aa24.54■■□□□ 1.52
CDC42-202ENST00000344548 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa24.41■■□□□ 1.5
CDC42-202ENST00000344548 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP24.32■■□□□ 1.48
CDC42-202ENST00000344548 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.05■■□□□ 1.44
CDC42-202ENST00000344548 CECR2Q9BXF3 1484 aa23.89■■□□□ 1.41
CDC42-202ENST00000344548 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP23.85■■□□□ 1.41
CDC42-202ENST00000344548 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.83■■□□□ 1.41
CDC42-202ENST00000344548 BICRAQ9NZM4 1560 aa23.83■■□□□ 1.4
CDC42-202ENST00000344548 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.71■■□□□ 1.39
CDC42-202ENST00000344548 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.53■■□□□ 1.36
CDC42-202ENST00000344548 WIZO95785 1651 aa23.52■■□□□ 1.36
CDC42-202ENST00000344548 SMARCA4P51532 1647 aa23.46■■□□□ 1.35
CDC42-202ENST00000344548 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.29■■□□□ 1.32
CDC42-202ENST00000344548 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.15■■□□□ 1.3
CDC42-202ENST00000344548 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.11■■□□□ 1.29
CDC42-202ENST00000344548 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.08■■□□□ 1.29
CDC42-202ENST00000344548 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.05■■□□□ 1.28
CDC42-202ENST00000344548 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.02■■□□□ 1.28
CDC42-202ENST00000344548 SMARCA2P51531 1590 aa23.01■■□□□ 1.27
CDC42-202ENST00000344548 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.92■■□□□ 1.26
CDC42-202ENST00000344548 NCAPD3P42695 1498 aa22.81■■□□□ 1.24
CDC42-202ENST00000344548 TRIM41Q8WV44 630 aa22.74■■□□□ 1.23
CDC42-202ENST00000344548 HMGXB3Q12766 1538 aa22.73■■□□□ 1.23
CDC42-202ENST00000344548 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa22.7■■□□□ 1.22
CDC42-202ENST00000344548 ABCC8Q09428 1581 aa22.64■■□□□ 1.21
CDC42-202ENST00000344548 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.53■■□□□ 1.2
CDC42-202ENST00000344548 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP22.49■■□□□ 1.19
CDC42-202ENST00000344548 DNAJC5BQ9UF47 199 aa22.41■■□□□ 1.18
CDC42-202ENST00000344548 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.37■■□□□ 1.17
CDC42-202ENST00000344548 CFTRP13569 1480 aa22.36■■□□□ 1.17
CDC42-202ENST00000344548 SYNJ1O43426 1573 aa22.33■■□□□ 1.17
CDC42-202ENST00000344548 EHMT2Q96KQ7 1210 aa22.27■■□□□ 1.16
CDC42-202ENST00000344548 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.27■■□□□ 1.16
CDC42-202ENST00000344548 SOGA1O94964 1423 aa22.25■■□□□ 1.15
CDC42-202ENST00000344548 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.21■■□□□ 1.15
CDC42-202ENST00000344548 NESP48681 1621 aa22.18■■□□□ 1.14
CDC42-202ENST00000344548 TOP2BQ02880 1626 aa22.14■■□□□ 1.13
CDC42-202ENST00000344548 CUX1P39880 1505 aa22.13■■□□□ 1.13
CDC42-202ENST00000344548 PRDM2Q13029 1718 aa22.13■■□□□ 1.13
CDC42-202ENST00000344548 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.09■■□□□ 1.13
CDC42-202ENST00000344548 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.03■■□□□ 1.12
CDC42-202ENST00000344548 CSRNP3Q8WYN3 585 aa22.01■■□□□ 1.11
CDC42-202ENST00000344548 EEA1Q15075 1411 aa21.96■■□□□ 1.11
CDC42-202ENST00000344548 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa21.96■■□□□ 1.11
CDC42-202ENST00000344548 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.85■■□□□ 1.09
CDC42-202ENST00000344548 CEP164Q9UPV0 1460 aa21.84■■□□□ 1.09
CDC42-202ENST00000344548 PDS5BQ9NTI5 1447 aa21.81■■□□□ 1.08
CDC42-202ENST00000344548 TOPBP1Q92547 1522 aa21.81■■□□□ 1.08
CDC42-202ENST00000344548 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa21.8■■□□□ 1.08
CDC42-202ENST00000344548 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP21.8■■□□□ 1.08
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CDC42-202ENST00000344548 GOLGA3Q08378 1498 aa21.76■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa21.76■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 KIF27Q86VH2 1401 aa21.75■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.74■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 KIF21BO75037 1637 aa21.74■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 TNIKQ9UKE5 1360 aa21.74■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 CUX2O14529 1486 aa21.74■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.74■■□□□ 1.07
CDC42-202ENST00000344548 CEP162Q5TB80 1403 aa21.69■■□□□ 1.06
CDC42-202ENST00000344548 PRXQ9BXM0 1461 aa21.68■■□□□ 1.06
CDC42-202ENST00000344548 IGF1RP08069 1367 aa21.64■■□□□ 1.05
CDC42-202ENST00000344548 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa21.6■■□□□ 1.05
CDC42-202ENST00000344548 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.56■■□□□ 1.04
CDC42-202ENST00000344548 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP21.55■■□□□ 1.04
CDC42-202ENST00000344548 MRC2Q9UBG0 1479 aa21.54■■□□□ 1.04
CDC42-202ENST00000344548 PCGF6Q9BYE7 350 aa21.54■■□□□ 1.04
CDC42-202ENST00000344548 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.53■■□□□ 1.04
CDC42-202ENST00000344548 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP21.52■■□□□ 1.04
CDC42-202ENST00000344548 WDR97A6NE52 1622 aa21.52■■□□□ 1.03
CDC42-202ENST00000344548 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa21.5■■□□□ 1.03
CDC42-202ENST00000344548 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.47■■□□□ 1.03
CDC42-202ENST00000344548 CLIP1P30622 1438 aa21.47■■□□□ 1.03
CDC42-202ENST00000344548 ERCC6Q03468 1493 aa21.46■■□□□ 1.03
CDC42-202ENST00000344548 WDR62O43379 1518 aa21.43■■□□□ 1.02
CDC42-202ENST00000344548 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa21.42■■□□□ 1.02
CDC42-202ENST00000344548 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.4■■□□□ 1.02
CDC42-202ENST00000344548 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
CDC42-202ENST00000344548 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
CDC42-202ENST00000344548 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.36■■□□□ 1.011e-6■■■■□ 23.9
CDC42-202ENST00000344548 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.34■■□□□ 1.01
CDC42-202ENST00000344548 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP21.31■■□□□ 1
CDC42-202ENST00000344548 CUL7Q14999 1698 aa21.3■■□□□ 1
CDC42-202ENST00000344548 ARAP1Q96P48 1450 aa21.29■■□□□ 1
CDC42-202ENST00000344548 IFT140Q96RY7 1462 aa21.28■■□□□ 1
CDC42-202ENST00000344548 VPS8Q8N3P4 1428 aa21.28■■□□□ 1
CDC42-202ENST00000344548 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa21.26■□□□□ 0.99
CDC42-202ENST00000344548 PBRM1Q86U86 1689 aa21.23■□□□□ 0.99
CDC42-202ENST00000344548 GRIN2BQ13224 1484 aa21.18■□□□□ 0.98
CDC42-202ENST00000344548 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.16■□□□□ 0.98
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