RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000216456.6

VTI1B-201, Transcript of vesicle transport through interaction with t-SNAREs 1B, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene VTI1B, Length 1,103 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VTI1B-201ENST00000216456 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.14■■■■■ 6.42
VTI1B-201ENST00000216456 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.21■■■■■ 5.47
VTI1B-201ENST00000216456 ABCC9O60706 1549 aa49.2■■■■■ 5.47
VTI1B-201ENST00000216456 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa46.75■■■■■ 5.07
VTI1B-201ENST00000216456 DCAF8L2P0C7V8 631 aa46.58■■■■■ 5.05
VTI1B-201ENST00000216456 NACADO15069 1562 aa46.49■■■■■ 5.03
VTI1B-201ENST00000216456 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.02■■■■■ 4.96
VTI1B-201ENST00000216456 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.93■■■■■ 4.94
VTI1B-201ENST00000216456 MYO15BQ96JP2 1530 aa45.87■■■■■ 4.93
VTI1B-201ENST00000216456 UNC13AQ9UPW8 1703 aa45.79■■■■■ 4.92
VTI1B-201ENST00000216456 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP45.76■■■■■ 4.92
VTI1B-201ENST00000216456 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.52■■■■■ 4.88
VTI1B-201ENST00000216456 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.43■■■■■ 4.86
VTI1B-201ENST00000216456 SCRIBQ14160 1630 aa45.08■■■■■ 4.81
VTI1B-201ENST00000216456 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa44.67■■■■■ 4.74
VTI1B-201ENST00000216456 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.38■■■■■ 4.69
VTI1B-201ENST00000216456 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.34■■■■■ 4.69
VTI1B-201ENST00000216456 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.21■■■■■ 4.67
VTI1B-201ENST00000216456 NCAPD3P42695 1498 aa42.97■■■■■ 4.47
VTI1B-201ENST00000216456 SMARCA4P51532 1647 aa42.95■■■■■ 4.47
VTI1B-201ENST00000216456 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa42.94■■■■■ 4.47
VTI1B-201ENST00000216456 SMARCA2P51531 1590 aa42.73■■■■■ 4.43
VTI1B-201ENST00000216456 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP42.72■■■■■ 4.43
VTI1B-201ENST00000216456 HMGXB3Q12766 1538 aa42.64■■■■■ 4.42
VTI1B-201ENST00000216456 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.59■■■■■ 4.41
VTI1B-201ENST00000216456 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.52■■■■■ 4.4
VTI1B-201ENST00000216456 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.45■■■■■ 4.39
VTI1B-201ENST00000216456 NESP48681 1621 aa42.38■■■■■ 4.38
VTI1B-201ENST00000216456 ERCC6Q03468 1493 aa42.36■■■■■ 4.37
VTI1B-201ENST00000216456 CUX2O14529 1486 aa42.1■■■■■ 4.33
VTI1B-201ENST00000216456 WIZO95785 1651 aa42.08■■■■■ 4.33
VTI1B-201ENST00000216456 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa41.91■■■■■ 4.3
VTI1B-201ENST00000216456 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.86■■■■■ 4.29
VTI1B-201ENST00000216456 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP41.78■■■■■ 4.28
VTI1B-201ENST00000216456 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.77■■■■■ 4.28
VTI1B-201ENST00000216456 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa41.74■■■■■ 4.27
VTI1B-201ENST00000216456 CADPSQ9ULU8 1353 aa41.72■■■■■ 4.27
VTI1B-201ENST00000216456 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.68■■■■■ 4.26
VTI1B-201ENST00000216456 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.47■■■■■ 4.23
VTI1B-201ENST00000216456 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.35■■■■■ 4.21
VTI1B-201ENST00000216456 CFTRP13569 1480 aa41.29■■■■■ 4.2
VTI1B-201ENST00000216456 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.27■■■■■ 4.2
VTI1B-201ENST00000216456 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.24■■■■■ 4.19
VTI1B-201ENST00000216456 WDR62O43379 1518 aa41.23■■■■■ 4.19
VTI1B-201ENST00000216456 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.09■■■■■ 4.17
VTI1B-201ENST00000216456 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP40.96■■■■■ 4.15
VTI1B-201ENST00000216456 PRDM2Q13029 1718 aa40.78■■■■■ 4.12
VTI1B-201ENST00000216456 TOPBP1Q92547 1522 aa40.52■■■■■ 4.08
VTI1B-201ENST00000216456 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.46■■■■■ 4.07
VTI1B-201ENST00000216456 IFT140Q96RY7 1462 aa40.39■■■■■ 4.06
VTI1B-201ENST00000216456 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.35■■■■■ 4.05
VTI1B-201ENST00000216456 OSCARQ8IYS5 282 aa40.29■■■■■ 4.04
VTI1B-201ENST00000216456 ABCC8Q09428 1581 aa40.28■■■■■ 4.04
VTI1B-201ENST00000216456 TRIM41Q8WV44 630 aa40.27■■■■■ 4.04
VTI1B-201ENST00000216456 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.26■■■■■ 4.04
VTI1B-201ENST00000216456 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.14■■■■■ 4.02
VTI1B-201ENST00000216456 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.13■■■■■ 4.02
VTI1B-201ENST00000216456 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.13■■■■■ 4.01
VTI1B-201ENST00000216456 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.11■■■■■ 4.01
VTI1B-201ENST00000216456 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.07■■■■■ 4.01
VTI1B-201ENST00000216456 CUX1P39880 1505 aa39.97■■■■□ 3.99
VTI1B-201ENST00000216456 SOGA1O94964 1423 aa39.95■■■■□ 3.99
VTI1B-201ENST00000216456 FGD5Q6ZNL6 1462 aa39.94■■■■□ 3.98
VTI1B-201ENST00000216456 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP39.92■■■■□ 3.98
VTI1B-201ENST00000216456 FBLN2P98095 1184 aa39.79■■■■□ 3.96
VTI1B-201ENST00000216456 CHD1O14646 1710 aa39.79■■■■□ 3.96
VTI1B-201ENST00000216456 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.78■■■■□ 3.96
VTI1B-201ENST00000216456 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.78■■■■□ 3.96
VTI1B-201ENST00000216456 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.78■■■■□ 3.96
VTI1B-201ENST00000216456 ARHGEF11O15085 1522 aa39.68■■■■□ 3.94
VTI1B-201ENST00000216456 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa39.67■■■■□ 3.94
VTI1B-201ENST00000216456 WDR97A6NE52 1622 aa39.57■■■■□ 3.92
VTI1B-201ENST00000216456 GRIN2BQ13224 1484 aa39.52■■■■□ 3.92
VTI1B-201ENST00000216456 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP39.46■■■■□ 3.91
VTI1B-201ENST00000216456 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.45■■■■□ 3.91
VTI1B-201ENST00000216456 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.45■■■■□ 3.91
VTI1B-201ENST00000216456 CYB5RLQ6IPT4 315 aa39.44■■■■□ 3.9
VTI1B-201ENST00000216456 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.44■■■■□ 3.9
VTI1B-201ENST00000216456 PBRM1Q86U86 1689 aa39.38■■■■□ 3.9
VTI1B-201ENST00000216456 SYNJ1O43426 1573 aa39.38■■■■□ 3.9
VTI1B-201ENST00000216456 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.37■■■■□ 3.89
VTI1B-201ENST00000216456 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.36■■■■□ 3.89
VTI1B-201ENST00000216456 SYNJ2O15056 1496 aa39.36■■■■□ 3.89
VTI1B-201ENST00000216456 ARAP1Q96P48 1450 aa39.36■■■■□ 3.89
VTI1B-201ENST00000216456 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.34■■■■□ 3.89
VTI1B-201ENST00000216456 TOP2BQ02880 1626 aa39.32■■■■□ 3.88
VTI1B-201ENST00000216456 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.3■■■■□ 3.88
VTI1B-201ENST00000216456 ADAMTS12P58397 1594 aa39.06■■■■□ 3.84
VTI1B-201ENST00000216456 GRIN2AQ12879 1464 aa39.04■■■■□ 3.84
VTI1B-201ENST00000216456 CEP170Q5SW79 1584 aa38.94■■■■□ 3.82
VTI1B-201ENST00000216456 FHAD1B1AJZ9 1412 aa38.93■■■■□ 3.82
VTI1B-201ENST00000216456 ERICH3Q5RHP9 1530 aa38.9■■■■□ 3.82
VTI1B-201ENST00000216456 NUP160Q12769 1436 aa38.89■■■■□ 3.82
VTI1B-201ENST00000216456 TRHP20396 242 aaPredicted RBP38.89■■■■□ 3.82
VTI1B-201ENST00000216456 ERCC6L2Q5T890 1561 aa38.89■■■■□ 3.82
VTI1B-201ENST00000216456 SHROOM2Q13796 1616 aa38.66■■■■□ 3.78
VTI1B-201ENST00000216456 IGF1RP08069 1367 aa38.59■■■■□ 3.77
VTI1B-201ENST00000216456 KIF27Q86VH2 1401 aa38.55■■■■□ 3.76
VTI1B-201ENST00000216456 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP38.54■■■■□ 3.76
VTI1B-201ENST00000216456 JPH4Q96JJ6 628 aa38.53■■■■□ 3.76
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.7 ms