RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	UGA4	P32837	571 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	SHU2	P38957	223 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	FAA3	P39002	694 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	FAR11	P53917	953 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YMR074C	Q04773	145 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	RSM26	P47141	266 aa		4.74	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	KIP3	P53086	805 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	ARI1	P53111	347 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	UTP22	P53254	1237 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	ULP1	Q02724	621 aa		4.74	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YJR107W	P47145	328 aa		4.73	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	GCV1	P48015	400 aa		4.73	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YGR122W	P53272	402 aa		4.73	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	HXK1	P04806	485 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-LR4	P0C2I8	440 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-DR6	P0CX70	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-ER1	P0CX71	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-LR2	P0CX72	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-PL	P0CX73	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-JR1	P0CX74	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-LR3	P0CX75	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-ML2	P0CX76	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	SQT1	P35184	431 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YKL077W	P36081	392 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	MEC3	Q02574	474 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	NOG1	Q02892	647 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YPL109C	Q02981	657 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YPL034W	Q03083	165 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YOR223W	Q12015	292 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-GR1	Q12085	440 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	REC8	Q12188	680 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	YLL054C	Q12244	843 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-PR3	Q6Q5H1	440 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	TY1A-OL	Q92392	440 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
CSE4	YKL049C	MCM2	P29469	868 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	EXO5	P38289	585 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	NCE103	P53615	221 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	PEX13	P80667	386 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	ADI1	Q03677	179 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	SBP1	P10080	294 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	MSH3	P25336	1018 aa		4.7	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	SEC8	P32855	1065 aa		4.7	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	AKR1	P39010	764 aa		4.7	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	RPS26A	P39938	119 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	RPS26B	P39939	119 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	FYV10	P40492	516 aa		4.7	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	RAD2	P07276	1031 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	CYC8	P14922	966 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	COQ2	P32378	372 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	PGM1	P33401	570 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	ARL1	P38116	183 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	REI1	P38344	393 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	PEX28	P38848	579 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	MRPS18	P42847	217 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	DOT1	Q04089	582 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	ALG6	Q12001	544 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	MCD1	Q12158	566 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	SAF1	P38352	637 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	NEM1	P38757	446 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	MTR4	P47047	1073 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	OYE2	Q03558	400 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	SPR28	Q04921	423 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	PRE9	P23638	258 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	NAM7	P30771	971 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	GPT2	P36148	743 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	PIC2	P40035	300 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	SLS1	P42900	643 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	SEC23	P15303	768 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	VMA4	P22203	233 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	YGL140C	P53120	1219 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	ESF1	Q06344	628 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	GIC2	Q06648	383 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	PUF3	Q07807	879 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.66	□□□□□ -1.66	not detected
CSE4	YKL049C	AVO1	Q08236	1176 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSE4	YKL049C	SCP160	P06105	1222 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.65	□□□□□ -1.67	not detected
CSE4	YKL049C	PEP7	P32609	515 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	KAE1	P36132	386 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	XKS1	P42826	600 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	SPO74	P45819	413 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	ELA1	P53861	379 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	UTP5	Q04177	643 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	YLR122C	Q12312	125 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	CHS2	P14180	963 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	RDH54	P38086	958 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	ATG14	P38270	344 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	YGR045C	P53229	120 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	RMD1	Q03441	430 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	TAF13	P11747	167 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	YAR028W	P39548	234 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	MSH4	P40965	878 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	HEM13	P11353	328 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	NFS1	P25374	497 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	SMY2	P32909	740 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	NNK1	P36003	928 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	MMM1	P41800	426 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	YNR063W	P53749	607 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	HDA2	Q06629	674 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	LAP2	Q10740	671 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	MSB1	P21339	1137 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	ADD66	P36040	267 aa		4.61	□□□□□ -1.67

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