RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	CBX1	P83916	185 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF771	Q7L3S4	317 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SPC24	Q8NBT2	197 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	MBD3	O95983	291 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SMC5	Q8IY18	1101 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	GNAI1	P63096	354 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	NUCB1	Q02818	461 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	C14orf37	Q86TY3	774 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	FBLN1	P23142	703 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF830	Q96NB3	372 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		13.44	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	OFD1	O75665	1012 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	FGD1	P98174	961 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	MTERF4	Q7Z6M4	381 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	FIBP	O43427	364 aa		13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	UPF3B	Q9BZI7	483 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	WDR62	O43379	1518 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SNX21	Q969T3	373 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	A2M	P01023	1474 aa		13.42	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	GOLGA6L6	A8MZA4	724 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	STK31	Q9BXU1	1019 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	FAM177B	A6PVY3	158 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	CHAMP1	Q96JM3	812 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	RBSN	Q9H1K0	784 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	PIK3C2G	O75747	1445 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SAMD9	Q5K651	1589 aa		13.41	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	USP25	Q9UHP3	1055 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	DCTN1	Q14203	1278 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SYNJ2	O15056	1496 aa		13.4	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	CD2BP2	O95400	341 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	SASS6	Q6UVJ0	657 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	ERC2	O15083	957 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	MBD5	Q9P267	1494 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	IFT57	Q9NWB7	429 aa		13.39	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	ZKSCAN5	Q9Y2L8	839 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	TSC1	Q92574	1164 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	MLEC	Q14165	292 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		13.37	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	PKP1	Q13835	747 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	INSR	P06213	1382 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	IGSF3	O75054	1194 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	CABP1	Q9NZU7	370 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	TTC12	Q9H892	705 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	KIF3A	Q9Y496	699 aa		13.36	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		13.35	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	NPHP1	O15259	732 aa		13.35	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		13.35	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	PRAM1	Q96QH2	718 aa		13.35	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		13.35	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	DYNC1I1	O14576	645 aa		13.34	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	LRSAM1	Q6UWE0	723 aa		13.34	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	TSPYL6	Q8N831	410 aa		13.34	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	FBXW7	Q969H0	707 aa		13.34	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		13.34	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	SLC4A2	P04920	1241 aa		13.34	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	13.34	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	COG3	Q96JB2	828 aa		13.33	□□□□□ -0.27
CLN3-244	ENST00000636147	SDS	P20132	328 aa		13.33	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	13.33	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		13.33	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		13.33	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	C17orf53	Q8N3J3	647 aa	Predicted RBP	13.33	□□□□□ -0.28
CLN3-244	ENST00000636147	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	13.33	□□□□□ -0.28

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