RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000620466.4

ALMS1-208, Transcript of ALMS1, centrosome and basal body associated protein, human

TSL 2

Gene ALMS1, Length 6,720 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ALMS1-208	ENST00000620466	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	KIAA0556	O60303	1618 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TPM3	P06753	285 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TPM2	P07951	284 aa		10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF3A	Q9Y496	699 aa		10.11	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		10.11	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	ADAMTS12	P58397	1594 aa		10.11	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		10.11	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	MCM4	P33991	863 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	GRPEL1	Q9HAV7	217 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		10.1	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	IGHD	P01880	384 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC173	Q0VFZ6	552 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	ERC2	O15083	957 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	NEK4	P51957	841 aa		10.09	□□□□□ -0.79
ALMS1-208	ENST00000620466	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	SLC4A2	P04920	1241 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	CNTROB	Q8N137	903 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	KLHL34	Q8N239	644 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	RNF214	Q8ND24	703 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	GNAI3	P08754	354 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	FCHSD2	O94868	740 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	GNAI2	P04899	355 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	RNF20	Q5VTR2	975 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		10.08	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	BECN2	A8MW95	431 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	VPS37D	Q86XT2	251 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	PZP	P20742	1482 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	KRI1	Q8N9T8	703 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	BICD2	Q8TD16	824 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	TSPY26P	Q9H489	355 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	ADGRL1	O94910	1474 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	NFE2L2	Q16236	605 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	TSR1	Q2NL82	804 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	PSME1	Q06323	249 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC27	Q2M243	656 aa		10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	NOS1	P29475	1434 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	ATP10B	O94823	1461 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	TRIM29	Q14134	588 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	ZNF592	Q92610	1267 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	FOSB	P53539	338 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	PBRM1	Q86U86	1689 aa		10.06	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	MCM2	P49736	904 aa		10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	NUP160	Q12769	1436 aa		10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	SAMD9	Q5K651	1589 aa		10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	RAPGEF3	O95398	923 aa		10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	MBD3	O95983	291 aa		10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
ALMS1-208	ENST00000620466	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8

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