RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	OR1G1	P47890	313 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC11A1	P49279	550 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ALDH7A1	P49419	539 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	GATM	P50440	423 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	EPHB4	P54760	987 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ETF1	P62495	437 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	GPC5	P78333	572 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	DEFB103A	P81534	67 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	PLCB3	Q01970	1234 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	PTPN14	Q15678	1187 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TAF3	Q5VWG9	929 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF168	Q8IYW5	571 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	MCOLN2	Q8IZK6	566 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	THEM5	Q8N1Q8	247 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKRD52	Q8NB46	1076 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	MARCH5	Q9NX47	278 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	GTF3C4	Q9UKN8	822 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	PDCD11	Q14690	1871 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TBC1D4	O60343	1298 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	UPP2	O95045	317 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	BRD2	P25440	801 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	GABRB2	P47870	512 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	GSC	P56915	257 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	BCAR1	P56945	870 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PTP4A2	Q12974	167 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	MAPRE1	Q15691	268 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	IFI16	Q16666	785 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	OVOS1	Q6IE37	1185 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	MON1B	Q7L1V2	547 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	ACOT1	Q86TX2	421 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	RHOT2	Q8IXI1	618 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	C17orf53	Q8N3J3	647 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	DEFB123	Q8N688	67 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	B3GALNT2	Q8NCR0	500 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	MYCBPAP	Q8TBZ2	947 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC35F5	Q8WV83	523 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CTNNBL1	Q8WYA6	563 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC9A7	Q96T83	725 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PKMYT1	Q99640	499 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	RTP3	Q9BQQ7	232 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	13.52	□□□□□ -0.25	4e-8	■■□□□ 13.9
TRAF4-208	ENST00000469529	MIS12	Q9H081	205 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PDCL3	Q9H2J4	239 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	TAS2R14	Q9NYV8	317 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PUF60	Q9UHX1	559 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	INSL6	Q9Y581	213 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CEP83	Q9Y592	693 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	NCAN	O14594	1321 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	KIF5C	O60282	957 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	MICAL2	O94851	1124 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	ABL1	P00519	1130 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CALB1	P05937	261 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CFH	P08603	1231 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PDGFRB	P09619	1106 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	LAG3	P18627	525 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SNX16	P57768	344 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SMARCB1	Q12824	385 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP1R26	Q5T8A7	1209 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PLEKHA7	Q6IQ23	1121 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNT2	Q6UVM3	1135 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529		Q7L0L9	218 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM110	Q86TL2	294 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	GPIHBP1	Q8IV16	184 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	RFFL	Q8WZ73	363 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CLP1	Q92989	425 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	IGSF21	Q96ID5	467 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	HSFY1	Q96LI6	401 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	NOX5	Q96PH1	765 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	RAD9A	Q99638	391 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC4A5	Q9BY07	1137 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PACSIN1	Q9BY11	444 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CHST7	Q9NS84	486 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	WDR35	Q9P2L0	1181 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	UVRAG	Q9P2Y5	699 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	LCMT1	Q9UIC8	334 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDHGC5	Q9Y5F6	944 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	DUSP10	Q9Y6W6	482 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	SCN1A	P35498	2009 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIP11	Q15643	1979 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0U1RQJ8	604 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	OR6C75	A6NL08	312 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	CALCA	P01258	141 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	IBSP	P21815	317 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	YWHAH	Q04917	246 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	BTG3	Q14201	252 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF268	Q14587	947 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	INTS6L	Q5JSJ4	861 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	KIAA0319	Q5VV43	1072 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	NAA35	Q5VZE5	725 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TRAF4-208	ENST00000469529	DENND1B	Q6P3S1	775 aa		13.5	□□□□□ -0.25

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