RNA–Protein interactions for RNA: YKR001C

VPS1, Transcript of Dynamin-like GTPase required for vacuolar sorting, yeast

Gene VPS1, Length 2,115 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VPS1	YKR001C	FSH1	P38777	243 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	ELO1	P39540	310 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YIL152W	P40455	235 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YNR040W	P53736	256 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	HHT1	P61830	136 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	ERF2	Q06551	359 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	CSI2	Q08054	341 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	THP1	Q08231	455 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	NUS1	Q12063	375 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	LAS17	Q12446	633 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YBR056W-A	I2HB52	66 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	ERD1	P16151	362 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	SFC1	P33303	322 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	SFK1	P35735	353 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YKR041W	P36134	250 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YIL012W	P40551	113 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	SGN1	P40561	250 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.85	□□□□□ -1.63	not detected
VPS1	YKR001C	MCM22	P47167	239 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	CPR8	P53728	308 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YMR099C	Q03161	297 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	HPT1	Q04178	221 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	LIP2	Q06005	328 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YLR030W	Q07967	263 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	ENV7	Q12003	364 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	SIA1	Q12212	622 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YJR112W-A	Q3E743	109 aa		4.85	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YLR302C	O13544	120 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	BI2	P03873	423 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	HOM6	P31116	359 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	GPX2	P38143	162 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YGP1	P38616	354 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	RPL14B	P38754	138 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	RPL13B	P40212	199 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	LYS12	P40495	371 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YGR283C	P53336	341 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	ERG13	P54839	491 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	IRC15	Q02733	499 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	RSM10	Q03201	203 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YPL245W	Q12179	454 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	COX17	Q12287	69 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	VMA9	Q3E7B6	73 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YNR034W-A	Q3E841	98 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	MED11	Q99278	115 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	Q0142	Q9ZZW4	58 aa		4.84	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	TPK3	P05986	398 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	GDH1	P07262	454 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	SLY41	P22215	453 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	CUE1	P38428	203 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	FAA2	P39518	744 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YFR020W	P43600	232 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	XPT1	P47165	209 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	HXT16	P47185	567 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MMS2	P53152	137 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YGR015C	P53208	328 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YMR178W	Q03219	274 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MAK3	Q03503	176 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	RAV2	Q03956	351 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	GRH1	Q04410	372 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	SCW10	Q04951	389 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YPR114W	Q06107	315 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YOL131W	Q08270	108 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YOR059C	Q08448	450 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	WTM2	Q12206	467 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YLR126C	Q12288	251 aa		4.84	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	OAC1	P32332	324 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YBR090C	P38253	122 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YHL049C	P38722	271 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	IPT1	P38954	527 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	PEX7	P39108	375 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YMR144W	P40214	342 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YJR015W	P47090	510 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MUP1	P50276	574 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	ERG25	P53045	309 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	SAY1	P53324	424 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MRPS16	Q02608	121 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	HNT1	Q04344	158 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	TDA6	Q06466	467 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YOL073C	Q08232	322 aa		4.83	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	PEP4	P07267	405 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	UBI4	P0CG63	381 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MGT1	P26188	188 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	CMC1	P36064	111 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	TRS20	P38334	175 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	POP1	P41812	875 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YDL186W	P48568	277 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MTL1	P53214	551 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	CYT2	Q00873	224 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YMR034C	Q05131	434 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MCP1	Q12106	302 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YLR118C	Q12354	227 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	MSW1	P04803	379 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	TFA2	P36145	328 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	GET2	P40056	285 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	SYS1	P41544	203 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	RPS10B	P46784	105 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YGR149W	P48236	432 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	UBC11	P52492	156 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YNR048W	P53740	393 aa		4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	RPS10A	Q08745	105 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
VPS1	YKR001C	YLR415C	O13578	112 aa		4.81	□□□□□ -1.64

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 29.2 ms