RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	SIP3	P38717	1229 aa		-0.24	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	FLX1	P40464	311 aa		-0.24	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	ARO8	P53090	500 aa	Known RBP	-0.24	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	YNR077C	P53758	84 aa		-0.24	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	SNZ2	P53824	298 aa		-0.24	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	YNL046W	P53956	172 aa		-0.24	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	RCE1	Q03530	315 aa		-0.24	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	YBR063C	P38083	404 aa		-0.25	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	GOS1	P38736	223 aa		-0.25	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	ALG11	P53954	548 aa	Known RBP	-0.25	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	OST6	Q03723	332 aa		-0.25	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	FMP16	Q12497	93 aa		-0.25	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	SGE1	P33335	543 aa		-0.26	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	YET1	P35723	206 aa		-0.26	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	YHL042W	P38729	150 aa		-0.26	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	KNH1	P50112	268 aa		-0.26	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	TRM12	Q04235	462 aa		-0.26	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	MRPL40	P36534	297 aa		-0.27	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	YPR098C	Q06089	161 aa		-0.27	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	PSF1	Q12488	208 aa		-0.27	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	SMB1	P40018	196 aa	Known RBP	-0.28	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	GAS3	Q03655	524 aa		-0.28	□□□□□ -2.45
VAR1	Q0140	MRPS28	P21771	286 aa		-0.29	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	BLI1	P35727	113 aa		-0.29	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	YBR209W	P38311	105 aa		-0.29	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	CWC27	Q02770	301 aa		-0.29	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	YBR096W	P38256	230 aa		-0.3	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	PRS2	P38620	318 aa	Known RBP	-0.3	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	CAT5	P41735	233 aa		-0.3	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	SSQ1	Q05931	657 aa	Predicted RBP	-0.3	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	STP22	P25604	385 aa		-0.31	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	UGX2	P32772	223 aa		-0.31	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	PEX17	P40155	199 aa		-0.31	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	YOR029W	Q12243	111 aa		-0.31	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	MDY2	Q12285	212 aa		-0.31	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	ERD2	P18414	219 aa		-0.32	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	HOM6	P31116	359 aa	Known RBP	-0.32	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	ILM1	P47155	203 aa		-0.32	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	KAP114	P53067	1004 aa		-0.32	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	REX3	Q12090	404 aa		-0.32	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	SSK22	P25390	1331 aa	Predicted RBP	-0.33	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	TPM1	P17536	199 aa	Known RBP	-0.33	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	RPS5	P26783	225 aa	Known RBP	-0.33	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	OPY1	P38271	328 aa		-0.33	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	UMP1	P38293	148 aa		-0.33	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	YEA4	P40004	342 aa		-0.34	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	ABF2	Q02486	183 aa		-0.34	□□□□□ -2.46
VAR1	Q0140	YNL247W	P53852	767 aa	Known RBP	-0.35	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	DIG2	Q03373	323 aa	Known RBP	-0.35	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YML096W	Q04489	525 aa		-0.35	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	REP2	P03872	296 aa		-0.36	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YNL010W	P53981	241 aa	Known RBP	-0.36	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YHR007C-A	Q07074	71 aa		-0.37	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YPL229W	Q99395	206 aa		-0.37	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	TUS1	Q06412	1307 aa		-0.38	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YPR170W-B	P0C5R9	85 aa		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	MRP1	P10662	321 aa	Known RBP	-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	SNC2	P33328	115 aa		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YHR127W	P38833	243 aa	Known RBP	-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	GLG2	P47011	380 aa		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	USE1	P53146	245 aa		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	RHO3	Q00245	231 aa	Known RBP	-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YDR209C	Q03480	137 aa		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	SEI1	Q06058	285 aa		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	FSF1	Q12029	327 aa	Known RBP	-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	FMP49	A0A023PZB3	126 aa		-0.4	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	SED1	Q01589	338 aa		-0.4	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	YLR413W	Q06689	675 aa		-0.4	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	ATG40	Q99325	256 aa		-0.4	□□□□□ -2.47
VAR1	Q0140	COX2	P00410	251 aa		-0.41	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	SIR2	P06700	562 aa		-0.41	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	HYR1	P40581	163 aa	Known RBP	-0.41	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	RIB1	P38066	345 aa		-0.42	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YLR236C	A0A023PZG4	107 aa		-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	STF1	P01098	86 aa		-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	SEC11	P15367	167 aa		-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	URA8	P38627	578 aa	Predicted RBP	-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	BFR1	P38934	470 aa	Known RBP RIP-Chip data	-0.43	□□□□□ -2.48	not detected
VAR1	Q0140	EAF6	P47128	113 aa		-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YDR248C	Q03786	193 aa		-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	ADH6	Q04894	360 aa	Known RBP	-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	SNU23	Q12368	194 aa	Predicted RBP	-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YIL002W-A	Q3E7Z5	69 aa		-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	MRPL17	P36528	281 aa		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	IRC22	P40006	225 aa		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YFH7	P43591	353 aa		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	SNZ1	Q03148	297 aa		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YMD8	Q03697	442 aa		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YMR252C	Q04814	134 aa		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	DAL82	P21705	255 aa		-0.45	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	SHE2	P36068	246 aa	Known RBP RIP-Chip data	-0.45	□□□□□ -2.48	not detected
VAR1	Q0140	YMR144W	P40214	342 aa	Known RBP	-0.45	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	SWP1	Q02795	286 aa		-0.45	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	GPM2	Q12008	311 aa		-0.45	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YCL042W	P25572	119 aa		-0.46	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	VMA22	P38784	181 aa		-0.46	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	CUE4	Q04201	117 aa	Predicted RBP	-0.46	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	RAD28	Q12021	506 aa		-0.46	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	CDC36	P06100	191 aa	Predicted RBP	-0.47	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YLR156W	P0CE96	114 aa		-0.47	□□□□□ -2.48

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